Publicación sobre el Repositorio de Modelos diseñado en iEcolab

Ya está en el aire el artículo "ModeleR: an environmental model repository as Knowledge base for Experts" (DOI: 10.1016/j.eswa.2012.01.180), publicado en Expert Systems With Applications. Este artículo ha sido escrito y dirigido por Ramón Pérez (http://rpperez.blogspot.com/), Curro Bonet (http://fjbonet.blogspot.com/) y el que suscribe.

Este artículo viene de la fantástica idea desarrollada por Curro Bonet, que él mismo cuenta, y muy bien, en su blog. También puedo reseñar el comentario irrelevante que yo hice al respecto.

Ya que está todo dicho al respecto de como es, qué hace y para qué sirve el repositorio. Yo solo puedo añadir mi visión personal del asunto: me encantó participar en este proyecto (gracias de corazón, Curro y Ramón). Fue realmente divertido y enriquecedor trabajar en la estructura conceptual del repositorio con estos dos cerebros (horas y horas de discusión y lluvias de ideas), frustrante tratar de comunicar nuestra idea a los gestores (ahí se quedó, como un informe más), y una verdadera alegría verlo funcionando en el Sistema de Información del Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada, construido carácter a carácter por el propio Ramón (que es, y que quede dicho aquí, EL MEJOR entre su campo, la informática, y nuestro campo, la ecología).

Si quieres el artículo y no tienes acceso a la fuente original, prueba en el panel lateral del blog ;)

SOFTWARE USEFUL TO WORK ON SPECIES DISTRIBUTION MODELLING

This is the non-comprehensive compilation of software useful to work with species distribution models that I had just prepared as a reference for an SDM course. Unfortunately all the provided links are for Windows (I'm sorry!). If you have any other suggestions, feel free to comment!

Esta es una compilación no exhaustiva de software útil para trabajar con modelos de distribución de especies. La he preparado como listado de referencia para un curso de modelos de distribución. Desgraciadamente todos los enlaces son para programas Windows (y lo siento!). Si tienes alguna otra sugerencia te agradeceré que la comentes!.

GIS

Quantum GIS (GIS software)

• home: http://www.qgis.org/

• stand-alone installer: http://www.qgis.org/downloads/QGIS-OSGeo4W-1.7.4-d211b16-Setup.exe

• OSGeo installer: http://download.osgeo.org/osgeo4w/osgeo4w-setup.exe

GRASS GIS (GIS software)

• home: http://grass.fbk.eu/

• installer: http://grass.fbk.eu/grass64/binary/mswindows/native/WinGRASS-6.4.2-1-Setup.exe

DIVA GIS (GIS software with SDM capabilities)

• home: http://www.diva-gis.org/

• installer: http://www.diva-gis.org/soft/diva75.zip

• manual: http://www.diva-gis.org/docs/DIVA-GIS_manual_7.pdf

• tutorial: http://www.diva-gis.org/docs/DIVA-5_Tutorial.pdf

• training manual: http://www.bioversityinternational.org/fileadmin/bioversity/publications/pdfs/1431_Training_manual_on_spatial_analysis_of_plant_diversity_and_distribution.final.pdf?cache=1330779336

• training manual (exercise data): http://www.bioversityinternational.org/fileadmin/bioversityDocs/Training/GIS_Manual/Training_Manual_on_Spatial_Analysis_of_Plant_Diversity_and_Distribution-All_Data_.zip

MISCELANEA

7-zip (compression tool)

• home: http://www.7-zip.org/

• installer: http://downloads.sourceforge.net/sevenzip/7z920.exe

Notepad++ (plain text editor)

• home: http://notepad-plus-plus.org/

• installer: http://download.tuxfamily.org/notepadplus/5.9.8/npp.5.9.8.Installer.exe

R (statistics oriented programming language)

• home: http://cran.r-project.org/

• R windows FAQ: http://cran.r-project.org/bin/windows/base/rw-FAQ.html

• installer: http://cran.r-project.org/bin/windows/base/R-2.14.2-win.exe

RStudio (GUI for R)

• home: http://rstudio.org/

• installer: http://download1.rstudio.org/RStudio-0.95.262.exe

LibreOffice (productivity suite)

• home: http://www.libreoffice.org/

• installers: http://www.libreoffice.org/download/

• main installer: http://download.documentfoundation.org/libreoffice/stable/3.5.0/win/x86/LibO_3.5.0_Win_x86_install_multi.msi

• built-in help: http://www.libreoffice.org/download/?type=win-x86&lang=es&version=3.5.0

SDM

OpenModeller (distribution modelling algorithms)

• home: http://openmodeller.sourceforge.net/

• library: http://sourceforge.net/projects/openmodeller/files/openModeller/1.2.0/openModellerSetup1.2.0.exe/download

• desktop: http://sourceforge.net/projects/openmodeller/files/openModeller%20Desktop/1.1.0/openModellerDesktopSetup1.1.0.exe/download

• related paper: http://www.springerlink.com/content/n805714x26265573/fulltext.pdf

MaxEnt (distribution modelling algorithm, requires the instalation of the java virtual machine http://java.com/es/download/)

• home: http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/ (registration required)

• jar: http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/tmp/68117303594/maxent.jar

• bat: http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/tmp/68117303594/maxent.bat

• readme: http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/tmp/68117303594/readme.txt

• related paper: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1472-4642.2010.00725.x/pdf

• tutorial: http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/tutorial/tutorial.doc

• tutorial (esp): www.gbif.es/ficheros/Taller_nichos_10/tutorial_maxent_esp.doc

Biomapper (distribution modelling algorithm)

• home: http://www2.unil.ch/biomapper/

• installer: http://www2.unil.ch/biomapper/Download/biomapper4.zip

Modeco (distribution modelling algorithms)

• home: http://gis.ucmerced.edu/ModEco/

• download: http://gis.ucmerced.edu/ModEco/download.php (registration required)

• installer v2.00: http://gis.ucmerced.edu/ModEco/ModEco_v2.00.zip

• manual v2.00: http://gis.ucmerced.edu/ModEco/Manual_V2.pdf

• related paper: http://gis.ucmerced.edu/ModEco/ModEco_Proof.pdf

Dismo (R package: distribution modelling algorithms)

• package documentation: http://cran.r-project.org/web/packages/dismo/dismo.pdf

• SDM with R: http://cran.r-project.org/web/packages/dismo/vignettes/sdm.pdf

BIOMOD (R package: distribution modelling algorithms)

• home: http://r-forge.r-project.org/projects/biomod/

• related paper: http://www.will.chez-alice.fr/pdf/ThuillerEcography2009.PDF

NEURALENSEMBLES (distribution modelling algorithm, requires R)

• home: http://www.kent.ac.uk/kbs/documents/staff/ohanley/neuralensembles.html

• download: http://www.kent.ac.uk/kbs/documents/staff/ohanley/NeuralEnsembles%20v1.03.zip

• related paper: http://www.kent.ac.uk/kbs/documents/staff/ohanley/neuralensembles-workingpaper.pdf

SDMTools (R package: distribution modelling related tools)

• home: http://cran.r-project.org/web/packages/SDMTools/index.html

• manual: http://cran.r-project.org/web/packages/SDMTools/SDMTools.pdf

ENM Tools (tools to analyze maxent outputs, requires MaxEnt and Java)

• home: http://enmtools.blogspot.com/

• installer: http://www.enmtools.com/builds/Release/ENMTools_1.3.zip

• perl (requirement): http://www.activestate.com/activeperl/downloads/thank-you?dl=http://downloads.activestate.com/ActivePerl/releases/5.14.2.1402/ActivePerl-5.14.2.1402-MSWin32-x86-295342.msi

• manual: http://www.danwarren.net/enmtools/builds/Release/ENMTools_User_Manual%201.1.pdf

• related paper: http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1600-0587.2009.06142.x/pdf

Cursos de Modelos de Nicho Ecológico (GBIF.es) 2012

Ya está abierto el plazo de inscripción para el Octavo Taller GBIF de Modelización de Nichos Ecológicos con datos sobre biodiversidad. El curso se celebrará los días 24 al 27 de abril de 2012 en el aula de informática del Real Jardín Botánico (CSIC) de Madrid y por suerte han vuelto a invitarme como docente (y digo por suerte porque me encantó darlo el año pasado!). En este taller práctico estudiaremos los conceptos básicos para hacer modelos de distribución manejando herramientas como Open Modeller y MaxEnt.

Las solicitudes deben ser enviadas a info@gbif.es antes del 19 de marzo de 2012. Toda la información referente al taller, así como el formulario de inscripción, la encontrareis en: http://www.gbif.es/formaciondetalles.php?IDForm=96

Nos vemos en el Real Jardín Botánico de Madrid el 24 de abril!.

Posiciones de post-doc, técnico y doctorando en el Centre Tecnològic Forestal de Catalunya (Solsona, Spain)

Os dejo unas cuantas ofertas de trabajo que me han llegado de Lluís Brotons, head del Biodiversity and Landscape Ecology Lab, del Centre Tecnològic Forestal de Catalunya (Solsona, Spain)

Offered: Post-Doc position in conservation biology and spatial ecology in Mediterranean farmlands
http://biodiversitylandscapeecologylab.blogspot.com/2012/01/post-doc-position-conservation-biology.html

Offered: Assistant technician position in fire and landscape modelling and data analysis.
http://biodiversitylandscapeecologylab.blogspot.com/2012/01/offered-assistant-technician-position.html

Phd candidates welcome: Fire and landscape modelling in the Mediterranean
http://biodiversitylandscapeecologylab.blogspot.com/2012/01/phd-candidates-wanted-fire-and.html