SIGuiendo el Cambio Global

Posiciones de post-doc, técnico y doctorando en el Centre Tecnològic Forestal de Catalunya (Solsona, Spain)

2012-01-09T12:19:00.004+01:00

Os dejo unas cuantas ofertas de trabajo que me han llegado de Lluís Brotons, head del Biodiversity and Landscape Ecology Lab, del Centre Tecnològic Forestal de Catalunya (Solsona, Spain)

Offered: Post-Doc position in conservation biology and spatial ecology in Mediterranean farmlands
http://biodiversitylandscapeecologylab.blogspot.com/2012/01/post-doc-position-conservation-biology.html

Offered: Assistant technician position in fire and landscape modelling and data analysis.
http://biodiversitylandscapeecologylab.blogspot.com/2012/01/offered-assistant-technician-position.html

Phd candidates welcome: Fire and landscape modelling in the Mediterranean
http://biodiversitylandscapeecologylab.blogspot.com/2012/01/phd-candidates-wanted-fire-and.html

Seminario sobre aplicaciones de los modelos de distribución (GBIF-URJC)

2011-12-16T09:05:00.004+01:00

El pasado día 15 de diciembre impartí un seminario de dos horas sobre aplicaciones de los modelos de distribución y el papel de los SIG en el proceso de modelado en la Universidad Rey Juan Carlos. El seminario forma parte de la asignatura "Modelos Predictivos de Distribución" impartida por Isabel Martínez y Emilio Virgós dentro del Máster en Técnicas de Caracterización y Conservación de la Diversidad Biológica (dirigido por José María Iriondo). A dar el seminario me invitó amablemente Francisco Pando, coordinador del nodo español de GBIF, que ya se atrevió a darme cancha en el VII Taller de Modelización de Nichos Ecológicos.

Durante el seminario traté con cierta profundidad algunas aplicaciones de los modelos de distribución, como invasiones biológicas, planificación de conservación, efecto del clima en la distribución de las especies y algunas un poco más extravagantes. Como hilo conductor seleccioné varios artículos más o menos significativos y los comenté de forma participativa con los alumnos (puedes descargarlos aquí, 18 MB). Puedes encontrar la presentación completa con animaciones aquí (pesa 58 MB y es recomendable verla en adobe acrobat para que funcionen las dos animaciones del final) y la versión imprimible (más reducida en tamaño, 19 MB) aquí.

Lo cierto es que me encantó conocer a Emilio, que merecidamente es asesor científico del Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada en temas de fauna. También disfruté mucho impartiendo el seminario (a veces me siento "demasiado cómodo", y seguro que Paco Pando y los alumnos que me soportaron saben de qué hablo), y recibí un feedback muy positivo de los alumnos. Espero que esto pueda repetirse el año que viene.

Eso es todo, ahora a dar unas vueltas por el centro de Madrid, y tren para casa a las 5.

Hasta pronto!

CURSOS DEL CENTRO ANDALUZ DEL MEDIO AMBIENTE

2011-11-15T13:08:00.003+01:00

Presentamos los próximos cursos del plan formativo 2011-2012 del Laboratorio de Ecología del CEAMA. En este plan se llevarán a cabo diferentes cursos sobre diversas herramientas y metodologías para la gestión y el análisis de datos ecológicos. Desde la creación y el manejo de base de datos con una componente espacial, pasando por técnicas estadísticas básicas y avanzadas (meta-análisis, series temporales, etc), modelos ecológicos, hasta genética del paisaje. Algunos cursos, debido a la demanda de otros años, repiten edición, mientras que otros se lanzan en nueva convocatoria. El profesorado que imparte los cursos está a un alto nivel en las temáticas de las que son reponsables. Todos los cursos tendrán lugar en el Centro Andaluz de Medio Ambiente, en Granada; y tienen carácter oficial a través de la Fundación Empresa Universidad de Granada. Toda la información (fecha de inscripción, precio, plazas, etc.) se encuentra en las páginas de cada curso o en el apartado de formación de la web de la Fundación Empresa Universidad de Granada. No obstante para aclarar cualquier duda podéis escribir a: info@iecolab.es

Las siguientes actividades formativas son:

"Meta-análisis en Ecología". I Edición. Fecha: 16/01/2012 - 20/01/2012.

"Series temporales aplicadas a datos ambientales". I Edición. Fecha: 08/05/2012 - 11/05/2012.

"Genética del paisaje" I Edición. Fecha: 21/05/2012 - 25/05/2012.

Y también, aún sin fecha, el curso "Nuevas Fronteras en los Modelos de Distribución de Especies", impartido por David Nogués-Bravo y Blas Benito.

Sobre el peer review en ciencia (ojo, opinión personal y sesgada!)

2011-10-15T19:39:00.004+02:00

Últimamente me he "hecho un hombre": ya me han mandado artículos para revisar, debido a "mi expertise en modelado" como dice un editor, o debido a que soy "líder en mi área de investigación" como dice otro. Obviamente ambos son extremadamente amables y generosos, o realmente no están muy al día sobre mi escueto CV. El caso es que me han llegado el momento de hacer amigos revisando artículos ajenos.

Y lo cierto es que la primera reacción ha sido rechazar las revisiones, y no convertirme en parte del sistema (del "juego"). Porque el sistema de revisión por pares NO ME GUSTA (que quede claro). Y eso ocurre por un par de motivos (o más):

Un manuscrito solo es la punta del iceberg de un trabajo de investigación, y es lo único que un referee tiene para evaluar. Hay muchas cosas que no se cuentan en un manuscrito, porque son tediosas, porque son caminos que no llevaban a ninguna parte, o porque hay que escribirlo todo de forma muy "cool", para vender la moto lo mejor posible. Por tanto el referee tiene una información sesgada, y en la mayor parte de los casos insuficiente para saber si tu trabajo es nuevo o no, o contempló otras posibilidades a las expresadas en el texto (que es limitado en todas las revistas, excepto "Ecological Monographs").
Dos o tres referees ya cargados de tareas tienen que evaluar en unos pocos días los resultados de un trabajo de muchos meses o años de un equipo que puede ser bastante grande. Es decir, dos o tres personas no involucradas en un proyecto más o menos grande se supone que tienen más criterio que el equipo de trabajo que realizó la investigación. Me resulta difícil de creer, por muy experto que sea uno.
Los referees son científicos, y los científicos tienen el ego desproporcionado (yo no, soy una bella persona). Si tu trabajo entra en conflicto el ego de un referee, la has liado. Sobre esto no hay mucho que comentar, pasa en todos los ámbitos de la vida académica.
Los referees, aunque en teoría no tienen el poder de rechazar trabajos (ellos solo recomiendan), en la práctica sí lo tienen, porque los editores no suelen molestarse en tomar la última decisión y respetan el criterio de los referees. Esto hace que los referees tengan mucho poder. Y todos sabemos que el poder es un potente afrodisíaco. Pero los científicos hacen poco el amor (me consta). El resultado es un gran grupo de referees con mucha mala leche acumulada (si relacionaste los términos de ambas frases, lo siento, no era mi intención ser tan gráfico), que se desahogan de formas realmente crueles a la hora de revisar.
Las revistas buscan maximizar el número de citas que reciben, y prefieren publicar trabajos de científicos reputados y muy citados (lo que hace a su vez que sean más citados, bonita espiral de fama y gloria). Esto tiene consecuencias que ya conocen todos los investigadores jóvenes sin un padrino potente.
Pon aquí tu razón (hay más), de las posibles soluciones ya hablaré otro día, que las hay.

Sin embargo tengo que admitir que una buena revisión ayuda y mucho a que los artículos mejoren, aunque eso solo sirve si finalmente los publicas, claro.

Bueno, que me pierdo. El caso es que he consultado con la almohada, con mis compañeros, con mi prima y con mi perra, y la disparidad de criterios en sus consejos me ha llevado a tomar la decisión por mi mismo. Y sí, voy a jugar. Y ojo, ¡yo no hago prisioneros!.

Abrazos a todos aquellos que han estado viniendo a ver si aparecía algo nuevo por aquí.

Error en módulo i.gensigset de GRASS [apuntes]

2011-07-28T10:56:00.003+02:00

Este es un apunte muy específico de GRASS. Ni lo leas si no usas i.gensigset, o si lo usas sin problemas.

Estoy trabajando en una clasificación supervisada de coberturas de alta resolución (1 metro) de un valle de Sierra Nevada mediante el algoritmo SMAP, utilizando como entradas:

Tres bandas (rojo, verde y azul) de una ortofoto (llamados br2007, bg2007 y bb2007).
Un mapa raster de entrenamiento en el que distintas clases (11) de cobertura están codificadas con distintos valores numéricos (llamado muestras_coberturas_genil).

Para extraer las firmas espectrales de cada clase a partir de estos datos hay que realizar los siguientes pasos:

1 - Generar un grupo de imágenes con las bandas
i.group -l -g group=bandas2007 subgroup=bandas2007 input=br2007,bg2007,bb2007

2 - Aplicar el módulo i.gensigset para calcular las firmas espectrales, y es aquí donde surge el problema. En el segundo box (Nombre del grupo de imágenes de entrada) hay que borrar todo lo que sigue al nombre del grupo (una arroba más el nombre del mapset). Así, de bandas2007@mapset nos quedamos solo con bandas2007. Si no hacemos esto, al final del proceso el programa muestra un error porque no puede escribir el fichero de firmas (firmas.sig, cuarto box)

Esta imagen muestra el diálogo de i.gensigset y marca en rojo la parte del nombre del grupo de imágenes que hay que borrar para que el programa funcione correctamente.

La respuesta a este pequeño pero estúpido problema la encontré en: http://gis.stackexchange.com/questions/11933/problem-running-i-gensigset-in-grass-any-ideas

VÍDEOS DEL CURSO DE MODELOS GBIF (Mayo 2011)

2011-07-26T10:29:00.002+02:00

Supongo que lo habitual en estos casos de semi-abandono del blog es pedir disculpas porque hace mucho tiempo que no escribo y bla bla bla. Una vez superado este trámite, voy al grano.

Durante el curso de modelos de distribución que impartí en el nodo nacional de GBIF, Cristina Villaverde asumió el reto de grabar en vídeo las sesiones. Y digo "RETO" porque:

Me muevo MUCHO mientras doy clase.
Mi lado menos malo es el izquierdo, y ella me grabó desde el derecho.
Mi vocabulario es de camionero de la M-30 (un beso para todos los camioneros).
Me gusta apagar el micrófono accidentalmente.
Mi melodiosa voz de barítono ni es melodiosa, ni es de barítono.

Teniendo en cuenta este mi-me-conmigo de despropósitos, es importante agradecer a Cristina gran el trabajo de edición y censura (la segunda palabra es suya) de los vídeos, que están colgados aquí: http://www.gbif.es/videos/videos.php

Ordenados según una cronología similar a la del curso sale algo como esto:

Espero que no os riáis mucho!

Y sí, me he dado cuenta de que no tengo cuello...

Gobernados por la codicia [off topic - política]

2011-06-07T22:23:00.003+02:00

Antes de comenzar la entrada quiero decir que me lo he pensado dos veces antes de pronunciarme sobre política en este blog, que intento dedicar a lo que yo creo que es ciencia (tal vez es una visión muy optimista de mi actividad). Finalmente he decidido ponerlo, porque es lo que realmente pienso de lo que tenemos y lo que viene. Así que ahí va:

De pequeño me enseñaron que nuestra forma de gobierno es la Democracia (sí, yo nací recién comenzada “la transición”). Si buscamos el significado de la palabra “Democracia” en el RAE nos devuelve dos acepciones:

1 - Doctrina política favorable a la intervención del pueblo en el gobierno.

2 - Predominio del pueblo en el gobierno político de un Estado.

No hace falta que me esfuerce en convenceros de que esta definición no se ajusta a nuestra forma de gobierno actual. “Intervención del pueblo en el gobierno” o “predominio del pueblo en el gobierno” son conceptos característicos de la democracia que simplemente no se dan en nuestro “sistema”. La “democracia” que dicen que tenemos no es más que una triste y degradada parodia de si misma. No participamos de ningún modo en nuestra forma de gobierno. Y si alguien cree que depositar un trozo de papel con un nombre en una urna es participar en nuestro gobierno, peca de optimista.

La conducta humana que más influye en esta parodia de democracia es la codicia (en su primera acepción: afán excesivo de riquezas). La codicia de las empresas y los políticos dirige nuestros gobiernos, y esta situación es realmente cruel, porque la codicia mantiene un conflicto histórico con la necesidad.

En nuestros días el esquema de este conflicto es sencillo: las grandes empresas codician nuestro dinero, mientras que el estado (y me refiero a “nosotros”, las personas que lo constituimos) lo necesita para proporcionarnos los servicios esenciales (educación y sanidad). Pero las grandes empresas aprovechan la codicia para influir en los políticos que gobiernan los estados. Les ~~prometen~~ regalan grandes puestos directivos y abultados salarios a cambio de escaso trabajo. De esta forma los servicios esenciales acaban en manos de las empresas.

Pero las empresas están ahí para conseguir un (amplio) margen de beneficios. Cuando no hay alternativas en el proveedor de los servicios, la consecuencia es clara: la empresa puede incrementar su margen subiendo tarifas y disminuyendo la calidad del servicio. Y eso deja fuera del sistema a aquellos que lo necesitan, pero no pueden pagar las tarifas.

Y así llegamos a un mundo ~~de mierda~~ en el que si tienes pocos recursos la deficiente formación y los problemas de salud no tratados se hacen hereditarios (ya hay sitios así). Paradójicamente, la única salida que te queda es hacerte político (al menos eso no requiere formación).

Se proponen desde distintos foros muchas medidas para mejorar nuestro sistema de gobierno, con énfasis en la transparencia, en la participación ciudadana, en la optimización de los recursos, etc. Pero creo que el problema de fondo está en la codicia. Y la codicia es fácil de alimentar, pero tan difícil de combatir como cualquier otro sentimiento humano, como el amor o el odio, por irme a dos extremos. La codicia puede combatirse a largo plazo, educando a nuestros (vuestros) hijos en los valores opuestos: bondad, altruismo, y todas esas otras palabras bonitas con las que describimos nuestro lado más amable y social. Pero no veo que eso esté teniendo lugar, y me da asco lo que viene después.

Curso de SIG aplicado a ciencias de la tierra

2011-06-02T13:37:00.002+02:00

Del 6 al 10 de Junio de 2011 se imparte en la Universidad de León el curso "Aplicaciones de los Sistemas de Información Geográfica a las Ciencias de la Tierra", del que podéis consultar el temario completo aquí.

Sobre el profesorado, solo puedo hablar de José-Manuel Álvarez, del Museo Nacional de Ciencias Naturales (CSIC), al que conocí en Madrid hace unas semanas, y puedo decir que es un experto en SIG de "pata negra".

Que lo disfrutéis!

VII Taller GBIF de Modelización de Nichos Ecológicos: material y pinceladas

2011-05-19T10:32:00.006+02:00

Hace unos días impartí el "VII Taller GBIF de Modelización de Nichos Ecológicos" en el Nodo Nacional de Información en Biodiversidad (Real Jardín Botánico, Madrid), y ha sido algo muy especial para mi, por varios motivos (el orden es irrelevante):

En primer lugar, porque he conseguido cerrar un círculo: cuando apenas sabía nada de modelos asistí al taller en 2005 (impartido por David Draper), consiguiendo una buena introducción general al asunto. Después, en 2007, asistí de nuevo (ya más curtido en la materia), y allí conocí a Curro Bonet, al que debo (y agradezco!) mi situación profesional actual. Finalmente, en 2011, debido a la imposibilidad de Elisa Liras para impartirlo, me ha tocado a mi, y he podido volver al punto de partida como docente en lugar de como alumno.

En segundo lugar, porque ha sido una experiencia muy intensa (intensidad positiva, se entiende) trabajar con tantas personas interesadas por los modelos de distribución, y sobre todo, TAN preparadas (varios doctores en biología, titulares de universidad, investigadores titulares, gestores, consultores, y por supuesto, predocs!). Más importante que estos "títulos" son las personas que están detrás, un grupo humano sensacional, sin ninguna duda. Ha sido todo un reto tratar de satisfacer sus expectativas (tal vez en algún caso lo conseguí).

En tercer lugar, porque Francisco Pando y Cristina Villaverde han conseguido que me sienta como en casa, dispensándome en todo momento un trato cordial, atento y generoso. Quiero agradecer a Cristina su pelea hasta "la muerte" (o por lo menos, hasta la desesperación) con las máquinas virtuales de linux. Muchas gracias a ambos por todo.

Y por si alguien tiene dudas sobre el nivel de frikismo del curso, daré algunos detalles:

1- Esta foto: http://www.gbif.es/ficheros/Taller_nichos_2011/1.jpg (ojo a las diapos y las pantallas!)

2- Uno que saca el código Python de Model Builder (ArcGIS) y lo ejecuta mediante macros de Excel (o algo así) - Un abrazo José Manuel (Alvarez)!

3- Una que trabaja con líquenes (y me dicen "friki" a mi) - Besos Clara!

4- Una que quiere ser friki de los SIG - Vas por buen camino Maialen!

5- Uno que, a falta de Idrisi, hace los modelos de erizos marinos con ENFA (Biomapper) en R - Un abrazo José Manuel (González)!

Ojo, que hay más frikis en el "staff" (que nadie se sienta olvidado).

Un abrazo a todos, nos vemos en https://groups.google.com/forum/#!forum/modelizacion-nichos-ecologicos

PD: Los contenidos del curso ya están disponibles al final de esta página, y dejo aquí los enlaces alternativos:

0_BIBLIOGRAFIA.zip (175MB): es la bibliografía sobre modelos
http://dl.dropbox.com/u/4948740/CURSO_GBIF/0_BIBLIOGRAFIA.zip

1_PRESENTACIONES.zip (20MB): las presentaciones
http://dl.dropbox.com/u/4948740/CURSO_GBIF/1_PRESENTACIONES.zip

2_MATERIAL.zip (190MB): el material que usamos en las prácticas
http://dl.dropbox.com/u/4948740/CURSO_GBIF/2_MATERIAL.zip

3_DIRGRASS.zip (764MB): el directorio de GRASS, con todos los datos SIG
http://dl.dropbox.com/u/4948740/CURSO_GBIF/3_DIRGRASS.zip

4_GEODATOS.zip (32MB): algunos de los datos iniciales para empezar a trabajar con las variables
http://dl.dropbox.com/u/4948740/CURSO_GBIF/4_GEODATOS.zip

MÁQUINA VIRTUAL (7GB):
http://alfresco.iecolab.es:8080/alfresco/d/d/workspace/SpacesStore/3381bd6e-7cb3-41af-8358-9094e87147cd/Ecoinformatica_alumnos.vdi.zip

DEMOCRACIA REAL ¡YA!

2011-05-18T08:15:00.000+02:00

Curso de modelos de distribución

2011-05-17T13:51:00.002+02:00

Os dejo el enlace sobre el curso "Modelos de distribución de especies de flora y fauna", organizado por el Departamento de Posgrado y Especialización del CSIC y la Facultad de Ciencias Biológicas de la Universidad Complutense, y coordinado por el Doctor Jesús Muñoz, Investigador Científico del CSIC:

http://www.rjb.csic.es/jardinbotanico/jardin/contenido.php?Pag=143&tipo=agenda&cod=1247

Gracias a Cristina Villaverde (GBIF) por la información!

Curso "Análsis de datos ecológicos en R"

2011-05-17T13:09:00.002+02:00

El Doctor Luís Cayuela, de la Universidad Rey Juan Carlos, vuelve al Centro Andaluz de Medio Ambiente para impartir la tercera edición del curso "Análisis de datos ecológicos en R", del 19 al 23 de septiembre de 2011. El plazo de matriculación es desde el 01/06/2011 hasta el 10/09/2011, y el precio es de 225 €. Yo ya estoy matriculado, ¿y tú?.

Para más información puedes descargar el tríptico, o ir a https://fundacionugrempresa.es/ > Formación > Información de cursos, buscar el título del curso, y ver el pdf con los datos necesarios para formalizar la matrícula.

Os veo en el CEAMA!

CURSO DE MODELOS ECOLÓGICOS CON SOFTWARE LIBRE

2011-05-17T12:10:00.002+02:00

Os dejo enlaces a la información sobre el curso "USE OF OPEN SOURCE TOOLS FOR SPATIAL ECOLOGICAL MODELLING" que se imparte en la Universidad de Copenhage del 4 al 15 de julio de 2011:

http://en.sl.life.ku.dk/upload/use_of_open_source_tools_for_spatial__ecological_modelling.doc

http://www.spatial-ecology.net/doku.php

Me parece muy interesante que empiecen a salir cursos de este tipo basados solo en software libre sobre una máquina virtual de ubuntu (me suena la experiencia...). Si alguien va, que nos cuente!

Gracias a Raquel Ubach por la información!

GRASSWEKA

2011-04-29T19:32:00.003+02:00

Mariano Somoza nos presenta, desde Argentina, su proyecto GRASSWEKA (www.grassweka.com.ar), un interfaz entre GRASS (ya sabéis, mi programa SIG favorito :) ) y WEKA, una potente caja de herramientas de aprendizaje artificial orientada a la minería de datos programada en Java. GRASSWEKA está programado en shellscript, y diseñado para trabajar en un servidor linux a través de la línea de comandos, con una sintaxis aparentemente muy intuitiva, y en castellano.

El primer ejemplo de aplicación que propone es la realización de modelos de distribución de especies a partir de datos de presencia y variables ambientales, ofreciendo como resultado una superficie binaria de presencia/ausencia potencial, obtenida a partir de distintos algoritmos.

Mariano ha dado una aplicación práctica a los datos que dejé hace ya un par de años por aquí, y le agradezco mucho que gentilmente lo haya mencionado en los agradecimientos de su proyecto.

Espero que en algún momento, si es posible, tengamos la oportunidad de probar el software. Especialmente en el CEAMA, donde estoy seguro de que GRASSWEKA encontraría un sitio dentro de nuestro Repositorio de Modelos.

Un abrazo y mucha suerte, Mariano

NDVI comparado del robledal, enebral y pinar de repoblación en Sierra Nevada

2011-04-27T17:52:00.006+02:00

En la misma línea de la entrada anterior, os dejo un vídeo con la comparación de las series temporales de NDVI del encinar, el robledal y el pinar de repoblación de Sierra Nevada. No presenta ninguna innovación respecto al vídeo anterior (tiene el mismo "look and feel"), pero resulta interesante ver:

Cuanto se parecen el encinar y el pinar de repoblación.
Los "picos" y "valles" tan pronunciados del robledal.

Los valles del robledal quedan bien explicados por la marcescencia del roble melojo, que luce hojas muertas durante el invierno.

Los picos alcanzan su punto álgido en primavera de 2004, pero después, no vuelven a repetirse con la misma magnitud en los siguientes 7 años, mientras que los valles se hacen más pronunciados durante el mismo periodo. ¿Malos tiempos para el roble melojo?.

Serie temporal de NDVI en los robledales de Sierra Nevada

2011-04-22T14:13:00.006+02:00

Las plantas, para realizar la fotosíntesis, solo absorben activamente una parte del espectro de luz visible (llamado PAR: photosynthetically active radiation), que comprende las longitudes de onda desde los 0.4 a los 0.7 µm (micrómetros). Las longitudes de onda entre los 0.7 y los 1.1 µm (correspondiente al infrarrojo cercano) son reflejadas por las hojas, porque afectan negativamente al aparato fotosintético por exceso de calor.

Esta diferencia en absorción/reflexión de la luz es útil para determinar la actividad fotosintética de las plantas desde sensores remotos. Un sensor remoto capta la luz reflejada de la superficie de la tierra, y almacena los valores de intensidad de distintas longitudes de onda en distintas bandas. Por ejemplo, los sensores VEGETATION de los satélites SPOT 4 y 5 trabajan con cuatro bandas (extensión global a una resolución espacial de unos 1100 metros por celda, con frecuencia temporal diaria):

B0 0.43-0.47 µm (azul)
B2 0.61-0.68 µm (rojo)
B3 0.79 - 0.89 µm (infrarrojo cercano)
MIR 1.58 - 1.75 µm (infrarrojo medio)

Con estos datos, el mejor modo de obtener una estima de la actividad fotosintética de la vegetación es usar el NDVI (Normalized Difference Vegetation Index) que se calcula según la ecuación: NDVI=(B3-B2)/(B3+B2). Los resultados posibles tienen un rango entre -1 (actividad nula) y +1 (actividad máxima).

Para evitar el efecto de máscara que producen las nubes, las imágenes del sensor VEGETATION se procesan reteniendo el valor máximo de NDVI en periodos de 10 días, obteniéndose el producto S10 (ten-day syntheses), disponible de forma gratuita en free.vgt.vito.be.

He descargado la serie del continente europeo en el periodo 1999-2010 para centrarme en el análisis del NDVI de los robledales de Quercus pyrenaica en Sierra Nevada, que consta de 432 imágenes en formato HDF. GRASS GIS tiene un módulo específico para importar estas imágenes llamado i.in.spotvgt, que los procesa dejándolas listas para su uso.

A partir de este conjunto de imágenes, he analizado las series temporales de NDVI de las distintas poblaciones de Quercus pyrenaica en Sierra Nevada (cuadrículas de borde negro en el mapa anterior). Un resultado colateral de este análisis es el siguiente vídeo, en el que se muestra la serie de imágenes de NDVI de Sierra Nevada, y el gráfico de los valores máximo, medio y mínimo para el conjunto de las poblaciones.

Para generar este vídeo he usado:

GRASS para generar los mapas.
R (paquete Zoo) para generar los gráficos de la serie temporal.
Imagemagick para unir las parejas de imágenes de las mismas fechas.
Mencoder para generar un avi con todas las imágenes.
Audacity para editar el audio (aunque no había muchas posibilidades de mejora...)
Pitivi para generar el vídeo final con las transiciones y el audio.

Una animación mucho más interactiva (y con mejor calidad de imagen) puedes verla aquí (espera a que carguen todos los cuadros, y pulsa el botón "play" aunque no se vea nada; paciencia!).

Más adelante hablaré de los resultados del análisis, y si hay petición popular, dejaré los scripts para preparar el vídeo.

Un saludo!

Fragmentación del hábitat en zonas áridas: artículo en Environmental Management

2011-04-04T18:21:00.005+02:00

Ya está Online First nuestro "nuevo" artículo, en la revista Environmental Management. Digo "nuevo" porque este proyecto, idea de mi Director de Tesis Julio Peñas, lo hicimos en 2005, cuando yo acababa de empezar en esto.

Fue un trabajo muy arduo de recopilación, procesamiento y fotointerpretación de imágenes aéreas con validación en campo, cuando yo apenas jugaba con Idrisi. Analizamos series históricas de imágenes para establecer la secuencia de fragmentación del hábitat de Linaria nigricans, medimos la fragmentación usando distintas métricas, y diseñamos una métrica propia (cadencia de fragmentación o Fragmentation Cadence, basada en el SPLI, ver Jaeger 2000 en Landscape Ecology) que indica la velocidad relativa del proceso de fragmentación y permite comparar entre distintas localidades independientemente de su superficie (ver imagen inferior).

Esta figura compara los ritmos del proceso de fragmentación del hábitat de cuatro poblaciones de la especie: S (Salinas de Cabo de Gata); C (Campohermoso); T (Tabernas); P (Playas de Pulpí).

A partir de estos datos establecemos el estado de conservación de las distintas poblaciones y hacemos un pronóstico del tiempo que pueden tardar en desaparecer.

Este artículo ha estado en un cajón durante años, supongo que por falta de experiencia suficiente para afrontar el reto de publicarlo. Por suerte Julio se decidió, y entre todos los compañeros del grupo le dimos un buen pulido. Se ha llevado un número indeterminado de rechazos, pero ahí está...

Tienes información adiconal relacionada con este artículo en los siguientes enlaces:

Un saludo

Un par de entradas sobre biogeografía (cedros y castores)

2011-03-28T09:10:00.002+02:00

En una entrada que dejé hace un tiempo sobre Abies alba y Abies pinsapo, un amigo llamado Adrián ha dejado unos interesantes comentarios. Adrián además tiene un blog "incipiente" (según sus propias palabrlas) llamado Yurakuna. De este blog os enlazo dos entradas que me han parecido muy interesantes sobre el cedro y el castor. Ahí van:

El cedro: rey olvidado de nuestras montañas

La persecución del castor en España

Un saludo, y gracias a Adrián por sus aportaciones.

Enlaces a artículos sobre biología general

2011-03-19T11:50:00.005+01:00

A continuación os dejo varios enlaces a algunos artículos interesantes sobre biología general que contestan a algunas preguntas interesantes (si viene al caso, ya explicaré qué hacen aquí):

¿Continúa la selección natural actuando sobre el hombre moderno?:
http://dl.dropbox.com/u/4948740/blas_benito/articulos/Dobzhansky_1956.pdf

¿Es frecuente la hibridación en plantas?¿son fértiles esos híbridos?:
http://dl.dropbox.com/u/4948740/blas_benito/articulos/Ellstrand_1996.pdf

¿Existen las mutaciones adaptativas?
http://dl.dropbox.com/u/4948740/blas_benito/articulos/Foster_2007.pdf

¿Por qué se produce el problema del rechazo en los trasplantes de órganos?
http://dl.dropbox.com/u/4948740/blas_benito/articulos/Frohn_2001.pdf

La evolución de los hongos
http://dl.dropbox.com/u/4948740/blas_benito/articulos/James_2006.pdf

¿Es posible que la transferencia horizontal de genes produzca nuevas especies?
http://dl.dropbox.com/u/4948740/blas_benito/articulos/Lawrence_2002.pdf

¿Han funcionado los experimentos de especiación en el laboratorio?
http://dl.dropbox.com/u/4948740/blas_benito/articulos/Rice_1993.pdf

un saludo

Curso de modelos GBIF

2011-03-11T17:10:00.003+01:00

Se ha abierto el plazo de inscripción para el ya tradicional taller de Modelización de Nichos Ecológicos del Nodo Nacional de GBIF. Esta mañana lo anunciaba Cristina Villaverde a través de la lista AHIM-L de RedIris:

Estimados/as compañeros/as:

Desde la Unidad de Coordinación de GBIF en España os comunicamos que ya está abierto el plazo de inscripción para el Séptimo Taller GBIF de Modelización de Nichos Ecológicos con datos sobre biodiversidad. El curso se celebrará los días 10 al 13 de mayo de 2011 en el aula de informática del Real Jardín Botánico (CSIC) de Madrid.

En este taller práctico se estudiarán los conceptos básicos para poder realizar análisis de datos biológicos a través de la modelización, así como el manejo de herramientas como Open Modeller o MaxEnt. En esta ocasión el taller será impartido por Blas M. Benito (Centro Andaluz de Medio Ambiente) y se trabajará sobre una máquina virtual de Ubuntu Linux donde estarán instalados y configurados todos los materiales necesarios. Las solicitudes deben ser enviadas a info@gbif.es antes del 8 de abril de 2011.

Toda la información referente al taller, así como el pertinente formulario de inscripción, la encontrareis en: http://www.gbif.es/formaciondetalles.php?IDForm=87

Nos vemos en Madrid!

MIGRAME

2011-03-11T15:22:00.003+01:00

Cambio Global, MIGRAción altitudinal y colonización de hábitats degradados en montañas MEditerráneas (MIGRAME) es el nombre del nuevo Proyecto de Investigación de Excelencia de la Junta de Andalucía en el que está implicado nuestro laboratorio.

Participantes

El proyecto está dirigido por el Doctor Regino Zamora, Catedrático de Ecología de la Universidad de Granada, y participan:

Dr. Josep Peñuelas (CREAF)
Dr. Adrián Escudero (URJC)
Dr. Craig A. Allen (USGS)
Dr. José Antonio Hódar Correa (UGR)
Dr. Lluis Brotons (Centre Tecnològic Forestal de Catalunya)
Dr. Tomás Carlo (Universidad de Washington)
Dr. David Nogués Bravo (Universidad de Copenhage)
Dr. Gregorio Moreno-Rueda (EEZA-CSIC)
Dr. Lorena López-Aparicio (INIA)
Dr. Luis Cayuela (URJC),
Dr. Francisco Javier Bonet (CEAMA- UGR)
Dr. Luis Matias (UGR)
Ing. Irene Navarro (CEAMA-UGR)
Ldo. Antonio J. Pérez Luque (CEAMA-UGR)

Próximamente se añadirán a esta lista:
Dr. Fabio Suzart de Alburquerque (CEAMA-UGR)
Dr. Ramón Pérez Pérez (CEAMA-UGR)
Ldo. Ricardo Moreno Llorca (CEAMA-UGR)

y si todo sale bien, un servidor.

Hipótesis de partida

El proyecto toma como base dos hipótesis de partida fundamentadas en cada uno de los drivers del Cambio Global: el Cambio Climático y el Cambio de Usos del Suelo.

Cambio Climático: El calentamiento del clima provoca un ascenso altitudinal de las poblaciones vegetales, originando un frente de avance altitudinal, demográficamente activo, y un frente de retracción, en el que se da una pérdida de vitalidad de los individuos.
Cambio de Usos del Suelo: El abandono de cultivos posibilita la recolonización de hábitats degradados, originando un frente de avance transversal.

Lugar de trabajo y especies objetivo

El lugar de trabajo es el Parque Nacional de Sierra Nevada, y las especies objetivo son el roble melojo (Quercus pyrenaica), el enebro (Juniperus communis), y sus respectivas aves dispersantes: el arrendajo (Garrulus glandarius) y varias del género Turdus.

Objetivos

El objetivo general del proyecto MIGRAME es reconstruir el pasado de las poblaciones de ambas especies mediante fotointerpretación del vuelo americano del 56 comparando con la situación actual (ortofoto del 2007), conocer la dinámica demográfica y dispersiva actual, y calibrar simulaciones de distribución futura. Estos objetivos se articulan en cuatro bloques (que prácticamente son sub-proyectos) resumidos en la siguiente imagen.

En este enlace puedes descargar un esquema (que aún está madurando) sobre las relaciones entre los distintos bloques con el proceso biológico que queremos estudiar.

El proyecto es ambicioso en cuanto al esfuerzo necesario para conseguir los objetivos. Gran cantidad de hectáreas a fotointerpretar, muchas horas en las parcelas de muestreo con grandes desniveles y pendientes, y más horas de ordenador para trabajar en el sistema de información, analizando los datos y diseñando la "máquina" de simulación. Pero es un proyecto muy interesante, que nos abre muchas puertas a la colaboración con grandes investigadores, y nos va a hacer crecer como grupo de investigación.

Poco a poco iré contando el desarrollo del proyecto.

Un saludo

Cómo de buenos son los modelos?

2011-03-03T17:57:00.005+01:00

Atención, parte de este post es una traducción libre de parte del último párrafo de "Verification, Validation, and Confirmation of Numerical Models in the Earth Sciences" Publicado Por Naomi Oreskes, Kristin Shrader-Frechette y Kenneth Belitz en Science en febrero de 1994.

Recientemente la revista "Diversity and Distributions" (perdona que no ponga el enlace, es mi triste represalia :P) ha rechazado un trabajo que trata sobre los posibles efectos del cambio del clima en la diversidad vegetal de Andalucía (ver Capítulo 8 de mi tesis). El rechazo es algo normal en este mundo (hasta da pena acostumbrarse), y no tendría mayor importancia, de no ser por uno de los comentarios del editor asociado:

"..you should not be over-confident with your results and models. A model is a model, not the truth."

Yo nunca he tenido confianza ciega en los modelos con los que trabajo (aunque tal vez no lo haya reflejado convenientemente en el artículo), pero con mi "trabajo" he aprendido cuales son sus puntos más débiles, y he sido crítico con ellos (especialmente en los últimos capítulos de mi tesis). Aunque no me he dado por aludido, esas palabras sí me han hecho re-pensar en mi concepto sobre "qué" son los modelos y para qué sirven. Y me he quedado igual que antes, pero he recordado este artículo de Oreskes, que termina con una sección que me encanta. Allá va:

Según la filósofa Nancy Cartwright los modelos son "trabajos de ficción", porque algunas propiedades adscritas a los objetos del modelo pueden ser propiedades genuinas del objeto modelado, pero otras simplemente son propiedades convenientes.

Oreskes et al. continúan diciendo que como una novela, un modelo puede ser convincente, puede "sonar real" si es consistente con nuestra experiencia acerca del mundo. Pero del mismo modo que nos preguntamos hasta que punto los personajes de una novela han sido extraídos de la vida real y cuanto es ficticio, deberíamos preguntarle al modelo: ¿cuantos de los componentes del modelo están basados en la observación y medida, y cuanto está basado exclusivamente en valores convenientes?. (Oreskes et al. 1994)

Efectivamente, y volviendo al caso particular, cuando modelamos la distribución de una especie y proyectamos el modelo hacia el futuro, no hay ninguna posibilidad de conocer como se ajusta el modelo a una realidad que aún no se ha dado, y por tanto, el resultado puede considerarse pura ficción (o al menos, "inverificable"). Pero estos modelos no se hacen con la intención de conocer con exactitud los lugares de los que la especie Fulanita fulanoides habrá desaparecido el año 2058 a las 4 de la tarde porque eso no es posible. Estos modelos se hacen con la intención de conocer los límites inferior y superior de la situación potencial, y obtener datos sobre el abanico de posibles resultados.

that's all folks!

Conversión de mapas mentales: de VYM a Freemind

2011-03-01T09:26:00.004+01:00

VYM y Freemind son dos aplicaciones para diseñar mapas mentales bastante completas. Pero no tienen ningún formato compatible que permita intercambiar mapas entre ellos. En este caso explico rápidamente como exportar un mapa VYM directamente a Freemind.

Para hacer la conversión son necesarios los siguientes elementos:

Un SO linux con el programa xsltproc instalado.
Un mapa mental VYM (mini-ejemplo para descargar aquí, se llama prueba.vym).
La hoja de estilo xslt que he llamado vym2freemind.xslt (el original está aquí).

Asumiendo que tienes tanto el mapa mental como la hoja de estilo en el directorio personal, descomprime prueba.vym. De la carpeta resultante (prueba.vym_FILES) copia el fichero prueba.xml a tu carpeta personal.

Ahora que tienes vym2freemind.xslt y prueba.xml en tu carpeta, solo tienes que abrir un terminal y teclear:

xsltproc vym2freemind.xslt prueba.xml > prueba.mm

Pulsa Enter, y si todo va bien, tendrás en tu carpeta el fichero prueba.mm, que ya puede abrirse con Freemind.

Eso es todo!.

Modelos de distribución aplicados a conservación para la Junta de Andalucía

2011-02-21T08:55:00.003+01:00

Recientemente, desde el Servicio de Geodiversidad y Biodiversidad de la Consejería de Medio Ambiente de la Junta de Andalucía y EGMASA me encargaron el proyecto "Modelos de Distribución de Flora para la asistencia a la toma de decisiones en Planes de Conservación".

El objetivo del proyecto es obtener modelos de distribución de alta resolución (40 metros) para asistir en la delimitación de los ámbitos de actuación de 108 especies de flora amenazada de los siguientes planes de conservación:

Plan de Reintroducción, Conservación y Manejo de Flora de Altas Cumbres.
Plan de Recuperación y Conservación de Petridóﬁtos
Plan de Recuperación y Conservación de Flora de Dunas, Arenales Costeros y Litoral

El Departamento de Conservación de Flora nos entregó la información necesaria sobre la distribución de las especies (procedente del FAME; Flora Amenazada de Andalucía). Con los registros de presencia (un total de 43912) calibré modelos mediante MaxEnt, usando 55 variables predictoras (topografía, clima, hidrología, capas temáticas, frecuencias y distancias a distintas entidades, y bandas landsat). Como resultado, para cada especie obtuve:

Un modelo de distribución: mapa raster en el que cada celda de 40x40 contiene la probabilidad de presencia de la especie.
Un fichero vectorial de presencia potencial de la especie: es un resumen del modelo anterior, y delimita las áreas de máxima probabilidad de presencia.

De las 108 especies obtuve modelos para 89, que clasifiqué en tres grupos:

Aplicable: 53 modelos apropiados para el objetivo del proyecto.
Precaución: 20 modelos que deben aplicarse con atención, porque han conseguido un buen ajuste, ya sea por bajo número de presencias o por otros motivos.
Descartar: 16 modelos que es mejor ni mirar, por ajuste muy malo.

El pasado 17 de febrero, con el trabajo ya terminado, me reuní con los responsables para mostrarles los resultados y entregarles el material, y la cosa fue bastante bien (al menos, eso me pareció!). Quiero agradecerles desde aquí su interés e implicación (y aguantar mi charla durante dos horas) a Fernando Ortega Alegre, Carmen Rodriguez Hiraldo, José Rafael Garrido López y Antonio J. Sanchez Almendros

Estoy particularmente satisfecho con el proyecto, porque es la primera vez que se aplican modelos de distribución a la gestión de flora amenazada en Andalucía. Me alegra poder contribuir aunque sea de modo indirecto en la conservación de nuestra flora, y especialmente aplicando una herramienta en la que vengo confiando varios años.

Eso es todo!

VII taller de modelización de nichos ecológicos

2011-02-20T13:18:00.004+01:00

Desde hace varios años la Unidad de Coordinación de GBIF en España organiza talleres de modelización de nichos ecológicos. Yo acudí al primero de ellos en 2005, impartido por el Dr. David Drapper, y fue un primer paso muy importante para mejorar los rudimentarios conocimientos sobre modelado de distribución que tenía en ese momento. También acudí al mismo taller en 2007, esta vez impartido por el Dr. Francisco J. Bonet, y por pura casualidad fue el inicio de las oportunidades profesionales de las que disfruto en este momento (pero eso es otra historia).

Los últimos tres años el taller ha sido impartido por la Doctora Elisa Liras (aquí tenéis el contenido del último), pero en esta ocasión parece que Elisa no estaba disponible, contactaron con Curro Bonet, y él tuvo a bien pasarme el regalo a mi.

Así que del 10 al 13 de mayo de este año estaré en el Aula de Informática del Real Jardín Botánico de Madrid impartiendo el taller.

En estos momentos estoy preparando el temario, así que de momento no puedo dar muchos detalles. Sí puedo adelantar que (si todo sale como debe) trabajaremos sobre Ubuntu (la máquina virtual que preparé para la asignatura "Ecoinformática"), y como herramientas principales usaremos MaxEnt, OpenModeller, Quantum GIS + GRASS, y R. Trataré desde los fundamentos básicos de los modelos de distribución hasta aplicaciones más avanzadas, como estudios de invasibilidad, efecto del cambio del clima en la distribución de especies, y lo que nos de tiempo.

Si os interesa, estad atentos a la sección "Formación y Divulgación" (aún no está abierto el plazo de inscripción).

Un saludo, y nos vemos en Madrid!

Artículo en Climatic Change: Efectos del calentamiento del clima en la vegetación de Sierra Nevada

2011-02-16T16:12:00.010+01:00

Hace unos meses escribí la entrada "Your manuscript has been accepted...", en la que contaba las "aventuras y desventuras" vividas para publicar el paper "Simulating potential effects of climatic warming on altitudinal patterns of key species in Mediterranean-alpine ecosystems", que es una versión mejorada de mi trabajo para obtener el DEA (y escrito en 2007), y que finalmente ha sido publicado en la revista Climatic Change. A continuación voy a hacer un pequeño resumen del paper.

Uno de los efectos del cambio del clima más observados en plantas es el desplazamiento latitudinal y altitudinal de las poblaciones. En este desplazamiento aparecen en los bordes de las poblaciones los frentes de avance (áreas de nueva colonización) y los frentes de retroceso (áreas de extinción local). Para estudiar esta cuestión con más detalle en Sierra Nevada, en este trabajo simulé cambios en la distribución potencial de cuatro formaciones vegetales (robledal, encinar, enebral-piornal y pastizal psicroxerófilo) a lo largo del siglo XXI sobre cuatro escenarios de cambio climático con dos objetivos:

Evaluar el efecto potencial del calentamiento del clima sobre el área potential de las formaciones vegetales.
Describir y aplicar un método simple llamado Diferencial de Idoneidad, que permite localizar los frentes de avance y retroceso de las poblaciones, y pronosticar los patrones de sucesión potencial entre las distintas formaciones.

El método de modelado fue bastante sencillo. Calibré modelos de distribución potencial (ojo, distribución potencial se refiere al hábitat con condiciones idóneas para la especie según las variables usadas para calibrar el modelo, no a la distribución real) actual para las cuatro formaciones usando MaxEnt, tomando como entradas los puntos de presencia de las formaciones y cuatro variables predictoras (temperatura media anual, índice topográfico de humedad, radiación solar media anual y pendiente), y los proyecté sobre cada uno de los escenarios de calentamiento del clima a intervalos de 15 años.

El primer análisis que realicé fue calcular la extensión del área potencial de cada formación a lo largo del tiempo, resultando algo como esto:

Está clara la tendencia general al descenso, especialmente en las formaciones propias de las zonas más altas.

El concepto Diferencial de Idoneidad funciona así: si tenemos dos modelos de distribución consecutivos en el tiempo, al primero le restas los valores de segundo, y obtienes la variación. Donde los valores son positivos, mejoran las condiciones para la especie (posibles frentes de avance), y donde son negativos, empeoran (posibles frentes de retroceso). En la siguiente figura se explica el concepto: puedes observar el modelo t0 (a, cuanto más intenso el verde, mejor); el modelo original ampliado y los puntos de presencia (b); el modelo t1 (c, observa el desplazamiento del área idónea); el diferencial de idoneidad (d, cuanto más rojo, peor).

Ahora atención a la siguiente idea: teniendo en cuenta las especies A y B, para las que disponemos de sus respectivos modelos de distribución presentes y futuros, si en una población de A la idoneidad para A decrece a la vez que se incrementa la idoneidad para B, entonces las condiciones ecológicas están favoreciendo que B reemplace a A.

Apliqué este concepto a las cuatro formaciones vegetales, y resumí los resultados en el siguiente diagrama, que representa el patrón potencial de sustitución entre las cuatro formaciones vegetales:
Cada nodo representa una formación vegetal, y los números (y las flechas según su sentido y grosor) representan promedio de idoneidad de hábitat de las poblaciones. Dentro de los nodos se representa el cambio de idoneidad dentro de la formación, y las flechas representan transferencias de idoneidad entre formaciones. Para explicarlo mejor, me centro en el encinar: el promedio de idoneidad de las poblaciones de encinar pasa de 48 a 3, mientras que las actuales poblaciones de robledal van a ganar 19 puntos de idoneidad para encinar. Por tanto, podemos pensar que el encinar puede avanzar sobre el robledal.

Por supuesto, todos los resultados de este trabajo hay que interpretarlos teniendo en cuenta que se trabaja con modelos y los escenarios, con toda la incertidumbre que eso implica. Los resultados no deben tomarse como predicciones, pero sí que proporcionan indicadores, y nos permiten obtener nuevos puntos de vista desde los que afrontar el problema del cambio climático.

Espero que os guste el original!.

Variables climáticas, temáticas y topográficas para modelos de distribución (Andalucía)

2011-02-06T17:06:00.007+01:00

Por fin, tras largo tiempo de espera, y de nuevo gracias al Dr. Ramón (y a la infraestructura informática que nos proporciona iEcoLab), tengo sitio para colgar material "pesado" de forma permanente. Así que, aprovechando esta situación, he subido para su libre descarga las variables predictivas que utilicé para calibrar los modelos de distribución de los últimos capítulos de mi tesis.

Para ser más exactos, lo que he colgado son 309 de mapas raster, en formato ESRI ARCINFO ASCII y sistema de coordenadas EPSG 23030 (UTM ED50 huso 30) que cubren el territorio peninsular de Andalucía a una resolución horizontal de 40 metros. Los mapas tienen unas 7500 x 13000 celdas, lo que los deja en torno a los 54,7 millones de celdas (redondeando). Están comprimidos en .zip, con tamaños de descarga que oscilan entre 128 y 1.5 MiB.

Para acceder a las descargas puedes ir a la página de la tesis, en el apartado VARIABLES PREDICTORAS. Dentro del directorio hay dos carpetas:

clima: que contiene los mapas climáticos de precipitación media anual, y temperaturas medias máximas y mínimas de verano e invierno para el periodo 2000-2100 en intervalos de 10 años, para la combinación de los escenarios IPCC A2 y B2 con los modelos de circulación global CGCM2 y ECHAM4. Estos mapas se han derivado a partir de la información puesta a disposición pública por la AEMET. Más información en el fichero LÉEME.
otras: contiene una miscelánea de variables que va desde distancias a entidades de interés, frecuencias de esas mismas entidades, bandas Landsat, ndvi, y un buen conjunto de variables topográficas. Más información, y el listado completo de mapas, en el otro fichero LÉEME.

Estas variables son ideales para calibrar modelos de distribución y proyectarlos hacia el futuro con el objetivo de evaluar el efecto potencial del cambio del clima en la distribución de especies, o simplemente para conocer los condicionantes ecológicos de distintas poblaciones (da igual si lechugas o bichos) a lo largo del territorio.

Si vas a utilizarlas, te agradecería que tuvieras en cuenta dos cosas:

Por favor, si vas a publicar un trabajo en el que usas estos datos, cítalos como: Benito, B.M. (2009) Ecoinformática Aplicada a la Conservación: Simulación de Efectos del Cambio Global en la Distribución de la Flora de Andalucía. Tesis Doctoral, Departamento de Botánica, Universidad de Granada (URL: http://ide.ugr.es/blasbenito/tesis/).
Nuestro servidor tiene un ancho de banda limitado. Te agradeceremos MUCHO que no abuses descargando todo de golpe, y que, si es posible (que lo es!), programes tus descargas masivas para que se ejecuten por la noche, de forma que no entorpezca el acceso diario a los datos del resto de los usuarios.

La cita espero que cambie próximamente a un artículo en revista indexada, pero por el momento esta vale.

Si tienes algún problema o sugerencia respecto a este conjunto de datos, no dudes en ponerte en contacto conmigo.

Eso es todo amigos!

Una rápida de gestión ambiental...

2011-02-01T11:36:00.005+01:00

El sujeto de estudio, la planta endémica Limonium estevei. El área, Rambla Macenas (provincia de Almería, proximidades de Mojácar). El asunto, "Grandes éxitos de la gestión medioambiental", que supera en la lista de ventas a la "Ley 8/2003 de 28 de octubre, de la flora y fauna silvestre".

En la imagen:

de fondo la foto aérea del 2007
en rojo las únicas poblaciones conocidas en el universo de esta planta (extraídas a mano de aquí, así que la georreferenciación es aproximada)
en amarillo el hábitat potencial obtenido mediante modelos de distribución (de aquellos tiempos cuando buscábamos poblaciones "ocultas" mediante modelos de distribución)
y de regalo, el Beach y Resort Playa Macenas

Resultados completos de la Tesis Doctoral [autobombo]

2011-01-31T12:08:00.006+01:00

Un buen tiempo después de acabar la tesis, por fin he conseguido un soporte para almacenar de forma permanente los resultados de la tesis, gracias a Ramón.
Y la cosa no era tan sencilla, porque se requiere mucho espacio. Solo los resultados que hay colgados por el momento son 116 GB. Y aún no he colgado las variables predictoras (mapas de topografía, y clima de Andalucía presente y futuro a 100 metros de resolución) ni los resultados de los modelos (otro porrón de gigas...). Pronto caerán, poco a poco. Pero por el momento, esto es lo que hay:

Aquí la entrada general a los resultados. Donde pueden descargarse los pdf de la tesis y la defensa, y puede accederse a los distintos anexos digitales de la tesis.

Aquí directamente a las simulaciones del capítulo 8. Son las simulaciones de cambio en la distribución geográfica de 197 especies de flora según los escenarios de cambio climático A2 y B2 en el periodo 2000-2100 a intervalos de 10 años, con una resolución espacial de 100 metros. Todo el cálculo se hizo con un autómata celular acoplado a modelos de distribución. Lo mejor son las animaciones, en el apartado 3 de cada ficha. Como curiosidad, todo el proceso llevó unas 4000 horas de cálculo (en 6 PCs y mi querido DELL PRECISION 7500, que se cargó él solito la mitad del trabajo).

En el panel derecho del blog, en la sección OTROS TRABAJOS, está el enlace directo: Anexo Tesis Doctoral (html).

Y eso es todo, por el momento!.

OBTENER NÚMERO DE LÍNEAS DE n FICHEROS [APUNTES]

2011-01-18T13:08:00.004+01:00

Cuando hacemos muchos modelos de distribución, un detalle importante es el número de registros de presencia disponibles para cada especie. Nuestro objetivo es obtener una tabla con el nombre y el número de presencias de cada especie.

Asumiendo que los ficheros con los registros de presencia no tienen ninguna cabecera, y están almacenados todos en el mismo directorio, estas son las órdenes necesarias:

cd directorio_presencias
for especie in *; do
lineas=`wc -l $especie`
echo $especie >> /ruta/fichero_salida.txt
done

El resultado es fichero_salida.txt, que tiene un formato como este,

508 Adenocarpus_gibbsianus
7 Alchemilla_fontqueri
356 Allium_pruinatum
132 Anthemis_bourgaei
313 Antirrhinum_charidemi
1 Aquilegia_cazorlensis

en el que el nombre de cada especie está precedido por el número de registros de presencia.

ARGUMENTOS A FAVOR DE LA ACTUACIÓN CONTRA EL CAMBIO CLIMÁTICO (VÍDEO)

2011-01-15T12:41:00.003+01:00

Os recomiendo el siguiente vídeo de Greg Craven (gracias al usuario de youtube dgncadiz), en el que nos explica por qué es una actitud irresponsable no actuar contra el cambio climático, independientemente de si este finalmente ocurre o no...

CURSO DE MODELOS DE DISTRIBUCIÓN

2011-01-13T11:34:00.004+01:00

El próximo mes de Mayo el Dr. David Nogués-Bravo y yo impartiremos un curso sobre modelos de distribución de especies titulado "Nuevas Fronteras en los Modelos de Distribución de Especies (I Edición)".

Toda la información relativa al curso puede obtenerse en la página de la Fundación General UGR-Empresa, y en el tríptico, pero a continuación voy a resumir algunos detalles.

El curso se imparte en el Centro Andaluz de Medio Ambiente durante los días 23 a 27 de Mayo de 2011, en horario de 09:00 a 14:00. Hay 20 plazas disponibles, y el coste de la matrícula es de 275 € (hay cinco becas de 100 € para socios de la AEET; consultar en info[arroba]aeet.org).

Los contenidos van a seguir el siguiente esquema:

Módulo 1. TEORÍA Y ENTORNO DE TRABAJO

Teoría, conceptos y principios sobre los modelos de distribución de especies
Entorno de trabajo
Variables ambientales

Módulo 2. DATOS Y HERRAMIENTAS INFORMÁTICAS

Registros de presencia
Introducción a MaxEnt y Openmodeller

Módulo 3. CALIBRACIÓN Y VALIDACIÓN

Calibración de modelos con MaxEnt y Open Modeller: calibración, multi-calibración, proyecciones de consenso y probabilísticas
Evaluación de modelos: evaluaciones “pseudo-independientes” e independientes

Módulo 4. APLICACIONES I

Cartografía y localización de poblaciones desconocidas
Impactos futuros del cambio climático en la biodiversidad

Módulo 5. APLICACIONES II

Impactos de cambios climáticos pasados en la biodiversidad Cuaternaria
Modelos de distribución y redes tróficas

Para mi será una buena oportunidad para conocer a David Nogués-Bravo, un verdadero crack en este área de conocimiento, y sobre todo, para aprender de él (a ver si se me pega algo!).

Espero veros por allí!

THE HUMAN FOOTPRINT AND THE LAST OF THE WILD (y dos)

2011-01-12T19:18:00.012+01:00

En el post anterior comenté muy por encima como mapear la huella humana en el territorio tomando como referencia a Sanderson et al. (2002) y Woolmer et al. (2008). Generar un mapa de huella humana de Andalucía nos pareció un ejercicio interesante para que nuestros alumnos de Ecoinformática practicaran sus destrezas con GRASS (y de paso se jugaran la evaluación...). En este post voy a resolver la parte GRASSienta del ejercicio. Todo el material necesario puedes descargar de aquí (113MB).

El fichero que estás descargando contiene:

dirgrass: directorio de trabajo de GRASS con todas las capas necesarias
papers: con los artículos de Sanderson y Woolmer
hu.grass: script de GRASS para generar el mapa de huella humana
HUELLA_HUMANA.jpg y .svg: esquema del flujo de trabajo necesario para generar el mapa
HUELLA_HUMANA_MAXIMUM y SUM .jpg: capturas de alta resolución de los mapas de huella resultantes

El directorio de GRASS

El directorio de mapas de GRASS se llama dirgrass, y contiene una localidad denominada andalucia_geo2. En esta localidad, que comprende el territorio andaluz, hay dos mapsets; PERMANENT, donde están las capas de partida, y huella_humana, donde vamos a trabajar. Copia dirgrass en tu directorio personal.

En el mapset PERMANENT hay varias capas raster, pero solo usaremos cob_corine (usos de suelo Corine Land Cover) y pob_2000 (densidad de población en el año 2000). También tenemos un montón de capas vectoriales que representan distintas infraestructuras, todas con el prefijo infr_.

Inicia GRASS en el mapset huella_humana.

El flujo de trabajo

El esquema de trabajo está resumido en la siguiente imagen (pulsa para ampliar; en el fichero comprimido viene en alta resolución).

El script

El script que contiene todos los pasos necesarios para generar el mapa de huella humana es hu.grass. Cópialo en tu carpeta personal.

La primera vez puedes ejecutarlo paso a paso, copiando cada línea en la terminal de GRASS para ir viendo cada resultado, con el objetivo de entender el proceso. Posteriormente, cuando se te ocurran cambios que hacer en el script para generar un mapa de huella más acorde a tu criterio, puede ejecutarlo directamente tecleando esto en la terminal de GRASS:

bash hu.grass

El resultado final

El resultado final debe parecerse a este (más o menos, según las variaciones que añadas al script), si usas el mapa que suma la huella de los distintos temas,

o como este si prefieres el máximo de huella por celda del conjunto de temas.

Hay muchas variaciones posibles dentro de la misma metodología, tanto en tamaños de buffer, como ponderaciones de la huella de cada capa particular, e incluso la posibilidad de ponderar la suma final. Elige la tuya, pero justifícala...

Y eso es todo!

THE HUMAN FOOTPRINT AND THE LAST OF THE WILD

2011-01-09T17:01:00.006+01:00

Así comienza (y sin que sirva de precedente la cita bíblica) el artículo titulado "The Human Footprint and the Last of the Wild" (Sanderson et al. 2002). Según esta entrada (me gustaría ver la cara de los referees) la buena (y mala noticia), es que hemos tenido éxito, mucho éxito, ocupando la Tierra que nos acoge. Cada casa, cada cultivo, cada camino, cada "cosa" que construimos o tocamos es una parte de la huella humana sobre el planeta. Pero no todas esas "cosas" tienen la misma intensidad. Esa intensidad puede medirse como un área de influencia (distancia de impacto sonoro de una autovía), como un grado de reversibilidad (posibilidad de regenerar el hábitat natural terminada la vida útil de la "cosa"), o como un grado de naturalización (no es lo mismo un bosque repoblado que un bosque natural).

Siguiendo esta idea, los autores de este artículo han mapeado a escala mundial la huella humana en el territorio, tal y como muestra la siguiente imagen (negros y rojos = alto valor de huella; naranjas y amarillos = menor valor de huella).

Es un concepto simple pero potente, que permite evaluar el grado de antropización del territorio con un único mapa, y además, las operaciones para calcularlo son sencillas, aunque requieren mucha información, que a veces es difícil de conseguir.

Sanderson et al. usan cuatro tipos de datos para generar este mapa: densidad de población, tipo de uso del suelo, accesibilidad e infraestructura energética.

Para la densidad de población, estos autores asumen que la huella humana se incrementa linealmente de 0 a 9 hasta las 10 personas/km2, y a partir de ahí cualquier valor equivale a 10.

Los usos de suelo con valor de huella 10 son las construcciones humanas de cualquier tipo. Los valores 8, 7 y 6 se reservan para distintos tipos de cultivos, mientras que los valores menores se asignan a usos mixtos poco antropizados.

Para medir las accesibilidad del territorio generan buffers a distintas distancias sobre carreteras, ríos, líneas de costa, otorgando valores bajos de huella a estas áreas de influencia.

Como indicador de la infraestructura energética usan las luces visibles en la noche a partir de imágenes satélite, asignando valores de huella según el porcentaje de días del año que permanecen iluminadas las distintas regiones.

Finalmente suman los distintos factores para obtener el índice de huella humana.

En los valores más bajos de este mapa se encuentran "the last of the wild", o las áreas menos influenciadas por el hombre.

Las principales aplicaciones de este mapa giran en torno a la selección de reservas en función de la huella humana. Donde la huella humana es baja, es posible plantear objetivos de conservación más ambiciosos que en aquellos lugares con huella alta.

Un problema fundamental de este mapa es la actualidad de los datos. Toda la información de partida procede de grandes conjuntos de datos que tardan varios años en confeccionarse, por lo que pueden aparecer errores locales de consideración. Otro problema es la escala (1 km), algo más grosera que la utilizada para el diseño de planes de conservación.

Otro artículo muy recomendable sobre la misma temática es "Rescaling the Human Footprint: A tool for conservation planning at an ecoregional scale" (Woolmer et al. 2008), que consiste en una mejora del mapa de huella humana incrementando la resolución (90 m). El cambio de resolución implica el uso de mejores datos, y algunos cambios en la metodología. Para mi gusto, este segundo artículo es más completo en cuanto a metodología.

Y este es el fregado en el que andan ahora mismo mis alumnos de máster, generando un mapa de huella humana de Andalucía. Pronto os contaré el resultado de los trabajos de los alumnos, y os proporcionaré los datos y el código de GRASS necesario para calcularlo vosotros mismos.

That's all!

PD: Gracias a mi compañero del iEcolab Ricardo Moreno Llorca por introducirme en este interesante tema.

SINCRONIZAR CARPETAS A TRAVÉS DE SSH [apuntes]

2010-12-29T11:58:00.005+01:00

Actualmente disponemos de un "juguete" nuevo en el CEAMA; una infraestructura virtual basada en VMware, que corre sobre dos servidores DELL con un total de 16 procesadores y 64 GB de RAM. Con este juguete podemos crear máquinas virtuales con los programas necesarios para ejecutar múltiples tareas, o para alojar distintos servicios (como nuestro repositorio de modelos o el sistema de información del Observatorio).

En una de estas máquinas virtuales se está ejecutando MaxEnt para generar modelos de distribución de plantas amenazadas de Andalucía a 40 metros de resolución espacial. Pero los resultados de MaxEnt los voy a procesar con GRASS en mi máquina personal del laboratorio. Para ir recibiendo los resultados según se generan, "basta" con sincronizar la carpeta de resultados de la máquina virtual con una carpeta en mi máquina real. Para esto sirve rsync, y como canal de comunicación usaré ssh.

Para evitar la contraseña en las conexiones ssh generando un "vínculo de confianza2 entre ambas máquinas en primer lugar hay que generar la clave que identifica a nuestro ordenador. Desde la terminal teclea:

ssh-keygen

Ojo, dejar vacío el passphrase.

Para copiar la clave en la máquina remota (todo en la misma línea):

scp -P numero.puerto ~/.ssh/id_rsa.pub user@maquina.remota:/home/user/.ssh/authorized_keys

Una vez copiada la clave, vamos a sincronizar las carpetas.

Carpeta en la máquina virtual = /home/user/a
Carpeta en la máquina real=/home/user/b

Desde un terminal:

rsync -avr -e ssh user@maquina.remota:/home/user/a/ /home/user/b/

Si estás detrás de un router, y has redireccionado el puerto para el ssh de tu máquina:

rsync -avr -e "ssh -p numero.puerto" user@maquina.remota:/home/user/a/ /home/user/b/

La primera vez tardará mucho porque bajará a la máquina real todo el contenido de la carpeta. Una vez que esto ocurra, ya solo transmitirá los cambios.

ACTUALIZACIÓN: Gracias a Ramón Pérez he actualizado la entrada, mostrando como se genera una clave RSA para generar confianza entre ambas máquinas y evitar tener que teclear la contraseña al establecer la conexión.

NOTA: Si cierras la terminal desde la que inicias el proceso, la sincronización se para. Una opcioń es poner " &" (espacio más &) al final de la línea para que se ejecute en segundo plano. Si apagas tu ordenador de vez en cuando, tendrás que poner la línea en el cron para que se ejecute de forma automática cada cierto tiempo.

ACTUALIZACIÓN 2: XuRxO nos indica que screen (mira esto y esto) es una alternativa mejor que el " &" para mantener el proceso funcionando en segundo plano, porque además te permite retomar el control. Gracias XuRxO!.

Asignatura Ecoinformática: enlaces permanentes al material

2010-12-23T15:52:00.001+01:00

Los siguientes enlaces al material de la asignatura son permanentes:

temario: http://alfresco.iecolab.es:8080/alfresco/d/d/workspace/SpacesStore/eabb4000-9ba3-459b-ad85-7505e9311901/TEMARIO.zip

dirgrass: http://alfresco.iecolab.es:8080/alfresco/d/d/workspace/SpacesStore/66f5c861-6daf-430f-a537-a3e4e31ae195/DIRGRASS.zip

Descargas: http://alfresco.iecolab.es:8080/alfresco/d/d/workspace/SpacesStore/f42ab7a9-ea75-401d-b8b5-267a4b209433/GEODATOS.zip

Máquina virtual: http://alfresco.iecolab.es:8080/alfresco/d/d/workspace/SpacesStore/3381bd6e-7cb3-41af-8358-9094e87147cd/Ecoinformatica_alumnos.vdi.zip

Eso es todo, que no es poco

Felices vacaciones!

R: Boxplot de todas las columnas de un data frame [apuntes]

2010-12-22T20:01:00.002+01:00

Problema: Una tabla con 170 variables y dos factores. Quiero dibujar en ficheros png los diagramas de caja de cada una de las variables. Allá va el apunte:

d <- read.table(ruta_tabla/tabla.txt", header=TRUE, sep="|", na.strings="NA", dec=".", strip.white=TRUE)

variables<-colnames(d)

for (i in 1:ncol(d))
{
png(paste(variables[i], '.png'))
boxplot(d[,i]~tipo, notch=TRUE, ylab=variables[i], xlab="tipo", main=variables[i], data=d)
dev.off()
}

Y quedan tal que así:

Material asignatura Ecoinformática

2010-12-21T20:44:00.002+01:00

Os dejo los enlaces (provisionales) a todo el material de la asignatura (ojo, todos son bastante "voluminosos"):

Máquina virtual: http://150.214.217.36/ecoinformatica/Ecoinformatica_alumnos.vdi.zip. La máquina virtual ya contiene todo lo siguiente. Ojo, pesa unos 8 GB. Si trabajas en Windows, asegúrate de tener NTFS como sistema de ficheros de tu disco duro.

Temario: http://dl.dropbox.com/u/4948740/ECOINFORMATICA/TEMARIO.zip.

Geodatos (directorio Descargas): http://dl.dropbox.com/u/4948740/ECOINFORMATICA/GEODATOS.zip. Son los datos geográficos iniciales descargados de distintas fuentes en Internet.

dirgrass (/home/ecoinformatica/dirgrass): http://dl.dropbox.com/u/4948740/ECOINFORMATICA/DIRGRASS.zip. Es el directorio de mapas de GRASS GIS tal y como queda al terminar la asignatura.

Que lo disfrutéis!.

Asignatura "Ecoinformática" terminada (algunas pinceladas)

2010-12-18T21:57:00.003+01:00

Hace ya tiempo anuncié que en el Máster Universitario en Conservación, Gestión y Restauración de la Biodiversidad, a impartir en la Universidad de Granada desde el curso 2010-2011, se incluiría una asignatura denominada "Ecoinformática", a impartir por el Dr. Francisco J. Bonet y un servidor.

Algo que en principio no podíamos ni soñar (es muy difícil conseguir una asignatura en un máster de este calibre, sobre todo si no formas parte de la maquinaria de la Universidad) ya se ha hecho realidad, porque este viernes hemos terminado de dar las clases. Aún quedan por ver los trabajos de los alumnos, pero aún antes de que llegue ese momento, y a riesgo de pecar de autocomplacencia, ya creo que todo ha salido bien.

Y ha sido así gracias a:

El apoyo y la confianza de Julio Peñas, fundamental para la aceptación de la propuesta inicial de la asignatura.
La confianza y el apoyo de Ana Teresa Romero, coordinadora del máster.
La dedicación de Curro, que ha estado ahí pese a su terrorífica agenda, para dimensionar racionalmente el temario y poner tranquilidad cuando arreciaba el ataque de nervios.
Los alumnos (catorce), que han sido bombardeados con conceptos nuevos sin ninguna misericordia, y siempre han respondido con una sonrisa. ¡Incluso nos pidieron más horas de clase!.
Y a todos los implicados en el desarrollo de software libre, que nos han proporcionado desinteresadamente todas las herramientas necesarias para llevar el trabajo a buen término.

El temario práctico ha sido (muy) ambicioso pese al poco tiempo disponible. Aún así, creo que no ha estado mal. Hemos trasteado mucho, y a un nivel muy interesante, trabajando mucho con la consola y scripts para automatizar procesos:

Bases de datos relacionales con PostgreSQL.
Documentación de información mediante EML y Morpho a cargo de Antonio J. Pérez Luque (mil gracias Antonio")
Gráficos 3D con vrml mediante el paquete de R vrmlgen
Gráficos interactivos con Google Docs
Fusión de imágenes landsat con Imagemagick
Generación de un modelo del territorio con GRASS GIS
Scripting con Bash y GRASS desde la consola de linux
Análisis de datos geográficos con GRASS GIS y R mediante la librería spgrass6
Análisis de series temporales de NDVI con GRASS GIS y R
Modelado de distribución con MaxEnt y análisis de los resultados con Quantum GIS y su plugin para GRASS

El software libre ha sido fundamental en el desarrollo de las prácticas. Para trabajar preparamos una máquina virtual (en VirtualBox, ahora Oracle VirtualBox :( ) de la distribución de linux Ubuntu Lucid Lynx convenientemente modificada, y con todos los programas necesarios para cubrir los objetivos del curso perfectamente instalados. La máquina virtual pretendía ofrecer a los alumnos una herramienta potente y perfectamente configurada que pudieran llevarse en sus ordenadores, sin necesidad de alterar la instalación de sus "ventanas". La máquina finalmente quedó tan bien que ya la pasé a "máquina real" en mi portátil, y es la que más uso para trabajar. Si alguien quiere tenerla, ¡no tiene más que decirlo!

Los alumnos podrán decir que la asignatura ha sido dura, y sí, ha sido dura, pero para todos. Muchas horas preparando un temario consistente han resultado en maratonianas sesiones de hasta cinco horas en algún caso. Lo más complicado ha sido superar el escaso nivel de los alumnos con operaciones básicas en el ordenador. No es solo falta de los alumnos, porque el sistema educativo desprecia la formación en informática. Al menos nuestros alumnos han comprendido la importancia que tiene un buen manejo de las herramientas, y la ventaja competitiva que ello supone.

El tiempo disponible nos ha sabido a muy poco, y a Curro ya está pensando en organizar "algo" más grande...el tiempo y las agendas dirán.

Un saludo

Montar PostgreSQL en ubuntu 10.04 [apuntes]

2010-11-28T19:54:00.003+01:00

Tutorial rápido y sencillo (tanto que no entenderás nada si no lo has hecho antes...) sobre como montar Postgresql + Postgis + Pgadmin3 en ubuntu Lucid (10.04). Todo lo que está en Courier va pegado en la línea de comandos.

1. Instalar todo

sudo apt-get install pgadmin3 pgadmin3-data postgresql-8.4-postgis postgresql-8.4 postgresql-client-8.4 postgresql-common postgresql-client-common postgresql-8.4-filedump-8.4

2. Arrancar el servidor (en realidad, arranca solo al reiniciar)

sudo /etc/init.d/postgresql-8.4 start

3. Asignar contraseña al usuario postgres (no es estrictamente necesario, pero así sabrás cual es cuando la necesitas)

sudo -u postgres psql
\password postgres
\q

4. Crear un usuario con privilegios

sudo -u postgres createuser -s -E -P nombre_usuario

5. Crear una base de datos

createdb nombre_bbdd

6. Activar el lenguaje PL/pgSQL

sudo su nombre_usuario
createlang plpgsql nombre_bbdd

7. Cargar definiciones de postgis en la base de datos

psql -d nombre_bbdd -f /usr/share/postgresql/8.4/contrib/postgis.sql
psql -d nombre_bbdd -f /usr/share/postgresql/8.4/contrib/spatial_ref_sys.sql

8. Añadir servidor en Pgadmin3

Arrancar Pgadmin3
-Menú Archivo> Añadir servidor
-nombre=nombre_servidor
-servidor=localhost
-nombre de usuario=nombre_usuario
-contraseña=contraseña del usuario
-almacenar la contraseña=marcar

9. Abrir la base de datos en Pgadmin3

pulsar dos veces sobre el servidor "nombre_servidor"
desplegar "Bases de Datos"
desplegar "nombre_bbdd"
desplegar "esquemas"
desplegar "public"
desplegar "tablas"

10. Si todo ha salido bien, ya tienes montada tu base de datos. Ahora, a SQLear

No soy ningún experto en el tema; ¿alguna sugerencia?.

Servidor web rápido en linux [apuntes]

2010-11-27T22:07:00.006+01:00

Preparando la infraestructura electrónica para nuestro módulo "Ecoinformática" del Máster en Conservación, Gestión y Restauración de la Biodiversidad, me he encontrado con la posibilidad de tener que pasar a los alumnos material de forma rápida e improvisada desde cualquier directorio de mi ordenador.

La mejor solución que he encontrado es levantar un pequeño servidor web temporal desde la carpeta en la que se encuentren los ficheros a compartir. Ojo, esto es dentro de una red interna, y no tiene muchos riesgos ya que estamos detrás de un firewall. Pero no creo que sea aconsejable dejar un directorio abierto de esta manera en la "jungla" que es Internet. Tal vez alguien más puesto en seguridad pueda indicarnos algo acerca de esto.

Opción 1 (artesanal):

Abre terminal y...(los nombres en rojo son variables que debes rellenar con tus propios valores)

cd nombre_carpeta
python -m SimpleHTTPServer numero_puerto

Para comprobar que funciona, teclea en la barra de direcciones de tu propio navegador

http://localhost:numero_puerto

Si va bien, cualquiera puede acceder a nombre_carpeta poniendo en su navegador

http://ip_host:numero_puerto

El servidor se muere cuando cierras la terminal que usaste para iniciarlo.

Opción 2 (facilitamos la tarea con los scripts de Nautilus):

Instala nautilus-script-manager, cierra tu sesión de ubuntu y vuelve a abrirla. Ahora en el menú contextual aparecerá un submenú llamado "scripts". Despliégalo y pulsa sobre la opción "Abrir carpeta de scripts". Dentro de esa carpeta crea un fichero de texto plano sin extensión con el siguiente texto:

#!/bin/bash
python -m SimpleHTTPServer numero_puerto

Guárdalo con el nombre que quieras y dale permisos de ejecución. A partir de ahora podrás crear tu servidor con un par de clicks de ratón en cualquier directorio.

Para apagarlo, busca en Monitor del Sistema un proceso Python con el nombre del fichero que has creado, pulsa botón derecho, y dale a "Matar proceso".

That's all folks!

FUENTE: http://docs.python.org/library/simplehttpserver.html

Your manuscript has been accepted...

2010-11-18T20:13:00.005+01:00

Sí, es raro, pero a veces ocurre. Se alinean los astros (si es que eso sirve para algo), una rana siente la imperiosa necesidad de peinarse, y te aceptan un artículo en una revista científica yanqui de prestigio. Eso un día raro cualquiera. En el resto de días "normales", cuando alguno llega a serlo, ni siquiera te planteas la posibilidad, aburrido de rechazos, revisiones, re-revisiones de revisiones (no te pierdas esto), mientras piensas en tu exiguo curriculum, que algún día causará la risa de alguien en un comité de selección.

Entonces, ahí llega. Un correo con un asunto poco sugerente (algo como "Climatic Change ms 4394 Benito"). Y lo abres pensando ¿qué narices pasará ahora?. Y ahí está pero aún no lo ves. Lees en diagonal y captas algo como "letter of acceptance". Un "clic", sube "la cosa" como 80 ó 90 pulsaciones (sobre 60), y abres como loco el fichero adjunto, que te lo confirma. Se han acabado las esperas, las collejas de los revisores y los cambios en el puñetero manuscrito. Has terminado un trabajo de años.

Y digo de años, porque en el mundo de los mortales conseguir una publicación lleva eso, años. Un día se te ocurre una idea, la compartes con tus jefes, y empiezas a trabajar en ella. Diseñas el asunto, consigues los datos, programas las simulaciones, y encuentras el modo apropiado de analizarlas. Con los resultados en la mano, escribes, borras, escribes y borras un poco más. Después tus jefes borran, sugieren, y escribes de nuevo. Es la puñetera espiral: siempre hay una forma más sencilla de decirlo, un nuevo matiz apenas imperceptible que tienes que captar, asimilar y mejorar, o una nueva referencia bibliográfica que leer para mejorar tu propio texto.

Y cuando crees que has acabado, no te levantes porque llega lo mejor: hay que enviarlo a alguna revista. Como eres un tío prudente, habías pensado en revistas "normalitas", como Science, Nature, PLOS... Pero tu jefe te da la colleja, y te baja al suelo para que no pierdas el tiempo: "Tira alto tío, pero no tanto". Ok, mensaje recibido. Buscas la revista y, sorpresa sorpresa: el formato que exigen no se ajusta al de tu texto (ni en las puñeteras referencias). Te lleva un rato (o diez) cambiar el formato, otro rato rellenar el maldito "submission on-line", y medio rato recibir el aviso de rechazo del editor (que si no se ajusta a los aims and scopes, que si no tiene la calidad mínima exigida para nuestro supermegachupi international journal de los eggs, y un largo etcétera de creativas posibilidades).

Go to start, de oca a oca y tiro por que me toca, y repites el proceso con la siguiente. Hasta que un editor piadoso (yo diría "un visionario") lo pasa a revisión. Discutes de forma extremadamente amable con el referee unos cientos de veces (aquí todo hay que hacerlo con extrema amabilidad, que si no te marcan forever) y, hala, yata! (como diría Hiro Nakamura), se acabaron los años.

Y toda esta historia viene a cuento de lo siguiente, por si ya no lo sabías: me han aceptado un trabajo (por suerte no es una novedad, solo un evento poco frecuente). Y este me hace especial ilusión porque es mi DEA lo que va ahí, mi primer trabajo de investigación medianamente serio, en el que al menos sabía lo que hacía.

Así que, próximamente en sus pantallas, Climatic Change les ofrece "Simulating potential effects of climatic warming on altitudinal patterns of key species in mediterranean-alpine ecosystems", un paper codirigido por un servidor, Juan Lorite y Julio Peñas.

Tal vez no lo lea nadie, y mi índice H se quede con un valor promedio de termómetro siberiano. Pero eso, no tiene importancia...porque ahora ya puedo dejar de mirar atrás, y concentrarme en nuevos proyectos.

¡Gracias por llegar hasta aquí!

Anuncio para pedir FPU asociada a un proyecto (Departamento de Botánica, UGR)

2010-11-09T13:50:00.004+01:00

Recientemente a mi Director de Tesis, el Dr. Julio Peñas de Giles (Departamento de Botánica de la Unversidad de Granada), el Ministerio de Educación y Ciencia (supongo, con estos cambios de gobierno nunca se sabe) le ha concedido un proyecto I+D titulado “FILOGEOGRAFÍA Y CONSERVACIÓN DE FLORA ENDÉMICA DE HÁBITATS “ISLA”: ESPECIES IBERO-NORTEAFRICANAS DE MOEHRINGIA SECT. PSEUDOMOEHRINGIA” (en el que también participo). Dado que están de moda los recortes en ciencia, el proyecto es pequeño, y carece de beca FPI asociada.

Por este motivo buscamos alguna persona licenciada en Biología, CC Ambientales, Farmacia o similar, con expediente igual o superior a 2.5 :( y cuyo título haya sido obtenido después del 1 de enero de 2008, que esté interesado en pedir una beca FPU para hacer si tesis apoyada por dicho proyecto. Según parece, la próxima convocatoria de becas FPU se abrirá entre el 18 de noviembre y el 9 de diciembre de este año.

Los interesados deben dirigirse a Julio Peñas de Giles (e-mail julio(arroba)ugr.es).

Entended que no es una oferta de trabajo seguro, conseguir la beca FPU no es sencillo, pero sí supone una buena oportunidad para entrar en el mundo de la investigación.

Un saludo, y buena suerte!

Mapas de clima simulado de Sierra Nevada

2010-11-02T11:13:00.011+01:00

Hace tiempo que están cocinados, pero hoy me han dado la oportunidad de ponerme a escribir sobre ello. Y por cierto, esta entrada es muy parecida (solo añado algunas figuras) a esta que acabo de colgar en la web del iEcolab. Allá va:

Introducción

El Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada, además de monitorizar cambios en los ecosistemas, tiene como labor pronosticarlos, y los mapas de clima simulado son una herramienta fundamental para esta tarea.

Los mapas de clima simulado tienen como base los escenarios alternativos diseñadas por el Panel Intergubernamental de Cambio Climático (IPCC), que consideran distintas posibilidades de desarrollo económico, energético, político y tecnológico de la sociedad humana a lo largo del siglo XXI. A cada escenario le corresponden unas estimaciones geográficas y temporales de emisiones de gases con efecto invernadero, que se usan como entrada para alimentar los Modelos de Circulación Global (complejos simuladores del comportamiento del clima). Como resultado se obtienen simulaciones del comportamiento del clima en las próximas décadas a una baja resolución espacial. Los métodos de regionalización mejoran la resolución de estas simulaciones, permitiendo su utilización para la evaluación del impacto climático a escala local.

Los datos de origen

La AEMET proporciona simulaciones climáticas regionalizadas para los escenarios A2 y B2 según los modelos de circulación global CGCM2 y ECHAM4 en forma de datos diarios de temperatura media máxima, temperatura media mínima y precipitación para cada una de las estaciones climáticas de su red. El escenario A2 describe un mundo basado en la conservación de las identidades locales y un crecimiento continuo de la población, en el que el desarrollo económico es lento, y no se adoptan medidas de mitigación del cambio climático. El escenario B2 describe un mundo similar, pero con un ritmo de crecimiento poblacional menor y considerando políticas de sostenibilidad ambiental.

Los mapas

En iEcolab hemos procesado las observaciones y las simulaciones climáticas de las estaciones meteorológicas de la red AEMET dentro del área de influencia de Sierra Nevada para generar cuatro series temporales (una por cada combinación de escenarios y modelos) de mapas anuales de alta resolución espacial (10 y 100 metros). Tomando los datos observados en el periodo 1990-2009 hemos generado mapas climáticos mediante regresión múltiple e interpolación de residuos (Ninyerola et al. 2000) tomando como predictores la elevación, la distancia al Mediterráneo y al Atlántico y las horas de insolación. Tomando estos mapas como referencia, hemos calculado las anomalías (diferencia entre valor real y simulado) para cada año dentro del periodo 2011-2100, y las hemos interpolado mediante SPLINES. La suma del mapa de referencia con cada mapa de anomalías proporciona la serie completa de mapas de clima simulado. En total hemos generado 1083 mapas, automatizando el proceso mediante un flujo de trabajo semi-automatizado que comprende el uso de Kepler, Bash, R, Grass GIS, Postgresql y PostGIS (¡todo software libre!).

Disponibilidad

Los mapas de 100 metros de resolución están disponibles en el Sistema de Información Linaria (es necesario registrarse) en formato shapefile y ESRI ARCINFO ASCII (extensión .asc). Pueden consultarse de forma dinámica las tendencias para cada ecosistema, mediante una elegante interfaz diseñada por el Dr. Ramón Pérez (aún está en desarrollo).

Los mapas de 10 metros están almacenados en una base de datos de GRASS, y por el momento son para uso interno (estudiaremos cualquier petición al respecto). Ambos conjuntos de mapas están en el sistema de referencia UTM ED 50 (EPSG 23030).

Un ejemplo

Puedes dar un vistazo al resultado en este vídeo, que muestra la serie de mapas de precipitación para el escenario B2 y el modelo ECHAM4.

¡Hasta otra!

MONITORIZANDO PROCESOS DE CÁLCULO DESDE TWITTER (II) [apuntes]

2010-07-08T18:28:00.004+02:00

En el post anterior he explicado como pueden enviarse tweets desde la línea de comandos en GNU/Linux, para monitorizar procesos de cálculo.

La idea es que nos lleguen tweets con información importante sobre el proceso de cálculo, como podría ser el número de iteración, la carga de cpu del sistema o el espacio libre en disco. Lo del número de iteración ya quedó resuelto en el post anterior, y ahora voy a centrarme en la monitorización de carga de la cpu y el espacio disponible en disco.

Carga de CPU

Nos dará un indicador del uso de cpu que hace el proceso de cálculo. Por suerte, GNU/Linux guarda promedios de uso de cpu en el fichero /proc/loadavg. Prueba el siguiente código en una línea de comandos:

cat /proc/loadavg
3.00 2.91 2.43 5/285 24527

Del resultado solo nos importan los tres primeros números, que representan el promedio de carga de CPU durante el último minuto, los últimos cinco minutos y los últimos 10 minutos. Dicho número debe interpretarse teniendo en cuenta el número de núcleos del procesador (para saberlo, escribe en la línea de comandos "cat /proc/cpuinfo" y busca la línea "cpu cores"). Si la máquina tiene 4 núcleos, y la carga en los últimos 10 minutos ha sido 3, en ese tiempo la máquina ha tenido carga para tener 3 de esos 4 núcleos trabajando al 100%.

¿Cómo lo cargo uno de estos números como valor de en una variable para sacarlo por twitter?. Muy sencillo usando cat + awk:

Para el primero:

carga1=`cat /proc/loadavg | awk ' { print $1 }'`

Para el segundo:

carga5=`cat /proc/loadavg | awk ' { print $2 }'`

Para el tercero:

carga10=`cat /proc/loadavg | awk ' { print $3 }'`

Son los caracteres marcados en rojo lo que en cada orden sacan el primer, segundo y tercer número de la terna, respectivamente.

El espacio disponible en disco

El uso en disco es otra historia, basada basada en el comando "df". Escribe el comando en la consola.

S.ficheros Bloques de 1K Usado Dispon Uso% Montado en
/dev/sdg3 81316128 45450504 31735316 59% /
tmpfs 3011800 0 3011800 0% /lib/init/rw
varrun 3011800 120 3011680 1% /var/run
varlock 3011800 0 3011800 0% /var/lock
udev 3011800 196 3011604 1% /dev
tmpfs 3011800 616 3011184 1% /dev/shm
lrm 3011800 2560 3009240 1% /lib/modules/2.6.28-16-generic/volatile
/dev/sdg6 192047228 120455428 61836336 67% /media/TALLER
/dev/sdb2 1288760012 68560436 1154734304 6% /media/PROYECTOS

El resultado es poco amigable, con un montón de parámetros que no entendemos. Prueba ahora con "df -h".

S.ficheros Tamaño Usado Disp Uso% Montado en
/dev/sdg3 78G 44G 31G 59% /
tmpfs 2,9G 0 2,9G 0% /lib/init/rw
varrun 2,9G 120K 2,9G 1% /var/run
varlock 2,9G 0 2,9G 0% /var/lock
udev 2,9G 196K 2,9G 1% /dev
tmpfs 2,9G 616K 2,9G 1% /dev/shm
lrm 2,9G 2,5M 2,9G 1% /lib/modules/2.6.28-16-generic/volatile
/dev/sdg6 184G 115G 59G 67% /media/TALLER
/dev/sdb2 1,3T 66G 1,1T 6% /media/PROYECTOS

Ahora aparecen menos cifras, pero queremos un dato más concreto. En mi caso, es en la partición "/media/PROYECTOS" en la que se van a almacenar los resultados del proceso de cálculo. Veamos lo que ofrece la orden "df -h /media/PROYECTOS":

S.ficheros Tamaño Usado Disp Uso% Montado en
/dev/sdb2 1,3T 66G 1,1T 6% /media/PROYECTOS

Esta información es un poco más precisa, pero el dato que más nos interesa es "Disp" (que actualmente marca 1.1 Terabyte), que indica el espacio disponible en la unidad. Para sacar solo este número volvemos a recurrir a awk:

espacio_disponible=espacio_hd=$(df -h /media/PROYECTOS . | awk 'NR==2 { print $4}')

Esta orden guarda el valor del cuarto elemento de la segunda fila (el Disp que nos interesa) en la variable "espacio_diponible".

Todo junto

Para twittear todo esto, imaginando que ya hice todo lo del post anterior, y que mi proceso de cálculo tiene 10 iteraciones, el código necesario es el que sigue:

for i in $(seq 1 10); do

#líneas del proceso de cálculo
...

#control de carga
carga10=`cat /proc/loadavg | awk ' { print $3 }'`

#control de espacio en disco
espacio_disponible=espacio_hd=$(df -h /media/taller . | awk 'NR==2 { print $4}')

#twitteando los valores
bash /home/usuario/tw.sh "[iteración= ${i}; carga = ${carga10}; espacio libre = ${espacio_disponible}" &

done

Y eso es todo, por ahora.

TWITTER DESDE BASH EN GNU/LINUX [apuntes]

2010-07-07T19:05:00.009+02:00

ATENCIÓN, TWITTER HA CAMBIADO EL MÉTODO DE AUTENTICACIÓN (https://dev.twitter.com/docs/auth/oauth), PERO AÚN PUEDES UTILIZAR EL MÉTODO QUE DESCRIBO MEDIANTE http://www.supertweet.net/. (visto en http://www.kevinmilner.net/2010/10/workaround-for-bash-twitter-script-with.html)

No uso Twitter porque no le he encontrado utilidad hasta ahora, pero esto acaba de cambiar. He terminado de preparar un programa para calcular mapas climáticos presentes y futuros de alta resolución (10 metros de resolución horizontal, y resolución anual en el periodo 2010-2100 según cuatro escenarios de Cambio Climático) de Sierra Nevada, para alimentar el Sistema de Información del Observatorio de Cambio Global.

El programa estará funcionando varios días en varias máquinas, y he estado buscando una alternativa para monitorizarlos y saber cuantas iteraciones lleva cada uno (podría mandarme correos a mi propia cuenta, pero no quiero 360 mensajes vacíos en mi bandeja de entrada). Se me ha ocurrido que si Twitter puede monitorizar a tu gatito, bien puede monitorizar el estado del proceso de cálculo.

Para hacerlo solo hay que seguir los siguentes pasos:

0- Imprescindible pero obvio: necesitas una cuenta en Twitter.
1- Instala el programa "curl":

sudo apt-get install curl

2- Crea un documento de texto plano llamado tw.sh en tu directorio de usuario (/home/nombre_usuario).
3- Dentro escribe el siguiente texto:

#!/bin/bash
curl -u usuario:contraseña -d status="$1" http://twitter.com/statuses/update.xml

ACTUALIZACIÓN: si usas supertweet.net, cambia http://twitter.com/statuses/update.xml por http://api.supertweet.net/1/statuses/update.xml

4- Sustituye "usuario" por tu nombre de usuario, y "contraseña" (perdón por la obviedad).
5- Dale permisos de ejecución:

chmod 777 tw.sh

6- Para crear un alias en bash, de forma que puedas invocar el script desde la línea de comandos, teclea en una terminal "gedit .bashrc" para abrir el fichero de configuración de bash, y en el fichero abierto escribe:

alias tw="/home/nombre_usuario/tw.sh"

7- Guarda el fichero y cierra la terminal de comandos.
8- Abre la terminal y teclea:

tw "este es mi primer tweet desde bash"

Hasta aquí todo debería ir bien, y tendrás un nuevo tweet en tu cuenta.

Para enviar un tweet desde una línea de un scrip, puedes probar esto:

#este texto envía 10 mensajes a mi cuenta de twitter
for i in $(seq 1 10); do
bash /home/nombre_usuario/tw.sh "tweet número ${i}"
done

Este texto debería mandar 10 tweets a tu cuenta.

PROBLEMA POTENCIAL: Si incluyes este tipo de monitorización, puede ocurrir que Twitter esté caído, o que falle tu conexión de red. En ambos casos el script se quedaría parado. Para solucionarlo, solo hay que poner un símbolo "&" (sin comillas) detrás de la línea que envía el tweet. Este símbolo envía la ejecución de la línea a un hilo independiente y continúa con la siguiente, sin parar el proceso. En la siguiente línea un ejemplo.

bash /home/nombre_usuario/tw.sh "tweet número ${i}" &

¡Eso es todo!

PD1: puedes ver un ejemplo de esto funcionando (ojo, autobombo) aquí.

PD2: otra opción para envíar tweets desde la línea de comandos consiste en instalar el paquete python-twitter (se invoca desde la línea de comandos con la orden "tweet"), que proporciona una funcionalidad similar.

PD3: la fuente de la que he aprendido parte de esto es: http://www.christopherspenn.com/2007/06/01/how-to-twitter-from-terminal-on-the-mac/

MIS LABORES...EN EL CEAMA

2010-05-16T09:41:00.007+02:00

Ya han pasado las dos primeras semanas de trabajo, entre reuniones de coordinación formales e informales, por lo que en realidad, de trabajo real, poco poco. Pero ya están claras las tareas que voy a realizar, y de eso va esto...

Para empezar, desde el CEAMA, con Regino Zamora al mando y Curro Bonet como ejecutor, se está desarrollando el Sistema de Información del Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada.

Del Sistema de Información no voy a hablar porque no me corresponde (imagino que Curro ya contará algo, cuando sea posible), ya que solo participé en una de sus partes, el Repositorio de Modelos (ver esto y esto para más información). Sin embargo sí que voy a participar activamente en el desarrollo de dos de sus "patas": clima y modelos de distribución potencial de especies.

Respecto al clima, la idea es que el sistema de información contenga registros climáticos mensuales y mapas anuales de tres variables climáticas (precipitación, temperatura media de las mínimas y media de las máximas) para cada año dentro del periodo 1960-2100. Los datos del periodo 2011-2100 serán las proyecciones de cambio climático de la AEMET, que constan de cuatro líneas de tiempo alternativas (combinación de dos modelos de circulación global y dos escenarios SRES). Los datos mensuales de las estaciones meteorológicas de la AEMET para el periodo completo se almacenarán en una base de datos postgresql-postgis, desde la cual, mediante GRASS, se generarán los mapas climáticos (100 m de resolución espacial y 1 año de resolución temporal) usando la metodología de Ninyerola y colaboradores (ver Atlas Digital de la Península Ibérica). Desde Linaria estarán disponible tanto los datos mensuales de las estaciones AEMET dentro del Parque Nacional de Sierra Nevada como los mapas anuales de las variables climáticas.

El asunto de los modelos de distribución es más complejo, porque hay varios objetivos que cumplir.

El primero es dotar al Sistema de Información de la capacidad de realizar simulaciones de la distribución potencial de distintas especies clave en el futuro, implementando en el Repositorio de Modelos el flujo de trabajo que desarrollé en mi tesis, y del que ya hablé por aquí. La idea es que los resultados de las simulaciones se muestren de forma sintética, en forma de indicadores del comportamiento potencial del sistema en el futuro.

El segundo es proporcionar a los técnicos de la REDIAM y EGMASA que trabajan con el Observatorio conocimiento y herramientas para facilitarles las tareas de modelado (que ya están trabajando en ellas, y muy bien, tal y como demostraron recientemente en una reunión sobre el estado de las tareas del Observatorio). En este sentido, daremos cursos (se está preparando uno en el que tendré el honor de compartir docencia con el Dr. David Nogués-Bravo), y crearemos una herramienta de modelado basada en MaxEnt a la que se accederá a través del Repositorio de Modelos.

Por último, y no menos importante, generaremos modelos de distribución futura de alta resolución (10 metros y 1 año, de los próximos 20 años) de especies de interés con el objetivo de aplicarlos a la gestión adaptativa del espacio natural. Aún no se ha determinado el caso de aplicación, pero probablemente se tratará de resolver cuales son las mejores zonas para reforzar poblaciones de especies amenazadas.

Hay otros objetivos transversales, como la creación junto a Antonio Jesús Pérez de un blog del grupo iEcoLab, en el que esperamos que colaboren todos los miembros del equipo.

También estamos intentando dotar al laboratorio de un repositorio central de información geográfica, utilizando ALFRESCO para alojar los datos, el formato de GRASS para guardarlos y GRASS o Qgis para acceder y trabajar con ellos.

Y por supuesto, publicar (o al menos intentarlo) trabajos sobre las distintas historias que llevamos entre manos.

Es mucha tarea para 6 meses, pero este es mi trabajo, ¡y me encanta!.

Un saludo

SECAD

2010-05-11T09:01:00.004+02:00

Ya está en línea la web del SECAD, el Servicio de Cartografía Digital e Infraestructura de Datos Espaciales de la Universidad de Extremadura, del que ya hablé hace un tiempo.

El portal aún está en fase de desarrollo "alfa", y aunque aún faltan grandes retoques, ya es posible dar un vistazo a los elementos que considero más interesantes: la IDE (Infraestructura de Datos Espaciales) y la Wiki, dividida en las secciones Geocatálogo y Geométodos.

La IDE, cuyo motor de catálogo y descarga de datos es GeoNetwork, contiene varios miles de mapas digitales de distintos ámbitos geográficos (sistema de referencia EPSG 4326: coordenadas geográficas con datum wgs84), algunos disponibles desde otras fuentes, como modelos de elevaciones, y otros exclusivos y muy interesantes, resultantes del trabajo del Dr. Felicísimo, como son mapas de cambio en la distribución de plantas en la Península Ibérica según distintos escenarios de cambio climático. La descarga de material se realiza mediante protocolos http y bittorrent.

La estructura de la información disponible en la IDE puede verse cómodamente desde la Wiki Geocatálogo, donde además se documentan alguno de los procesos de construcción de los datos, como por ejemplo, los mapas de clima pasado presente y futuro.

La Wiki Geométodos parece el germen de un repositorio de conocimiento sobre métodos de procesamiento de información geográfica. Por ahora la información disponible es limitada, pero seguro que irá aumentando rápidamente.

La idea fundamental del SECAD, además de ofrecer servicios técnicos a los investigadores de la UEX, es facilitar el libre acceso a información geográfica de calidad y al conocimiento sobre métodos de procesamiento de información geográfica. Una iniciativa muy interesante que se está haciendo realidad. Enhorabuena a todos los implicados.

NOTA: He actualizado esta entrada ligeramente basándome en los datos aportados por Ángel en los comentarios. Léelos para completar la información.

INFORME CLIVAR [para escépticos]

2010-05-05T17:43:00.003+02:00

Mucha gente fuera del ámbito de la ciencia, al saber que mi trabajo estaba relacionado con el cambio global (de algún modo), me ha preguntado: oye, eso del cambio del clima, ¿es de verdad?. Es que yo he escuchado a Losantos decir que es una patraña...

Algunos son escépticos porque lo dicen Aznar o Losantos, otros por simple ignorancia, otros porque ven las cosas en otras escalas de tiempo. Al resto, la gran mayoría, simplemente les da igual.

Pensando tanto en los escépticos como en los "creyentes" os dejo un enlace al informe CLIVAR "Clima en España: Pasado, presente y futuro". No voy a adelantar detalles, pero recomiendo encarecidamente su lectura para mejorar la comprensión sobre la variabilidad climática en la Península Ibérica y sus tendencias potenciales en los próximos años.

Yo a veces les digo: <\ironic mode on> No, no se calienta, pero me pagan por creerlo... <\ironic mode off>.

Polygala balansae [autobombo]

2010-05-04T21:21:00.003+02:00

Recientemente publicamos un artículo sobre la presencia de Polygala balansae en la península ibérica. La noticia, aparte del trabajo realizado por Juan Lorite (uno de mis directores de tesis, gran persona y mejor profesional) y compañía para establecer el estado de conservación de la población, es que algunos medios han mostrado interés en el asunto (lo que a mi me parece una cosa rara, y de ahí este post). Os dejo los enlaces a las reseñas, como curiosidad, claro.

En un periódico de tirada nacional.

En EurekaAlert.org.

NUEVA ETAPA [personal]

2010-04-26T14:42:00.003+02:00

El pasado marzo terminó lo que ha sido una bonita etapa para mi: los cuatro años de formación como doctor. Durante este tiempo he tenido (y seguiré teniendo) una familia en el Departamento de Botánica de la Universidad de Granada: Julio, Juan, Paqui, Eva y Miguel. Me ha encantado trabajar con ellos. He aprendido mucho (lo poco que sé) de cada uno, y siempre les estaré agradecido por la atención y el cariño que me han mostrado. Sin embargo, aunque ya no trabajo allí, sí seguiré trabajando con ellos; por suerte aún tenemos algunos proyectos que terminar.

Al terminar estos cuatro años ha llegado un salto al vacío similar al que ya di al terminar la licenciatura. La búsqueda de una beca, un proyecto, en definitiva, un nuevo empleo. Es la hora de las decisiones importantes. El momento de plantearse dónde quieres estar y qué quieres ser. Pero no depende de ti. Depende de las oportunidades que surgen (si es que te enteras), de la competencia, de sueldos y lugares, de proyectos y objetivos. Parece un momento angustioso, y llega a serlo en ocasiones, cuando ves algunas oportunidades evaporarse. Pero la oportunidad llega. Al menos a mi me ha llegado.

Porque inicio una nueva etapa (es temporal, pero quién sabe) en el CEAMA, más concretamente en el grupo de investigación IECOLAB, para trabajar en el desarrollo del Sistema de Información (Linaria lo llaman) del Observatorio de Cambio Global de Sierra Nevada. Y sé que allí voy a tener otra familia: Curro, Antonio, Luís, Ricardo y Ramón son algunos de los amigos que me esperan. Estoy deseando volver a trabajar con ellos.

El próximo martes me informarán de mis obligaciones allí. Ya lo contaré.

Confederation of Open Access Repositories

2010-03-03T18:59:00.005+01:00

Recientemente escribí una entrada un poco rara en la que hablaba de una institución imaginaria encargada de dar acceso libre a la información científica. Lo que me parecía ciencia ficción está empezando a materializarse gracias a la iniciativa COAR (ver más información aquí y aquí). No voy a hablar más de la iniciativa, que ya hay bastante en su propia web y en las noticias enlazadas, sino a exponer mi visión del asunto (tirando piedras sobre mi propio tejado).

Yo tengo una opinión clara: TODAS LAS PUBLICACIONES CIENTÍFICAS DEBEN SER DE LIBRE ACCESO. La ciencia no debe ser un negocio para editoriales, y aún menos, la financiada con fondos públicos.

Porque, para el que no lo sepa, el asunto funciona así.

La gran mayoría de los científicos de nuestro país reciben dinero del estado para producir ciencia.
Los científicos tratan de publicar sus resultados en revistas de prestigio que no suelen ser de libre acceso, porque son las que puntúan más en las convocatorias de contratos y proyectos.
Las universidades usan dinero del estado para pagar el acceso a estas publicaciones científicas.

Es decir, el estado paga el "músculo productivo" (pagando a los científicos que escriben artículos) y paga por acceder al producto (la suscripción que la universidad paga a la editorial). Y lo hace perdiendo derechos en el camino, como es la libertad de publicar de forma libre los resultados de la investigación.

Yo no veo por ninguna parte el beneficio para la sociedad y la ciencia de este sistema. Porque impide que naciones e instituciones sin recursos tengan acceso al conocimiento. Porque lucra a terceros (las editoriales) que ofrecen un servicio trivial. En la era de Internet, poner a disposición pública grandes cantidades de información no es ningún negocio exclusivo.

Es muy importante que aparezcan y se consoliden iniciativas como COAR. Tal vez en un futuro cercano el negocio de las editoriales científicas quede obsoleto (como otros tantos) y podamos disfrutar de un libre acceso universal a la ciencia.

Biogeografía histórica de Abies alba y Abies pinsapo

2010-02-23T12:07:00.002+01:00

Recientemente ha sido publicado (solo on-line, por el momento) en Diversity and Distributions un trabajo en el que estoy implicado y del que voy a ofrecer una vista previa:

Past and present potential distribution of the Iberian Abies species: a phytogeographic approach using fossil pollen data and species distribution models

Autores: Francisca Alba-Sánchez, José Antonio López-Sáez, Blas Benito, Juan Carlos Linares, Diego Nieto-Lugilde y Lourdes López-Merino

La presencia en la Península Ibérica de dos especies del género Abies (Abies alba y Abies pinsapo) con distintos requerimientos ambientales y características morfológicas es un enigma biogeográfico y paleobotánico difícil de resolver. Parte de la dificultad radica en que el polen de Abies alba es indistinguible del de Abies pinsapo, por lo que los registros palinológicos no son útiles para inferir la distribución pasada de cualquiera de las especies.

El objetivo principal de este trabajo ha sido tratar de ofrecer una nueva perspectiva sobre esta cuestión empleando modelos de distribución actual y pasada (último máximo glacial, hace 21000 años, y medio holoceno, hace 6000 años) de ambas especies.

Particularmente, las cuestiones que nos planteamos fueron:

El polen de ambas especies es indistinguible, y no sabemos a qué especie corresponde cada yacimiento. ¿Podemos usar los modelos de distribución para asignar una especie de Abies a cada uno de esos registros de paleopolen?.
¿Hasta que punto se diferencian los requerimientos ecológicos de ambas especies?.
¿Se han mantenido constantes estos requerimientos en los últimos 21000 años?

Los datos de partida fueron los siguientes:

Presencia actual de ambas especies, obtenidas del Mapa Forestal de España.
Registros de paleopolen de Abies de 35 localidades de la Península Ibérica.
Mapas de clima actual obtenidos del Atlas Climático Digital de la Península Ibérica.
Mapas de topografía (pendiente, exposición topográfica y índice topográfico de humedad) obtenidos del proyecto SRTM.
Mapas de clima del último máximo glacial (-21000 años) y el medio holoceno (-6000 años) obtenidos del PMIP2, según dos Modelos de Circulación Global (CCSM y MIROC).

Las herramientas utilizadas para elaborar el trabajo GRASS, R y MaxEnt.

La metodología es conceptualmente sencilla y queda resumida en la siguiente figura.

Las líneas naranjas indican los procesos de modelado de distribución actual y pasada. Las líneas azules representan el análisis para determinar diferencias o similitudes en cuanto a requerimientos ecológicos. Como puede verse, toda la metodología confluye en una reconstrucción histórica y biogeográfica de la relación entre ambas especies.

Estos mapas representan la idoneidad del hábitat actual (muy similar a la de -6000) para ambas especies. La escala de color es logarítmica, por lo que en realidad, solo el color rojo más intenso indica hábitat realmente idóneo.

En este mapa muestro la distribución conocida de ambas especies junto a la distribución de los yacimientos de polen fósil de Abies.

Esta figura muestra

Este gráfico muestra la separación entre ambas especies según variables de temperatura (eje TEMP), precipitacion (eje RAIN) y topografía (eje TOPO). El amplio margen de coincidencia en el eje TOPO indica que las localidades que habitan ambas especies no se diferencian en cuanto a topografía.

Los resultados de la reconstrucción paleoecológica indican que ambas especies se mantuvieron separadas ecológica y geográficamente al menos durante el Cuaternario. Durante los últimos 21000 años la distribución geográfica de ambos Abies se ha mantenido muy estable, porque las zonas que habitan han mantenido unas condiciones climáticas similares a lo largo de todo el periodo de estudio, funcionando como refugios ante las fluctuaciones ambientales.

Hasta aquí este mini-resumen del artículo. Hay mucho más que rascar, pero eso ya tendrá que hacerlo cada uno en el propio texto.

Desde aquí quiero dar las gracias a todos los compañeros que han participado en el trabajo, con mención especial para la Doctora Francisca Alba, del Departamento de Botánica de la UGR, que literalmente se ha dejado la piel para que esto saliera adelante.

TODO QUEDA EN CASA [OFF-TOPIC]

2010-02-22T21:07:00.007+01:00

Imagina que hace nueve meses te animaron a participar en un proceso de selección para una plaza en otra universidad que parecía hecha para ti.

Imagina que para poder puntuar más en dicho proceso trabajaste día y noche durante meses para acabar la tesis a tiempo para la convocatoria.

Imagina que por puñetera casualidad un jueves por la tarde viste que la convocatoria terminaba el lunes siguiente, y preparaste contrarreloj la documentación que acreditaba tus méritos.

Imagina que entregaste los papeles a tiempo y respiraste aliviado, hasta que te diste cuenta de que aún no habías leído la puñetera tesis.

Imagina que se presentó a la plaza una persona con un perfil para la plaza igual de modesto que el tuyo.

Imagina que esa persona trabaja hace 10 años para uno de los miembros de la comisión de selección y cargo importante en dicha universidad.

Imagina que su experiencia profesional contó en un apartado distinto a la tuya, en el puntuó más y mejor.

Imagina que ese estupendo máster que hiciste y que te capacita perfectamente para la plaza te sirvió tanto como un curso de monaguillo a distancia.

Imagina que reclamaste, y de una treintena de reclamaciones, la tuya fue la segunda que menor número de puntos obtuvo, muy lejos de la media.

Imagina que fuiste a la entrevista, y los miembros de la comisión de selección saludaban al otro candidato como si lo conocieran de toda la vida.

Imagina que el candidato llevó a la entrevista un ejemplar de su tesis doctoral, que no pudo presentar a tiempo en la documentación para la plaza (tal vez este punto es el más difícil de imaginar, pero lo juro por Dios, pasó así).

Imagina que hiciste la entrevista mejor que el otro candidato.

Ya puedes dejar de imaginar, porque la plaza no es tuya.

PD1: Tal vez alguien se sienta molesto u ofendido por este post. No me extraña, yo también me siento molesto, y bastante ofendido.

PD2: Doy las gracias a los que confiaron en mi. Lo siento, pero no pudo ser.

ECOINFORMÁTICA EN LA UGR: Máster Universitario en Conservación, Gestión y Restauración de la Biodiversidad

2010-02-08T20:19:00.003+01:00

Recientemente la Agencia Nacional de Evaluación de la Calidad y Acreditación ha aprobado el Máster Universitario en Conservación, Gestión y Restauración de la Biodiversidad, a impartir en la Universidad de Granada desde el curso 2010-2011.

El objetivo del Máster es Proporcionar una formación avanzada, de carácter especializado y multidisciplinar en el ámbito de la Biodiversidad, su conservación, gestión y restauración, que permita entender las interacciones complejas entre los recursos, la tecnología y el entorno natural, con el fin de hacer frente a los urgentes retos que se nos plantean.

La buena noticia es que el Dr. Curro Bonet y el que suscribe están plenamente involucrados en una de las asignaturas, concretamente en la titulada ECOINFORMÁTICA (3 ECTS). Y puede considerarse una pequeña victoria que una asignatura de estas características, propuesta por un par de mindundis, haya salido a flote en la pequeña guerra que supone el reparto de 60 ECTS entre 6 departamentos. Debo agradecérselo sin duda al voto de confianza de mi jefe, Julio Peñas y a otros miembros del Departamento de Botánica como Gabriel Blanca y Ana Teresa Romero.

A continuación os dejo la propuesta de temario de la asignatura:

DESARROLLO DE LOS CONTENIDOS

Durante el desarrollo de los contenidos se introducirán las aplicaciones de las tecnologías de la información en la captura, gestión, análisis, interpretación y aplicaciones de los conjuntos de datos relativos al medio ambiente y la biodiversidad. El objetivo principal es formar al alumno en esta nueva disciplina desde un punto de vista aplicado al mundo real. La ecoinformática es una fusión de dos disciplinas (ecología e informática), por lo que parte del temario estará dominada por aspectos técnicos relacionados con el hardware y el software necesario para ejecutar tareas intensivas de análisis de datos. En la ecoinformática hay una serie de elementos principales ineludibles: los objetivos de la ecoinformática, los datos, los algoritmos de análisis, las herramientas de ejecución (sistemas operativos, lenguajes de programación y aplicaciones), la colaboración entre investigadores y la difusión de datos y resultados a través de Internet. Para cumplir con el objetivo práctico, durante un tema (TEMA 5) y las clases prácticas se desarrollará un caso real de aplicación de la ecoinformática a la conservación de la biodiversidad y gestión del medio natural. Con este esquema de trabajo el alumno se implicará intensivamente en un ejemplo real de principio a fin, el único modo de obtener la destreza necesaria para comenzar a dominar esta disciplina.

TEMARIO

Sesión inicial: Objetivos y plan de trabajo: Se plasmarán los objetivos docentes mínimos a cubrir durante el desarrollo de la asignatura. Se detallará el plan de trabajo previsto. La ecoinformática como recurso para reducir la complejidad del medio ambiente a la hora de abordar su estudio. El paradigma de los datos, información y conocimiento como hilo conductor de la asignatura: aprenderemos a manejar datos y a procesarlos para obtener información primero y conocimiento que nos ayude a resolver problemas concretos después.
Introducción a la Ecoinformática: La ecoinformática como disciplina emergente, sus comienzos, aplicaciones y perspectivas de futuro. Los grandes problemas de nuestro tiempo para los que la ecoinformática ofrece respuestas.
Los datos y la información: Naturaleza de los datos ambientales y biológicos. Captura, almacenamiento, normalización, gestión, bases de datos relacionales, bases de datos orientadas a objetos, protocolos de acceso, datos distribuidos, metadatos, datos georreferenciados, corrección automática de errores, datos geográficos vectoriales y raster, imágenes de teledetección.
Obtención de conocimiento a partir de los datos: Algoritmos de análisis: Principios básicos del análisis y minería de datos. Métodos matemáticos y estadísticos. Métodos de aprendizaje artificial (redes neuronales, algoritmos genéticos). Métodos de análisis geográfico.
La presentación de resultados: Trataremos diversas técnicas para mejorar la visualización de los resultados obtenidos y adaptarlos a las necesidades y aptitudes de sus potenciales usuarios. Concepto de mapa de gestión. Visualización de la incertidumbre. Cuadros de mando para sistemas de indicadores.
Caso práctico: Gran parte de la materia se apoya en el desarrollo, de principio a fin, de un único caso práctico. El caso práctico se divide en varias secciones. Antes de desarrollar cada una de estas secciones, se imparte una clase teórica tratando los datos, objetivos, algoritmos, herramientas y resultados esperados durante la sesión práctica. De este modo, durante la práctica, el alumno puede concentrarse directamente en la operación, porque ya conoce el fondo teórico. El caso práctico elegido simula parte del siguiente problema: Desde la administración ambiental se encarga la identificación de lugares de reintroducción de una especie de flora amenazada, con objeto de mejorar su estado de conservación. El objetivo es aportar el material necesario para que los gestores puedan tomar la decisión de reintroducir la especie con la menor incertidumbre posible.

PRÁCTICAS

Diseño y puesta en marcha de una base de datos ambiental. Control de calidad, metadatos, modelo de datos, tratamiento automatizado y preparación para explotación. Representación de la distribución geográfica de datos georreferenciados.
Adquisición y tratamiento de datos ambientales: Trabajo con modelos digitales de elevaciones y generación de variables topográficas y climáticas. Tratamiento de variables temáticas. Adquisición y tratamiento de datos de teledetección. Homogeinización de sistemas de proyección, extensión de área de trabajo y resolución espacial. Análisis de correlación entre variables, análisis de componentes principales. Exportación a diferentes formatos. Automatización del proceso.
Análisis de las relaciones entre la distribución de las especies y los factores humanos, biológicos y ambientales. Obtención de información ecológica de interés a partir de los distintos conjuntos de datos. Visualización del espacio ecológico de la especie. Modelos de distribución de especies.
Análisis de modelos de distribución y visualización de nichos ecológicos. Análisis de riesgo de extinción de poblaciones. Análisis de la sensibilidad biológica del territorio. Proyección de modelos de distribución sobre distintos escenarios de cambio climático. Aplicación de los resultados a la toma de decisiones para la gestión del medio natural.
Generación de metadatos de los resultados del proyecto. Publicación de los resultados en Internet mediante tecnologías de trabajo colaborativo.

OPEN KNOWLEDGE DATA BASE [CIENCIA FICCIÓN]

2010-01-18T05:50:00.004+01:00

Open Knowledge Data Base (http://okdb.eu) es la infraestructura pública de almacenamiento, conservación y distribución de saber científico.

La OKDB tiene los siguientes objetivos:

Constituirse como repositorio y fuente del conocimiento científico.
Garantizar la calidad científica de sus contenidos.
Facilitar el acceso abierto (sin restricciones de uso) y gratuito a la información científica para cualquier ciudadano.
Preservar el conocimiento científico en formatos persistentes en el tiempo.

La OKDB está compuesta por un subsistema digital y uno analógico. El subsistema digital almacena la información en la nube, y la hace accesible desde un navegador web desde cualquier lugar con conexión a internet. El subsistema analógico se encarga de traducir la información digital a un formato analógico persistente en el tiempo (también conocido como "libro") y almacenarla en lugar seguro para evitar problemas de pérdida de información por obsolescencia de software y hardware, desastres naturales y "otras causas".

A cada trabajo recibido la OKDB le asigna al azar n revisores (n > 2), que examinan el trabajo y proponen mejoras y recomendaciones. Tras este paso el documento vuelve al autor para la subsanación de errores y adaptación a las recomendaciones de los revisores. Posteriormente el trabajo vuelve a los revisores, que escriben un informe y lo envían al comité de evaluación del área de conocimiento.

NOTA: La OKDB dispone de distintos comités de evaluación (varios por cada área de conocimiento) encargados de velar por la calidad del contenido científico. Las personas que los componen son seleccionadas al azar ( dentro del conjunto de científicos del área de conocimiento ) por periodos de un año.

El comité de evaluación decide si el trabajo es relevante y tiene la calidad suficiente para ser publicado en la OKDB (teniendo en cuenta que no hay un límite en cuanto a número de trabajos publicables anualmente).

El trabajo se publica de forma provisional en formato digital, y queda expuesto a las observaciones de la comunidad científica durante un año. Pasado este periodo, el nuevo comité de evaluación puede decidir su retirada si considera justificada una respuesta negativa de la comunidad científica, o puede considerarlo consolidado. Un trabajo consolidado pasa a publicación definitiva en la red, y al soporte analógico de conservación.

Por supuesto hay muchos detalles que permiten que el sistema funcione y no he mencionado (recompensa académica para miembros de comités de evaluación y revisores, importancia de las citas para los autores), pero solo son detalles...

RUTAS MIGRATORIAS POTENCIALES ENTRE POBLACIONES DE PLANTAS (2/2)

2009-12-27T17:28:00.007+01:00

En el primer "capítulo" de este post múltiple expliqué como calcular una ruta migratoria potencial entre dos poblaciones de una especie, usando un modelo de distribución como superficie de fricción.

Pero para una especie concreta es posible construir muchos modelos de distribución diferentes (usando distintos algoritmos), y es muy difícil saber cual de ellos es el mejor. En esta primera parte aprenderemos a automatizar el cálculo de rutas usando todos los modelos de distribución.

Automatización del cálculo sobre todos los modelos

En primer lugar borraremos todo lo que ya hicimos (excepto el mapa FRICCION).

g.remove rast=COSTE@MIGRACION,FRICCION@MIGRACION,RUTA_A-B@MIGRACION

A continuación expongo el código necesario (los comentarios están en gris) para calcular las rutas usando uno a uno todos los modelos de distribución como superficies de fricción. En cada caso se calcula la ruta de A a B y de B a A.

#listado de modelos
modelos=( CSM EDCH EDEU EDMH EDMN ES GARP SVM )

#ejecuta todas las líneas hasta done tantas veces como modelos hay en la lista anterior
for modelo in ${modelos[@]};do

#genera la superficie de fricción a partir del modelo de distribución
r.mapcalc FRICCION="abs($modelo-100)"

#genera simultáneamente las superficies de coste de A a B y de B a A
r.cost input=FRICCION output=COSTE_A_B start_points=POBLACION_A max_cost=0 percent_memory=100 &
r.cost input=FRICCION output=COSTE_B_A start_points=POBLACION_B max_cost=0 percent_memory=100 &
wait

#genera simultáneamente las rutas de mínimo coste de A a B y de B a A
r.drain input=COSTE_A_B output=RUTA_${modelo}_A_B vector_points=POBLACION_B@PERMANENT &
r.drain input=COSTE_B_A output=RUTA_${modelo}_B_A vector_points=POBLACION_A@PERMANENT &
wait

#elimina mapas de fricción y coste
g.remove rast=FRICCION,COSTE_A_B,COSTE_B_A

#termina las iteraciones (tantas como modelos de distribución)
done

Nota: para saber que significan los símbolos & y la orden wait puedes visitar este post.

Para ejecutar el código, puedes copiarlo y pegarlo en la consola, o escribir en la consola el siguiente texto (tardará un poco, según la potencia de tu máquina):

bash /home/nombre_usuario/script.txt

Como resultado habrás obtenido una maraña de 16 rutas de mínimo coste (una de las cuales parece haber fallado, la que sale por el norte de la imagen).

La indeterminación

Está claro que el mismo trabajo usando dos modelos de distribución distintos podría arrojar resultados muy diferentes, y eso sí es un problema.

Pero hay otro problema. Si al mapa de fricción (escala 0 a 100) lo elevamos al cuadrado (escala 0 a 10000), la ruta generada por r.drain será (debería ser) distinta, porque tratará de evitar valores de fricción muy altos. Para nosotros la fricción es la dificultad de las semillas para pasar de una celda a la siguiente, pero no sabemos cual es la escala numérica real que afecta al tránsito de semillas. Los valores del mapa FRICCION podrían ser correctos, pero también FRICCION^2 (al cuadrado), o FRICCION^3, o FRICCION^1,5, quién sabe.

Combinando modelos y exponentes de fricción

Una aproximación posible para tener en cuenta esta indeterminación es generar MUCHAS rutas combinando aleatoriamente modelos de distribución y exponentes de FRICCION, para analizar la tendencia central, y extraer una ruta de mayor probabilidad.

La idea, en pseudocódigo, es iterar n veces para hacer lo siguiente:

seleccionar un modelo de distribución al azar.
seleccionar un exponente al azar.
generar la superficie FRICCION con el modelo y el exponente.
calcular las superficies de coste según FRICCIÓN, de B a A y de A a B.
calcular las rutas de mínimo coste de B a A y de A a B.
sustituir los valores nulos de las rutas de coste por ceros para poder sumarlas.
sumar las nuevas rutas sobre las de la iteración anterior.
eliminar los mapas sobrantes para evitar usar demasiado disco duro.

En código real es el que sigue (ojo, puede consumir bastante tiempo; para reducir el tiempo de cálculo, puedes reducir la resolución tecleando en la consola g.region res=0:00:06):

#listado de modelos
modelos=( CSM EDCH EDEU EDMH EDMN ES GARP SVM )

#crea mapa en blanco sobre el que se sumarán las rutas
r.mapcalc SUMA_RUTAS=0

#ejecuta todas las líneas hasta "done" 1000 veces
#puedes cambiar el 1000 por cualquier otro valor
for iteracion in $(seq 1 1000); do

#escoge un modelo al azar (un número entre 0 y 7, un índice del listado de modelos)
modelo_random=$((RANDOM%7))

#escoge un exponente para FRICCION al azar entre 1 y 30. RANDOM solo proporciona números enteros
exponente=$((RANDOM%30+1))

#genera la superficie de fricción a partir del modelo de distribución
#abs calcula el valor absoluto del "modelo-100"
#exp eleva el resultado de abs al exponente dividido por 10 para obtener el decimal correspondiente
r.mapcalc FRICCION="exp((abs($modelos[$modelo_random]-100)),$exponente/10.0)"

#genera simultáneamente las superficies de coste de A a B y de B a A
r.cost input=FRICCION output=COSTE_A_B start_points=POBLACION_A max_cost=0 percent_memory=100 &
r.cost input=FRICCION output=COSTE_B_A start_points=POBLACION_B max_cost=0 percent_memory=100 &
wait

#genera simultáneamente las rutas de mínimo coste de A a B y de B a A
r.drain input=COSTE_A_B output=RUTA_${iteracion}_A_B vector_points=POBLACION_B@PERMANENT &
r.drain input=COSTE_B_A output=RUTA_${iteracion}_B_A vector_points=POBLACION_A@PERMANENT &
wait

#cambia los valores nulos de las rutas (fondo transparente) por ceros para poder sumarlas
r.null map=RUTA_${iteracion}_A_B null=0 &
r.null map=RUTA_${iteracion}_B_A null=0 &
wait

#suma las rutas sobre el mapa en blanco si es la primera iteracion
r.mapcalc SUMA_RUTAS_NUEVO=RUTA_${iteracion}_A_B+RUTA_${iteracion}_B_A+SUMA_RUTAS

#elimina mapa de suma de rutas anterior, que ya no sirve
g.remove rast=SUMA_RUTAS

#cambia el nombre SUMA_RUTAS_NUEVO por SUMA_RUTAS
g.rename SUMA_RUTAS_NUEVO,SUMA_RUTAS

#elimina mapas de fricción y coste
g.remove rast=FRICCION,COSTE_A_B,COSTE_B_A

#elimina mapas de rutas
g.remove rast=RUTA_${iteracion}_A_B,RUTA_${iteracion}_B_A

#termina las iteraciones
done

El resultado es un mapa en el que el valor de cada celda equivale al número de rutas que la atraviesan (cuanto más oscuro, más rutas).

Probablemente, en el tiempo y en el espacio no hay una única ruta de intercambio de genes entre poblaciones, y este método puede ayudarnos a localizar la más frecuente. Por supuesto no es perfecto, y no tiene en consideración las barreras dispersivas de origen antrópico, la distancia de salto entre parches de hábitat contiguos o vectores como el viento. Estamos en ello...

Efectos potenciales del cambio climático en la flora de Andalucía

2009-12-23T19:54:00.015+01:00

Principios básicos

A la combinación de precipitaciones y temperaturas a la que está adaptada una especie podemos llamarla envuelta bioclimática de la especie. Es un ente abstracto que delimita fronteras fisiológicas más allá de las cuales la planta no puede sobrevivir. A una envuelta bioclimática le corresponde una distribución geográfica concreta, dentro de la cual deberían encontrarse las poblaciones de la especie (puede haber envuelta sin poblaciones, por motivos antrópicos o biológicos).

Cuando cambia el clima (por ejemplo, suben las temperaturas y bajan las precipitaciones), cambia gradualmente la combinación de precipitaciones y temperaturas, y se dan dos situaciones simultáneamente.

En algunos lugares la envuelta bioclimática "deja de parecerse a sí misma", dejando de ser óptima para la especie.
En otros comienzan a aparecer las condiciones que caracterizan a la envuelta, y se vuelven óptimos para la especie.

En las poblaciones de la especie que están en zonas tipo 1 se hacen sentir los efectos del estrés climático, primero con una fase de tolerancia (los individuos se acercan a sus límites fisiológicos), y después con una fase de desaparición (cuando traspasan estos límites). Por este motivo las zonas tipo 1 se llaman frentes de retroceso.

En las zonas tipo 2 aparece nuevo hábitat con condiciones apropiadas para el establecimiento de poblaciones de la especie (si se dan además otros condicionantes: sustrato adecuado, topografía óptima, etc.), y surge la posibilidad de colonizarlo. Por eso las zonas tipo 2 son los frentes de avance.

Si pudiéramos observar el sistema (envuelta bioclimática, poblaciones de la especie y cambio climático) en el tiempo, veríamos una envuelta bioclimática que se desplaza según varía el clima, y unas poblaciones de la especie que se mueven tratando de mantenerse acopladas a su envuelta. La capacidad de las poblaciones para seguir a su envuelta dependerá del potencial migratorio de la especie (fecundidad + dispersión + reclutamiento + crecimiento poblacional).

La pregunta

La pregunta, dentro de nuestro grupo de investigación en flora amenazada andaluza es obvia ¿como responderá la flora de Andalucía al Cambio del Clima?.

La simulación

Para responderla diseñé un flujo de trabajo automatizado (cuyo gérmen es este) combinando Kepler, Bash, R, GRASS, Octave, OpenModeller y MaxEnt para tratar de simular la respuesta potencial de las especies vegetales ante distintos escenarios de Cambio Climático.

El flujo usó como entradas datos de presencia de 198 especies, sus respectivos valores de tolerancia y migración (obtenidos de bibliografía o por estimación) y variables climáticas simuladas de los próximos 100 años (en intervalos de 10). Los datos se "cocinaron" durante un mes (unas 4500 horas de cálculo) en 7 ordenadores entre los de casa (para la ocasión me hice con un DELL Precision 7500 del que me enamoré al momento) y los que "parasité" a mis compañeros de laboratorio.

Los resultados

El mapa animado que muestro a continuación es el resultado del modelo para la especie Castanea xativa, según el escenario A2. Los colores indican la idoneidad del hábitat, y los polígonos negros el area de presencia potencial de la especie. Pincha sobre la imagen para verla completa.

Analizando los resultados encontré distintos comportamientos del área potencial de las especies, que muestro en la siguiente figura. Cada color representa un escenario de cambio climático.
Resulta preocupante el primer dato que aporta la gráfica: Andalucía podría enfrentarse a pérdidas de diversidad vegetal entre el 13 y el 32% según el escenario considerado.

Analizando el porcentaje de especies extinguidas en cada intervalo de 10 años, y estudiando los cambios en los valores de las variables climáticas en los mismos periodos encontré que la temperatura media máxima de verano (TMXV) y la precipitación anual (PA) son las variables que mayor influencia tienen en la extinción. Realmente, el comportamiento de las simulaciones en cuanto a porcentaje de extinción puede describirse con una sola ecuación:

% extinción = 2.95 * TMXV - 0.03 * PA - 78.79

Según esta ecuación, por cada incremento de 1º de TMXV y disminución de 100mm de PA el porcentaje de extinción puede incrementarse un 6%.

Un poco de discusión

Por supuesto los resultados de este trabajo pueden discutirse largo y tendido, teniendo en cuenta las limitaciones metodológicas más importantes (no son las únicas):

Los sistemas naturales no son cerrados, y es imposible que los modelos tengan en cuenta todos los factores que afectan al sistema bajo estudio.
La escasez de datos de localización de especies ha impedido tomar una muestra mayor de la diversidad vegetal de Andalucía (cifrada en unas 4000 especies).
Los valores de migración y tolerancia de las especies son estimaciones groseras.

Gracias a las valiosas aportaciones que realizaron distintos miembros del tribunal de tesis, estamos preparando una segunda versión de este estudio, tratando de superar algunas de las limitaciones.

NOTA: El contenido de este post es un extracto del Capítulo 8 de la tesis "Ecoinformática aplicada a la Conservación: simulación de efectos potenciales del Cambio Global en la distribución de la Flora de Andalucía", culminada en septiembre de 2009

RUTAS MIGRATORIAS POTENCIALES ENTRE POBLACIONES DE PLANTAS (1/2)

2009-12-20T20:01:00.009+01:00

En un trabajo conjunto con investigadoras de la USAL (saludos a Montse y Luzma) tratamos de relacionar la estructura genética de las poblaciones de Linaria nigricans con su distribución geográfica. Durante este trabajo ha surgido una pregunta complicada: ¿podemos calcular el camino geográfico que facilita intercambio de genes entre dos poblaciones?

Para responderla planteamos un modelo (tendrá que ser verificado con los resultados de los análisis genéticos) que trata de explicar como se produce este intercambio, basado en los siguientes puntos:

Consideramos dos tipos de poblaciones de Linaria nigricans: poblaciones consolidadas en hábitat de buena calidad (conocemos su localización y estructura genética), y poblaciones eventuales en parches arenosos (desconocemos su localización y estructura genética).
La semilla de Linaria nigricans no tiene adaptaciones para la dispersión a larga distancia, por lo que consideramos este fenómeno como poco habitual.
La gran distancia entre poblaciones impide el intercambio de genes mediante polinización por insectos.
Las poblaciones eventuales sirven de "puente" de trasvase de genes entre las poblaciones consolidadas.

Según el modelo, el vehículo de transmisión de los genes es la semilla. De una generación a otra las semillas viajan entre poblaciones eventuales, transportando genes, hasta que su precioso contenido alcanza, tal vez cientos de generaciones después (por suerte es una planta anual) una población consolidada en un lugar distinto al de origen.

Para calcular el lugar potencial de aparición de poblaciones eventuales podemos usar un modelo de idoneidad del hábitat. En este caso los he calculado con OpenModelle r, a partir de distintas variables climáticas, topográficas y de teledetección (Landsat ETM+). También será necesario un algoritmo para calcular la ruta más probable de intercambio de genes entre dos poblaciones consolidadas.

Tal algoritmo está implementado en el módulo de GRASS llamado r.cost, que calcula el coste acumulado de desplazamiento entre una celda de origen y cualquier otra celda del territorio, tomando como entrada una superficie de coste. La superficie de coste debe contener valores de categoría que representen el esfuerzo relativo de atravesar cada celda. En nuestro caso, cuanto mayor sea la idoneidad del hábitat de una celda, mayores posibilidades tendrá de alojar en algún momento una población eventual, facilitando el tránsito de de semillas (y sus genes) entre poblaciones consolidadas.

Posteriormente el módulo r.drain calcula la ruta de mínimo coste sobre el mapa de coste generado por r.cost.

Vamos a trabajar con dos poblaciones reales de la especie, en las Salinas de Cabo de Gata (POBLACION_A) y en Tabernas (POBLACION_B).

Ahora puedes descargar el material necesario para ejecutar este tutorial (y el del siguiente post, en los próximos días). Se trata de una pequeña base de datos de GRASS comprimida en zip que puedes utilizar en cualquier sistema Linux o Windows con el programa instalado. Contiene una localidad (ALMERIA) con dos mapsets:

PERMANENT, con modelos de distribución de Linaria nigricans, un modelo de elevaciones de Almería y dos ficheros vectoriales con la localización de dos poblaciones de Linaria nigricans (POBLACION_A y POBLACION_B).
MIGRACION, en el que puedes realizar los ejercicios y guardar los resultados.

Ahora inicia GRASS en el mapset MIGRACION.

El modelo de idoneidad del hábitat CSM (Climate Space Model) tiene valores de 0 (menor idoneidad) a 100 (mayor idoneidad), pero en la superficie de coste que r.cost necesita, 0 debe representar la mínima resistencia, por lo que hay que invertir el modelo de idoneidad. Para invertir sus valores, teclea en la terminal:

r.mapcalc 'FRICCION=abs(CSM-100)'

(abs es la función que devuelve el valor absoluto de la operación CSM-100)

Ahora, si visualizas el mapa FRICCION, verás que las áreas de mayor idoneidad (mínimo coste) tienen valor 0, y las de menor idoneidad (máximo coste), valor 100.

Para generar la superficie de coste, abre r.cost (menú Ráster > Análisis del terreno > Superficies de coste) y configúralo con los siguientes datos.

Pestaña Opciones

Name of raster map containing grid cell cost information: FRICCION
Name of output raster map: COSTE

Pestaña Start

Name of starting vector points map: POBLACION_A

Ahora ejecuta el módulo, y cuando termine visualiza el mapa COSTE.

Para calcular la ruta de mínimo coste abre r.drain (menú Ráster > Análisis del terreno > Ruta de costes mínimos o corriente) y configura los parámetros como sigue:

Pestaña Opciones

Name of elevation raster map: COSTE
Name for output raster map: RUTA_A-B

Pestaña Start

Name of vector map containing startign points: POBLACION_B

(Ojo, aquí hay posible confusión. Aunque nuestra ruta es de A a B, r.drain debe comenzar en el punto con mayor valor de coste, en este caso B, la localidad destino).

Ejecuta el módulo y visualiza en la pantalla el mapa RUTA_A-B. Es la ruta de mínimo coste entre ambas poblaciones.

Modelo de distribución potencial (algoritmo Climate Space Model) de Linaria nigricans, las poblaciones consolidadas A y B, y la ruta de mínimo coste de A a B en color verde.

Ahora prueba a hacer la ruta de B a A repitiendo el proceso completo (pero cambiando el nombre de la población en la configuración de los módulos). Las rutas obtenidas son prácticamente iguales, ¿verdad?. En este caso dará igual usar una u otra.

Si te fijas, en el mapset PERMANENT hay distintos modelos de distribución de linaria nigricans (CSM, EDCH, EDEU, EDMH, EDMN, ES, GARP y SVM; ahora estas siglas no tienen mayor importancia). Si realizas el cálculo de rutas generando la superficie de coste a partir de distintos modelos de distribución, obtendrás distintos resultados. En el próximo post aprenderemos a automatizar el proceso de cálculo para ensamblar los resultados y obtener una "ruta promedio".

Astragalus guttatus en el altiplano granadino

2009-12-08T12:22:00.013+01:00

Hace un par de años usamos modelos de distribución de alta resolución para tratar de localizar nuevas poblaciones de Astragalus oxyglottis (datos sobre el tema aquí y aquí). Además de ampliar el área de distribución conocida de la especie y localizar las primeras poblaciones en la provincia de Granada, dimos con un auténtico "bicho raro".

En una de las salidas de campo (junto a Leonardo Gutierrez, Director técnico del Jardín Botánico "Umbría de la Virgen", en el Parque Natural Sierra María-Los Vélez, Almería), examinando una de las localidades candidatas, pudimos observar varios individuos de un Astragalus desconocido por ambos (que lo desconozca yo no es ninguna noticia, pero Leo es un gran experto en la flora del altiplano, entre otras cosas). Herboricé (sí, yo solo) un par de individuos de los 200 que encontramos para que "mis jefes" trataran de identificarlo y que constara la cita en el Herbario de la UGR.

NOTA: El hallazgo ha sido publicado en el volumen 48 de la revista Phyton (quien esté interesado en consultar el artículo puede hallarlo aquí)

La identificación del ejemplar no fue cosa fácil, y eso que se implicaron grandes expertos como Concepción Morales, Mª Montserrat Martínez-Ortega y Julio Peñas. Finalmente, tras un largo trabajo, la determinaron como Astragalus guttatus.
Hay dos detalles importantes que quiero dar sobre la plantita antes de seguir hasta donde quiero llegar:

La dispersión: tanto la pequeña legumbre como las semillas que aloja carecen de mecanismos de dispersión a larga distancia. Probablemente solo pueden ser dispersadas a cierta distancia por aves o mamíferos que las ingieran (endozoocoria).
El hábitat: la especie vive sobre sustratos sedimentarios margosos ricos en yeso. La precipitación media anual de las localidades de la Península Ibérica ronda los 400 mm, y la temperatura media los 15ºC.

Hábitat de Astragalus guttatus entre las provincias de Granada y Jaén. Colinas margosas ricas en calcio de un característico color blanco.

Una pequeña planta anual en el altiplano granadino...¿qué tiene de extraordinario este hallazgo?. Es fácil saberlo examinando con atención el siguiente mapa:

En amarillo aparece destacada la localidad de presencia de la especie en la Península Ibérica. Con iconos verde-azul, las localidades de presencia de Astragalus guttatus según GBIF. Exceptuando la de la península de Crimea, la nueva localidad es la primera prueba de presencia de la especie en Europa. Los datos que ofrece el mapa anterior están sesgados, con toda probabilidad. Es muy posible que existan poblaciones ocultas de la especie, tal vez en Libia, Túnez o Argelia, y probablemente en la propia Península Ibérica (tal vez en las mismas localidades que ocupan Astragalus oxyglottis y Krascheninnikovia ceratoides en Aragón). Aún así, nos encontramos ante una bonita disyunción biogeográfica, sin duda.

Hay una gran distancia entre la población ibérica y sus parientes de Israel, Jordania, Siria y Ucrania. La pregunta es: ¿cómo nari... ha llegado hasta aquí?. Y no es una pregunta que yo pueda contestar, aunque sí se me ocurren algunas posibilidades.

Ojo, a partir de aquí, todo es pura especulación.

En algún momento del pasado, tal vez por aislamiento geográfico, se diferenció en alguna cuenca sedimentaria semi-árida a orillas del Mediterráneo la nueva especie Astragalus guttatus. Las jugosas legumbres de esta primera población fueron comidas por animales, tal vez pequeños mamíferos o aves, que las dispersaron a distancias entre cientos de metros y pocos kilómetros. Algunas de esas semillas "cayeron" sobre un hábitat similar al de sus padres, y tuvieron la oportunidad de germinar, dando lugar a una nueva población. Con el paso del tiempo, muchas nuevas poblaciones satélite rodeaban a la original, haciendo de trampolín para colonizar nuevos parches aún más alejados. Tras varias decenas de miles de años, la especie pudo ocupar la gran mayoría del hábitat disponible en la cuenca Mediterránea, y tal vez más allá.

NOTA: Conviene recordar que hace unos 5 millones de años, finalizando el Mioceno, se dió la crisis salina del Mesiniense, que dejó a descubierto amplias zonas de la plataforma continental anteriormente sumergidas durante algo menos de medio millón de años. En este escenario, los hábitats semi-áridos similares a los que hoy ocupa Astragalus guttatus probablemente eran más frecuentes que en la actualidad, lo que facilitaría la migración saltatoria de nuevas localidades.

La "vuelta a la normalidad" de la cuenca mediterránea, las fluctuaciones climáticas, y más recientemente la actividad humana hicieron el resto, y nos dejaron la imagen actual de la distribución de la especie.

Según la hipótesis que manejamos en el laboratorio (sin medios para comprobarla por el momento), la separación espacial y temporal entre las poblaciones de aquí y de allí pude ser tan amplia que realmente estemos hablando de especies separadas.

El tiempo y la ciencia dirán. Por lo pronto, ya hay una nueva especie que debería ser añadida al catálogo de flora amenazada de Andalucía.

La caja de herramientas

2009-11-29T08:55:00.003+01:00

La clave para conseguir buenos resultados en cualquier trabajo es disponer de las herramientas adecuadas, y saber manejarlas. Pero es muy importante no olvidar que las herramientas son un medio, no un fin.

Como en este post estoy con los medios, y no con los fines, he decidido mostrar un listado de las aplicaciones que uso más frecuentemente. Espero que esto anime a otros investigadores a mostrar qué usan en su trabajo diario.

Allá voy...

Sistema operativo

GNU/Linux (Ubuntu). Antes usaba Windows XP (y ocasionalmente lo uso), pero un SO linux me ayuda a obtener una mayor productividad, gracias a las facilidades que ofrece para diseñar y ejecutar scripts que realicen tareas complejas de modo automático. Y hay más cosas a su favor, pero este no es el post adecuado.

Cálculo

R: lenguaje de programación para cálculo estadístico y composición de gráficos. Cuando hago tareas sencillas con R uso el interfaz R-Commander (rcmdr).
Octave: lenguaje de programación para cálculo matemático. Permite programar algoritmos de cálculo rápidamente.
Calc (Open Office): hoja de cálculo similar a Excel, aunque ya la uso muy poco.

SIG

GRASS: la referencia en los SIG libres, muy potente, y muy fácil crear scripts para tareas pesadas.
QuantumGIS: rápido, ligero, con acceso a las herramientas de GRASS. Lo uso sobre todo para acceder rápidamente a servicios WMS.
gvSIG-Sextante: ahora que QuantumGIS ha mejorado su soporte para vectoriales, lo uso menos, aunque me ofrecen capacidades similares.
Idrisi (Andes): programa de código cerrado. Tiene algunos módulos interesantes que no están disponibles en otros programas de procesamiento ráster.

Ecoinformática

OpenModeller: plataforma de modelado de distribución con varios algoritmos. Tiene tanto un interfaz gráfico (que no uso) como la posibilidad de lanzar los modelos desde la línea de comandos.
MaxEnt: código cerrado pero uso gratuíto. Plataforma de modelado muy rápida y potente. Un interfaz gráfico muy fácil de usar (que sí uso ocasionalmente), y la posibilidad de lanzar los modelos desde la línea de comandos. Requiere Java.
Kepler: programa de diseño y ejecución de flujos de trabajo. Muy versatil, permite llevar a cabo un gran número de tareas. Requiere Java.

Procesamiento de texto

gedit (texto plano y latex): lo uso mucho para edición de texto plano, y un poco menos para latex (instalando el paquete gedit-latex-plugin). Con sus plugins (gedit-plugins) obtiene capacidad para muchas tareas avanzadas.
Latex: un lenguaje de programación para generar documentos de aspecto profesional. Al principio duele, pero los resultados merecen la pena, sin duda.
Lyx: un procesador de texto basado en latex, muy rápido y sencillo para generar documentos con un aspecto bastante profesional. Muy recomendable, aunque yo tengo algún problema con el corrector ortográfico (el problema es que no me funciona en alguna máquina).
Kile: editor de latex muy fácil de usar (lo difícil es latex...). Lo uso cuando quiero generar un documento con cierto cariño (mi tesis, por ejemplo), o presentaciones.
Writer (Open Office): solo lo uso cuando el texto tengo que compartirlo con otras personas (jefes y compañeros). Hace meses que no lo uso, pero hasta entonces era mi editor de texto favorito.
Bluefish: lo poco que sé hacer con html (muy poco!) lo hago con Bluefish.

Presentaciones

Latex (Beamer): por algún motivo que no alcanzo a comprender, decidí hacer la presentación de la defensa de la tesis con Beamer, una librería de Latex especialmente diseñada para esta tarea. Lo cierto es que me encanta (el resultado visual es muy bueno), y desde entonces (no ha pasado tanto) lo uso bastante, aunque la primera experiencia con Beamer es como andar descalzo sobre cristales...
Impress (Open Office): similar a Power Point (creo), es bastante fácil de usar. Para presentaciones cortas y sencillas es preferible a Beamer por su rapidez, y exporta el resultado a pdf.
Impressive: se trata de un programa para mostrar presentaciones guardadas como pdf. Tiene algunas características sensacionales, pero no puedo explicarlo. Hay que verlo funcionarlo para entenderlo. Una pega, no soporta animaciones en los pdf, lo que nos lleva al siguiente punto.
Adobe reader: programa de código cerrado y uso gratuíto. El único visor de pdf que soporta animaciones. Si la presentación las lleva, es mi elección. Si no, Impressive, sin duda.

Mapas mentales

CmapTools: programa de código cerrado y uso gratuíto. Un programa sensacional para generar mapas mentales, con la posibilidad de colgarlos en la red para que otros puedan acceder a ellos. Como inconveniente, es algo pesado porque requiere Java y lleva incrustada su propia máquina virtual.
View Your Mind (vym): un programa muy completo para generar mapas conceptuales, muy sencillo de utilizar, y con muchas posibilidades: añadir enlaces a los conceptos, exportar a múltiples formatos, y muchas más.
Kivio: cuando más que un mapa mental necesito un diagrama de flujo, o un esquema un poco más complicado uso Kivio. Es muy fácil de usar, y el resultado suele ser bastante bueno.

Imagen

The Gimp: un editor de imagen muy completo, similar en concepto al conocido Photoshop. Aunque tiene un interfaz un poco confuso, compuesto por muchas ventanas (como GRASS...), me gusta bastante, y lo uso casi a diario, sobre todo para preparar imágenes para presentaciones.
Imagemagick: editor de imágenes para la línea de comandos. Sensacional para procesar imágenes usando scripts. Sobre todo lo uso para convertir entre formatos de imágenes.

Virtualización

Virtual Box: para probar nuevos sistemas operativos sin tener que instalarlos en el ordenador.

Internet

Firefox
Evolution: cliente de correo, calendario y tareas.
Pidgin: cliente de mensajería instantánea. Me permite usar simultáneamente mis cuentas en msn (yo pecador) y gtalk.
Vinagre: cliente vnc, me permite acceder de forma remota al escritorio de mi pc de la facultad.
ssh: acceso remoto seguro a mis ordenadores desde la línea de comandos.
Blogger: para escribir esta lista, y contar otras historias.
Gmail: para recibir correo, y compartir algunos documentos.
Scribd: para sacar documentos del cajón y dejarlos a la vista.
Facebook: para ver caras de viejos conocidos, y hacer algún nuevo amigo.

Otros

pdftk: gestión de ficheros pdf desde la línea de comandos. Para unir varios pdf, sacar páginas, y otras tareas similares.
xampp: un servidor web muy fácil de instalar y utilizar. Para colgar material en mi pc de la facultad (cuando el router no se cae, o no hay apagones inesperados...).
Bash: la navaja suiza de Linux. Un lenguaje de programación que permite hacer prácticamente cualquier cosa. Indispensable, aunque no lo controlo todo lo que debiera.

Hay algunos más que uso ocasionalmente, pero solo he querido mostrar aquellos con los que casi trabajo a diario.

A ver si alguien más destapa su lista...

Procesamiento paralelo con Bash en Linux

2009-11-28T12:28:00.008+01:00

La mayoría de nuestros nuevos ordenadores tienen entre dos y cuatro núcleos (procesadores), y esa característica los dota de la facultad de hacer varias cosas a la vez.

En realidad, es muy difícil para un usuario normal aprovechar todo el rendimiento que puede proporcionar una máquina con varios núcleos. Pero cuando estamos hablando de procesamiento masivo de datos o simulaciones, es fundamental tener en cuenta esta posibilidad.

Trabajando en GNU/Linux (en este caso Ubuntu Jaunty) es realmente sencillo aprovechar todo el potencial de la máquina utilizando Bash, un lenguaje de programación que traen de serie las distintas distribuciones del pingüino.

Os voy a contar del modo más sencillo que he encontrado como funciona esta característica.

En primer lugar, abre el monitor del sistema de cualquiera de estos dos modos:

Menú Sistema > Administración > Monitor del Sistema
Llamándolo desde la consola mediante la orden gnome-system-monitor

En la pestaña Sistema aparecen las características básicas de vuestra máquina.

En este caso aparecen cuatro procesadores, por lo que el equipo es idóneo para usar procesamiento en paralelo. Si "solo" tienes dos procesadores, también funcionará.

En la pestaña Recursos se monitoriza en tiempo real el rendimiento del sistema. Céntrate en el Histórico de la CPU. Aparecerán tantas líneas de colores como procesadores tiene tu máquina. En el eje x el tiempo, y en el eje y el porcentaje de carga. Cuanto más trabaja un procesador, más alto será este valor. Este gráfico va a ser importante para comprobar las ventajas del procesamiento en paralelo..

Ahora abre un terminal (menú Aplicaciones > Accesorios > Terminal).

Y ahora vamos al lío. Utilizaremos un sencillo código en Bash que obliga al ordenador a contar (si, como si cuentas mentalmente de 1 a 100, lleva un rato...).

for ((i=0; i<=1000000; i++)) do a=$i; done

Esta línea de código dice literalmente algo como: comenzando en i (que vale cero) súmale uno hasta que i valga un millón. En cada suma, guarda el valor de i en la variable a.

El código completo que vamos a utilizar es el siguiente:

for ((i=0; i<=1000000; i++)) do a=$i; done
for ((i=0; i<=1000000; i++)) do b=$i; done
for ((i=0; i<=1000000; i++)) do c=$i; done
for ((i=0; i<=1000000; i++)) do d=$i; done
sleep 5
for ((i=0; i<=1000000; i++)) do a=$i; done &
for ((i=0; i<=1000000; i++)) do b=$i; done &
for ((i=0; i<=1000000; i++)) do c=$i; done &
for ((i=0; i<=1000000; i++)) do d=$i; done &
sleep 5

Tenemos dos bloques de código.

Un primer bloque de cuatro líneas que comienzan con la instrucción for, que obligan al PC a contar hasta un millón cuatro veces, pero que se ejecuta línea a línea (en serie). El ordenador no comienza a procesar una línea hasta que ha terminado la anterior.

Una orden sleep, que para la ejecución durante 5 segundos (no es importante, pero nos servirá para diferenciar los dos bloques en el gráfico de rendimiento).

Otras cuatro instrucciones for, seguidas por un símbolo &. Este símbolo le dice a Bash que lance la ejecución de la siguiente línea inmediatamente, sin esperar a que termine la ejecución de la línea actual.

Otra orden sleep (para asegurarnos de que se ejecutan todas las líneas for del segundo bloque. Al pegar el código en la consola, la última línea puede quedar sin ejecutarse si no pulsamos Enter).

NOTA: Si tu ordenador solo tiene dos procesadores, elimina las dos últimas líneas de cada bloque de cuatro instrucciones for. (Opción avanzada: puedes insertar la orden wait entre la segunda y tercera línea for del segundo bloque, de este modo el ordenador primero ejecutará en paralelo las dos primeras, y después las dos últimas.)

Ahora copia el código y pégalo en la consola (menú Editar > Pegar, o Ctrl + May + V), y observa el comportamiento de la gráfica Histórico de la CPU.

Según el gráfico, el primer bloque de cuatro órdenes ha tenido ocupado un solo procesador durante algo más de 30 segundos, mientras que el segundo bloque ha tenido ocupados los cuatro procesadores durante algo menos de 10 segundos (el tiempo variará según la potencia de vuestra máquina. Si va muy lento, cambiad en el código el 1000000 por 100000).

La diferencia entre 10 y 30 segundos puede parecer poca, pero trabajando con simulaciones que van a llegar largo tiempo, la diferencia entre 10 y 30 días sí que puede ser importante.

Este simple símbolo (&) en los scripts de Bash y GRASS que he utilizado durante mi tesis me han permitido ahorrar MUCHO tiempo. Para dar una idea de las ventajas, os contaré el coste en tiempo de un experimento de simulación real, que corresponde al Capítulo 8 de la mencionada tesis.

Territorio: Andalucía
Resolución espacial: 100 metros

200 especies de plantas
8 modelos de distribución ensamblados por especie (MaxEnt y OpenModeller)
2 escenarios de cambio climático
10 periodos de tiempo dentro de cada escenario

Estos números dicen que en total, durante el experimento se generaron unos 32000 modelos de distribución (sí, 32000), durante 30 días en 7 ordenadores diferentes. No quiero pensar el tiempo que hubiera llevado sin contar con la capacidad de procesamiento en paralelo. Tal vez aún no habría leído la dichosa tesis...

NOTA IMPORTANTE: No se puede abusar del procesamiento en paralelo, porque puede perderse eficiencia si mandamos demasiadas peticiones a los procesadores. Y en los scripts de GRASS hay que tener mucho cuidado, porque una operación secuencial es posible iniciar una tarea antes de que el material que necesita para ejecutarse esté disponible. Todos los scripts no son susceptibles de ser paralelizados (si es que la palabreja existe...).

DOCUMENTOS EN SCRIBD [autobombo]

2009-11-27T06:03:00.003+01:00

Hace algo más de un mes comencé a colgar los documentos que se quedan en el "cajón" en scribd, una plataforma de publicación de documentos que empieza a ser bastante popular.

A mi cuenta voy subiendo poco a poco los documentos que voy produciendo. Tutoriales sobre SIG o Kepler, publicaciones (pocas, las que hay), y otros documentos que estaban condenados a desaparecer en algún disco duro dañado, como la memoria para la obtención del DEA, el trabajo de fin de master de UNIGIS, o la dichosa tesis doctoral, entre otros.

Ojo con las licencias de los documentos, que todas tienen validez legal. Los que proceden de revistas científicas tienen copyright tradicional :-( , pero los de producción propia tienen licencias Creative Commons (aquí puedes consultar los distintos tipos de licencia).

Espero que alguno de los documentos te sea útil.

Curso de Kepler: sistema para diseño y ejecución de flujos de trabajo científico

2009-11-17T19:31:00.005+01:00

Desde hace un par de años uso Kepler, un programa de diseño y ejecución de flujos de trabajo pensado para su aplicación en ciencia.

Hoy mismo he impartido en el Centro Andaluz de Medio Ambiente un seminario sobre este programa con el objetivo de explicar sus características básicas y ofrecer unas prácticas de iniciación a su uso.

He colgado el material correspondiente en un servidor:

http://botanica2.ugr.es/seminario_kepler_sin_instalador.zip material del seminario (sin instalador de Kepler) 4.3 MiB

http://botanica2.ugr.es/seminario_kepler_con_instalador.zip material del seminario con el instalador de Kepler) 169 MiB

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ACTUALIZACIÓN: El material también se encuentra disponible desde este enlace:
http://observatoriosierranevada.iecolab.es/index.php/Curso_analisis_datos_ecologicos_R
en la sección Seminario Paralelo: Introducción a Kepler (abajo). Desde la misma página puedes acceder al material del curso sobre el lenguaje estadístico R impartido por Luís Cayuela.
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El seminario está pensado para máquinas con Windows (es el instalador que adjunto), pero puede hacerse sin problemas en un linux cualquiera instalando la versión de Kepler adecuada.

Para seguir el curso basta con ir poco a poco con la presentación que está guardada en la carpeta doc, o desde scribd:

CURSO DE KEPLER (PRESENTACIÓN)
Es muy sencillo de hacer (unas tres horas, tal vez cuatro), y creo que merece la pena, sobre todo para aquellos que necesiten automatizar tareas y no sepan demasiado sobre lenguajes de programación.

Un saludo!

MÁSTER oficial de Biodiversidad en Áreas Tropicales y su Conservación

2009-11-17T07:00:00.002+01:00

Actualmente se está impartiendo en la Universidad Central de Ecuador un Máster oficial de Biodiversidad en Áreas Tropicales y su Conservación, organizado por La Universidad Internacional Menéndez Pelayo, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas y la Universidad Central del Ecuador.

Aparte de ofrecer un temario sensacional, y un lugar de ensueño para las prácticas (estación biológica WISUI), la organización está publicando todo el material impartido por los distintos profesores aquí. Muchas presentaciones, enlaces a software especializado, y el conocimiento de grandes especialistas en las distintas materias os esperan allí.

No todos podemos hacer el máster, pero al menos sí tenemos la oportunidad de aprender de este material. ¡Que aproveche!

MINITUTORIALES DE KEPLER (1): EMPEZAMOS POR EL PRINCIPIO

2009-11-03T13:19:00.015+01:00

Próximamente voy a impartir un pequeño seminario de Kepler, dentro de un curso de R que impartirá Luís Cayuela entre los días 16 y 19 de noviembre. Siempre he querido hablar sobre este programa en el blog (ya publiqué una entrada sobre el tema hace unos mil años), y publicar algunos tutoriales. Y ahora tengo tiempo para hacerlo.

No voy a explicar qué es Kepler, que ya viene bastante claro en la entrada que ya publiqué, y en este documento que colgué en scribd. También os dejo un enlace a un zip en el que está toda la documentación de Kepler de la que dispongo (hay más, pero con esta ya se hace uno a la idea).

Si quieres seguir el tutorial, es el momento de instalar Kepler (ir a la página de descarga).

Y ahora a empezar (a partir de ahora supondré que ya has leído la entrada anterior en el blog y has ojeado el documento colgado en scribd).

Imaginemos una operación muy sencilla: sustituir una palabra por otra en un documento de texto. Para realizar esta operación hay que seguir un esquema como el siguiente:

En negro, el flujo de trabajo con las acciones a realizar. En gris, los datos que son necesarios para ejecutar cada una de las acciones.

Ahora vamos a diseñar y ejecutar este flujo de trabajo en Kepler. Para facilitar el seguimiento del tutorial, os dejo una imagen que describe los elementos que aparecen en la ventana del programa:

Los pasos a seguir son los siguientes:

En el "árbol de componentes" sigue la siguiente ruta para encontrar director que controlará la ejecución del flujo de trabajo: Components > Director > SDF Director, y arrástralo a la ventana de diseño.
Busca Components > Data Input > Local Input > File Reader, y arrastra el componente a la ventana de diseño.
En el cajetín de búsqueda escribe "string replace" y arrastra el componente a la ventana de diseño.
Realiza la misma operación con los componentes Text File Writer y String Constant (este último arrastralo tres veces).

Si todo ha salido bien, tendremos en la ventana de diseño un director y seis actores. Ahora puedes crear un fichero de texto plano llamado "texto.txt" en una carpeta de tu PC que contenga la cadena de texto "Granada". Este fichero es nuestro sujeto de prácticas. Ahora vamos a configurar los actores.

Pulsa dos veces sobre SDF Director en la ventana de diseño para abrir la ventana "Edit parameters for SDF Director", y cambia el valor del parametro "iterations" a 1 (cero significa infinitas iteraciones), para acabar pulsando el botón "Commit".
En el actor "String Constant" existe un parámetro llamado "value". Escribe en él la ruta completa de acceso al fichero de texto. Por ejemplo /home/blas/texto.txt, o la correspondiente si usas Windows.
Con "String Constant2" repite la operación poniendo Granada como valor.
En "String Constant3", lo mismo pero poniendo Mérida.
En el actor "Text File Writer" cambia el valor del parámetro "Change existing" a overwrite.

Ya están los actores configurados, y ahora hay que definir las uniones entre ellos.

El actor "String Constant" proporcionará la ruta del fichero a los actores "File Reader" y "Text File Writer". Para no duplicar el actor "String Constant" crearemos un "símbolo de relación" pulsando sobre el rombo negro en la barra de herramientas. Aparecerá en el centro de la ventana de diseño. Puedes arrastrarlo a una posición más conveniente. Ahora puedes pulsar sobre el puerto de salida del actor "String Constant" (triángulo negro a la derecha de la ruta del fichero texto.txt), y arrastrar la línea que surge hasta el símbolo de relación. Has creado un canal que termina en una bifurcación.
El actor "File Reader" en su lado izquierdo tiene un puerto de entrada llamado fileOrUrl (es el de color negro). Pincha sobre él, y arrastra el canal hasta el símbolo de relación.
El actor "Text File Writer" tiene en su lado izquierdo (abajo) un actor de entrada llamado file ToWrite; crea un canal entre este puerto y el símbolo de relación.

Crea un canal entre el puerto output (a la derecha) del actor "File Reader" con el puerto stringToEdit (el de abajo a la izquierda) del actor "String Replace".
Crea un canal entre el puerto output de "String Constant2" y el puerto pattern (izquierda arriba) de "String Replace".
Crea un canal entre el puerto output de "String Constant3" y el puerto replacement de "String Replace".
Crea un canal entre el puerto output (a la derecha) del actor "String Replace" con el puerto string (izquierda y arriba) del actor "Text File Writer".

Con estas conexiones ya está el flujo de trabajo listo para funcionar. Pero antes de darle al Play, en el menú Tools > Animate at runtime, cambia el valor del parámetro Time to hold highlight a 500 milisegundos.

Ahora ya puedes pulsar el botón RUN de la barra de herramientas. Verás como se enmarca en color rojo el actor que está actuando en cada momento. Cuando termine, si abres tu fichero texto.txt, verás que ahora aparece la palabra Mérida.

Si el flujo de trabajo no ha funcionado, En abre el menú File > Open URL y pega la siguiente dirección en el cajetín URL: http://botanica2.ugr.es/flujos/reemplazar_texto.xml. Se abrirá el flujo de trabajo completo en la ventana de diseño.

Por supuesto, este flujo de trabajo es un montaje excesivo para cambiar una palabra por otra en un fichero de texto plano, y solo tiene un objetivo pedagógico. Kepler tiene potencia de sobra para mucho más, y lo iremos viendo en los siguientes tutoriales.

ECOINFORMÁTICA APLICADA A LA CONSERVACIÓN: SIMULACIÓN DE EFECTOS DEL CAMBIO GLOBAL EN LA FLORA DE ANDALUCÍA

2009-10-23T21:45:00.009+02:00

Ya comentaba en el post anterior que he terminado la tesis, y os voy a contar un poco sobre sus contenidos, aunque el título es bastante autodescriptivo.

El objetivo general de la tesis está implícito en el subtítulo: simular los cambios potenciales en la distribución de la diversidad vegetal andaluza debidos al cambio del clima y al cambio de los usos del suelo.

El trabajo está dividido en tres partes:

PARTE I: TEORÍA Y PRÁCTICA DE LOS MODELOS DE DISTRIBUCIÓN DE ESPECIES. En esta sección trato cuestiones básicas sobre la distribución geográfica de las especies, factores que la determinan, marco metodológico (ecoinformática) y fundamentos sobre modelos de distribución. Esta sección es muy recomendable para aquellos que no tienen experiencia previa usando modelos de distribución.
PARTE II: APLICACIONES DE LOS MDE AL ESTUDIO DE EFECTOS DEL CAMBIO DE USOS DEL SUELO EN LA FLORA AMENAZADA. En esta sección presento un método para localizar poblaciones de especies amenazadas por la construcción de nuevos invernaderos, y un método para mejorar la predicción de la expansión de invernaderos.
PARTE III: PRONÓSTICO DE EFECTOS POTENCIALES DEL CAMBIO DEL CLIMA EN LA FLORA. Este apartado está dedicado a la simulación de cambios potenciales en la distribución geográfica de las especies debidos al cambio del clima. Un ensayo sobre el posible futuro de las formaciones vegetales más importantes de Sierra Nevada, un flujo de trabajo automatizado para generar las predicciones de forma desatendida, y la aplicación de este flujo a dos cuestiones: una comparación de efectos del cambio del clima entre zonas áridas y de alta montaña (altiplano de Granada versus Sierra Nevada), y una simulación masiva aplicada a 200 especies de toda Andalucía, con una resolución espacial de 100 metros.

En este enlace puedes descargar la tesis y consultar (y descargar el material) de los anexos digitales. En scribd puedes encontrar el pdf.

Poco a poco iré comentando aquí los aspectos de mayor interés sobre este trabajo (resúmenes para seres humanos).

Un saludo!

TESIS TERMINADA

2009-10-23T21:09:00.003+02:00

Ha sido duro, pero se acabó. Terminé "Mi Tesis Doctoral".

Suena un poco ególatra y estirado, es verdad. Creo que el asunto está un poco sobredimensionado, y voy a tratar de explicar por qué. Uno se tira 8 años en el colegio, y consigue el Graduado Escolar. Después, varios (tal vez muchos) años en el instituto, para conseguir el bachillerato o lo que sea que les den ahora. Posteriormente, varios años más (de 5 a n) haciendo la carrera, para obtener el título de Licenciado en lo que sea. Pero no acabamos ahí. Un par de años más para obtener el Diploma de Estudios Avanzados, y al fin, entre pocos meses y miles de años más para escribir La Tesis y obtener el título de Doctor. Y " La Tesis" puede parecer el final, pero ahora que soy un doctor con experiencia ;-P, puedo decir que solo se trata de un hito más en la carrera de uno hacia quién sabe donde, y en todo caso, el principio de lo que nos queda por andar.

Desde que empecé con esto, he visto que muchos tomaban su tesis doctoral como el gran trabajo de su vida. Conozco algunos que ya llevan 6 o 7 años, y creo que se equivocan (me arriesgaré a tener razón). Yo no lo veo así, y sé que me voy a llevar alguna colleja por decirlo, pero hay dos motivos fundamentales por los que creo que hay que cambiar el chip respecto a la importancia real de la tesis.

Cuando uno está en fase de formación NO PUEDE escribir el mejor trabajo de su vida. En esta fase se están desarrollando aptitudes y asimilando métodos, y no se puede esperar el resultado perfecto (aunque sí hay que buscar el mejor posible, sin duda).
Ser doctor es el punto de partida de una carrera investigadora. Cada año de más escribiendo la tesis es un año menos buscando una posición interesante en el mundo de la investigación. Es el equivalente a repetir curso en cualquiera de los periodos de formación anterior, aunque, sorprendentemente, nadie le da importancia ("es que está escribiendo la tesis", dicen).

Ahora que he pasado el trago puedo dar un par de consejos (o cinco) al que esté en esto.

Si tienes cuatro años de beca, ¡ACABA LA TESIS ANTES DE QUE SE TERMINE LA BECA!. De este modo tendrás un margen de varios meses, en los que podrás buscar una posición teniendo tu indispensable título de doctor.
Plantea objetivos realistas. Será más fácil acabarla algún día si trabajas con datos que ya existen. Y muy difícil si necesitas cuatro años de datos de campo para culminar tu proyecto.
Mejor calidad que cantidad (y lo digo porque en la mía hay cantidad que pudo quedarse en el cajón).
Ojo con la extensión. Las tesis crecen solas y hay que saber decir "HASTA AQUÍ".
Cuida la relación con tus jefes. Muchas tesis han fracasado por falta de entendimiento entre director y doctorando. El respeto mutuo es fundamental.

La red está llena de consejos para terminar una tesis, pero me quedo con esta página: http://www.learnerassociates.net/dissthes/guidesp.htm

¡Suerte con la tuya!

En memoria de Andrés Montes

2009-10-17T16:41:00.003+02:00

"Porque la vida puede ser maravillosa"

Se ha ido un auténtico crack...

Adiós JUGÓN!

La ciencia española no necesita tijeras

2009-10-07T10:03:00.002+02:00

Me quiero dirigir a aquellos jóvenes con vocación científica (alguno hay) que lo ven difícil para salir adelante, pero sin engañarles: ES DIFÍCIL SALIR ADELANTE. Y parece que a partir de ahora, aún más. Pero no deben (debemos) desesperar, porque los necesitamos. Con dinero o sin él, la Ciencia debe seguir viva.

Porque la Ciencia explora nuestro mundo y mira al futuro buscando soluciones y nuevas oportunidades para el desarrollo de la civilización. Nos proporciona medios de transporte, GPS, fuentes de energía, máquinas y robots, esperanza y calidad de vida, nuevos materiales, etc.

También ofrece una visión de la Tierra y la Vida que va más allá de la percepción de un solo hombre, viajando al pasado más lejano para mostrarnos como surgió la vida, y explorando el futuro anticipándose a riesgos y problemas para buscar soluciones que hagan viable el proyecto humano. CONOCIMIENTO, la base del progreso.

Nuestra sociedad acepta y asimila estos avances en su propio beneficio, y a cambio ignora a las personas que los posibilitan. Nuestro sistema económico (por llamarlo de algún modo...) no contempla el desarrollo de la Ciencia sin subvenciones estatales, y las van a recortar. Proyectos sin continuidad, medicamentos sin descubrir, tecnologías sin desarrollar, talentos desperdiciados, fuga de cerebros a otros países...es el panorama al que nos enfrentamos.

Recortar en Ciencia es volver al pasado cerrando las puertas del futuro. Por eso, NO AL RECORTE DE PRESUPUESTOS EN CIENCIA!

Nota: Esta entrada se suma a la iniciativa de LA ALDEA IRREDUCTIBLE para protestar por la reducción de presupuestos en investigación científica. Pásate por allí para visitar otros blogs (más de 200) que también protestan por el mismo motivo.

Como escribir aburrida literatura científica...

2009-10-06T19:18:00.003+02:00

"Hell - is sitting on a hot stone reading your own scientific publications" (Erik Ursin)

Algo totalmente cierto, ahora que estoy releyendo mi tesis...

Vía Menéame he encontrado esta nota de Miguel Delibes que se refiere al artículo "How to write consistently boring scientific literature". En el artículo el autor (Kaj Sand-Jensen, de la Universidad de Copenhague) expone en tono jocoso 10 consejos para escribir magníficos artículos científicos aburridos. Ya llego tarde para aplicarlo (en lo poco que he escrito creo que los he seguido al pie de la letra), pero tal vez a tí te sirvan...

SERVICIO DE INFORMACIÓN GEOGRÁFICA EN EL CENTRO UNIVERSITARIO DE MÉRIDA

2009-10-05T11:46:00.003+02:00

No acostumbro a enlazar noticias de periódicos, pero esta es interesante. En el Centro Universitario de Mérida se va a situar un Servicio de Cartografía Digital e Infraestructura de Datos Espaciales dirigido por Ángel Felicísimo.

Más allá del interés personal que me suscita esta iniciativa, hay una cuestión de interés general para el mundo de la investigación en biodiversidad. Y es que hoy no es posible concebir investigaciones en este campo (y en muchos otros) sin tener en cuenta el factor geográfico. No solo me refiero a dibujar puntos de presencia sobre fotos aéreas, sino a la aplicación de herramientas de análisis espacial de alta resolución: mapas de densidad poblacional, mapas de interacciones biológicas, simulación según escenarios de cambio climático, o pronóstico y resolución de conflictos entre desarrollo económico y conservación.

Servicios como el descrito en la noticia son fundamentales, porque poner a disposición de los investigadores la información geográfica digitalizada es el primer paso. Pero aún hay que hacer un esfuerzo importante de asimilación de la tecnología por parte de los grupos de investigación.

UNIR "MUCHOS" ARCHIVOS VECTORIALES

2009-09-30T22:36:00.002+02:00

La mayoría de los programas libres de procesamiento geográfico permiten unir dos ficheros vectoriales en uno solo. Pero cuando es necesario unir más de dos (raro, pero a veces ocurre), se puede utilizar la GeoMerge. El programa trabaja con ficheros vectoriales shape (.shp) de ESRI o TAB de MapInfo. Es gratuito, y funciona perfectamente con Wine en Ubuntu. Lo he probado para unir 240 shapefiles y en un par de segundos, todo terminado. Eso sí, se trataba de geometrías simples (líneas). Si alguien lo probó con algo más complejo, que lo cuente.

Un saludo!

OSGeo Educational

2009-07-21T15:07:00.007+02:00

La Open Source Geospatial Foundation (OSGeo: www.osgeo.org) es una fundación sin ánimo de lucro con un objetivo claro: fomentar el uso y desarrollo de software libre de procesamiento geográfico.

Los proyectos que actualmente apoya esta fundación son: deegree Mapbender MapBuilder MapGuide Open Source MapServer OpenLayers GRASS GIS OSSIM Quantum GIS gvSIG FDO GDAL/OGR GEOS GeoTools MetaCRS y GeoNetwork

Teniendo en cuenta que uso GRASS y GDAL/OGR a diario, que ocasionalmente (y cada vez más) uso Qantum GIS (con su plug-in de GRASS), y que también en algunas ocasiones recurro al binomio gvSIG-Sextante, puedo decir que esta iniciativa es fundamental para cualquiera que base su trabajo SIG en herramientas libres.

Pero no solo de software vive el hombre, y es esencial el aprendizaje y conocimiento para sacarle partido. Y de ahí la iniciativa OSGeo Educational que es un canal de acceso a un buen número de tutoriales sobre algunas de las herramientas que aparecen en la lista anterior. Solo lleva abierto 6 meses, y seguro que poco a poco se añadirán contribuciones interesantes.

Yo he aportado el curso sobre modelos de distribución. Y tú, ¿te animas?.

OPTIMIZACIÓN DE RUTAS EN 3D

2009-07-08T20:27:00.003+02:00

Os dejo un enlace con un minitutorial muy útil para planear salidas de campo. Está especialmente indicado para terrenos montañosos, en los que la pendiente es un factor a tener en cuenta al planificar un pateo.

Se requiere inglés, GRASS, un modelo de elevaciones, y un fichero vectorial de puntos representando las localidades a visitar.

http://casoilresource.lawr.ucdavis.edu/drupal/node/696

NUEVO MODELO DE ELEVACIONES MUNDIAL

2009-07-01T06:53:00.004+02:00

Tener un modelo del terreno de gran resolución ya no es un problema. La NASA y el Ministerio de Economía, Comercio e Industria de Japón han generado un producto sensacional: el ASTER GDEM.

Este modelo cubre la tierra desde los 83 grados norte hasta los 83 grados sur, con una resolución horizontal de 30 metros.

Los datos pueden descargarse desde el servidor de Tokyo: http://www.gdem.aster.ersdac.or.jp/index.jsp

El sistema de acceso es muy sencillo, pero es necesario registrarse.

Sobre el material en sí no puedo contar más, porque tienen mucho tráfico (la información se liberó antes de ayer) y aún no he podido descargar una muestra.

Gracias a Artur Gil por difundir la noticia a través de la lista de correo de Teledetección.

APUNTES DE LATEX (bibliografía): cambiar "et~al" por "et al" usando natbib

2009-06-28T17:14:00.007+02:00

Uno de los paquetes para la presentación de bibliografía en Latex es natbib. Uno de los estilos del paquete es plainnat, que permite poner referencias del tipo "(Fulanito et al., 2006)". Pero por defecto, lo que realmente ofrece es, incomprensiblemente, "(Fulanito et~al., 2006)". Efectivamente, hay un indeseable signo "~". Para eliminarlo, hay que buscar el fichero plainnat.bst, y cambiar mediante reemplazo las cuatro veces que aparece "et~al." por "et al.".

En Ubuntu Hardy, el comando
locate plainnat.bst

muestra la ruta de acceso al fichero
/usr/share/texmf-texlive/bibtex/bst/natbib/plainnat.bst

por tanto, tecleando
sudo gedit /usr/share/texmf-texlive/bibtex/bst/natbib/plainnat.bst

podemos editar el fichero para eliminar el dichoso "~" de las referencias de nuestro documento.

Para que el "et al." aparezca en cursiva al compilar el documento, hay que sustituir "et~al." por "\emph{et al.}".

A quién se esté peleando Latex en general le recomiendo la web de Andy Roberts (en inglés).

Y particularmente, sobre bibliografía, esta página de la misma web.

MODELOS DE DISTRIBUCIÓN: Todos no son iguales!

2009-06-26T09:14:00.007+02:00

A lo que conocemos como modelos de distribución se les nombra de distintos modos:

modelos de nicho ecológico
modelos de idoneidad del hábitat
modelos de distribución de especies

Pero todos no significan lo mismo, aunque se usan casi como sinónimos, olvidando en algunos casos el significado de alguno de los conceptos.

El nicho ecológico, según la famosa definición de Hutchinson, es el 'hipervolumen de n dimensiones formado por todas las variables bióticas y abióticas que tienen efecto en la supervivencia, crecimiento y reproducción de una especie'. Ante esta definición se plantea una cuestión: ¿podemos capturar la complejidad del nicho ecologico a partir de unos cuantos puntos de presencia y unas cuantas variables ambientales almacenadas en un SIG?. Podemos decir que no (al menos por ahora, que no me gusta ser tajante). En todo caso pueden capturarse algunas dimensiones del nicho, como las climáticas, las topográficas, o incluso algunas interacciones bióticas (sobre todo se ha trabajado con mariposas y su plantas nutricias, pero un campo por trabajar es el fenómeno de la facilitación en plantas). Para obtener un modelo de nicho ecológico, es necesario estudiar muchas dimensiones, y el efecto de sus gradientes en la eficacia biológica de la especie. Posteriormente, una vez obtenido el modelo, podría representarse en un mapa la función, que no representaría la distribución de la especie, sino la distribución espacial de los valores de eficacia biológica (según el parámetro de eficacia seleccionado). Hoy día es raro encontrar modelos de este tipo en la literatura (un ejemplo en Kearney y Porter 2004).

Vegetación del río Trevelez, en la falda sur de Sierra Nevada. A la izquierda una representación del paisaje (ortofoto superpuesta en un modelo de elevaciones de alta resolución). A la derecha, un modelo de distribución potencial de cuatro formaciones vegetales, calibrado usando solo cuatro variables: temperatura media anual, pendiente, índice topográfico de humedad y radiación solar de invierno.

El hábitat, según la última definición que he leído (Kearney 2006), es 'la descripción de un lugar, en una escala de espacio y tiempo determinada, en el que un organismo vive o puede vivir'. Para describir un hábitat se suele recurrir a características geográficas, climáticas y biológicas que son importantes en la distribución de los organismos, pero raramente se recurre a variables bióticas. El hábitat es el escenario concreto en el que vive (o puede vivir) un organismo. Cuando calibramos un modelo de distribución para una especie con el mismo tipo de variables con las que podemos definir su hábitat, lo que podemos obtener como resultado es un modelo de hábitat, que también puede considerarse como un modelo de distribución potencial. Se trata de un mapa que nos indica donde está el hábitat de la especie, y en que lugares es "mejor" o "peor" (según el gradiente de idoneidad del hábitat).

A la izquierda, localización de lugares de presencia conocida de la planta Moehringia fontqueri en Sierra Nevada (vista este-oeste, el norte queda a la derecha de la imagen). A la derecha, modelo de distribución potencial de la especie. Las zonas en rojo intenso presentan el hábitat más apropiado para la especie según 16 variables climáticas, topográficas y de teledetección a una resolución de 15 metros. Hay una gran diferencia entre el área de presencia conocida y el área de presencia potencial, lo que hace pensar en limitaciones dispersivas o una historia biogeográfica reciente.

La distribución de una especie puede definirse como 'el conjunto de localidades en el espacio geográfico en las que es posible detectar la presencia de la especie' (esta es de Jorge Soberón). Para que una especie se encuentre en un lugar no basta con que el hábitat sea idóneo, porque otros factores que influyen en la presencia de la especie son sus capacidades dispersivas, y las interacciones bióticas necesarias para su supervivencia (presencia de presas para predadores, vegetales palatables para herbívoros, etc). Si incluímos este tipo de variables , obtendremos un modelo de distribución efectiva.

Ambos tipos de modelos son extremos de un gradiente, y dependiendo de las variables introducidas (y de la calidad de los registros de presencia), los resultados van a tender a un lado u a otro. Si el muestreo de presencia es malo, y tenemos unas pocas variables climáticas y topográficas a resolución grosera, estamos al principio del gradiente. Si disponemos de un buen muestreo de presencia, variables climáticas y topográficas de alta resolución, imágenes satélite, mapas de presencia de especies en interacción con la especie de estudio, mapas de uso del suelo, litología, y para añadir algo que se hace poco, un muestreo de densidad, entonces nuestro modelo quedará muy cerca del final del gradiente.

El lugar que ocupe el modelo dentro de ese gradiente determina su utilidad.

Los que he llamado modelos de distribución potencial, puede utilizarse para:

Buscar nuevas localidades de especies amenazadas
Localizar zonas de introducción de especies en peligro (una especie de migración artificial)
Diseño de planes de repoblación de áreas degradadas
Análisis de patrones biogeográficos a gran escala
Estudios de paleodistribución de especies, a partir de mapas de paleoclima (trabajos circulares, cuando muchos mapas de paleoclima se han generado a partir de registros polínicos)
Simulación de distribución futura de las especies ante escenarios de cambio climático

Los modelos de distribución efectiva son útiles para:

Cartografía de especies, sobre todo en grandes áreas que tendrían un coste prohibitivo con los medios convencionales
Análisis de estructura espacial de poblaciones, flujo genético, conectividad, fragmentación del hábitat, y otros relacionados con la ecología espacial.
Delimitar áreas de conservación

De todo esto yo saco algunas conclusiones: llamarlos modelos de nicho ecológico es un poco pretencioso, y al hablar de este concepto, es mejor suavizarlo con términos como "aproximación al nicho ecológico", o "algunas dimensiones del nicho ecológico", etc.

Sin embargo, para evitar confusiones, y coincidiendo con Kearney (2006), creo que es mejor llamar modelos de nicho a aquellos basados en la experimentación (y establecidos según relaciones causa-efecto conocidas, lo que algunos llaman modelos mecanicistas). A los obtenidos a partir de la relación estadística entre registros de presencia y variables ambientales, los llamaría modelos de distribución (o modelos de hábitat, aunque me gusta más el primero). Ya dentro de esta categoría, tendríamos el gradiente entre distribución potencial y efectiva.

Y eso es todo (por ahora) amigos!

Referencias:

Kearney M 2006. Habitat, environment and niche: what are we modelling?. Oikos 115:1 (descarga aquí)

Soberón J 2007. Grinnellian and Eltonian niches and geographic distribution of species. Ecology Letters 10 1115-1123 (descarga aquí)

ECOINFORMÁTICA

2009-06-20T23:40:00.005+02:00

La presencia del término ECOINFORMATICS en la red es aún escasa, con 86.400 páginas web, según Google, algo irrisorio comparado con los 56 millones de entradas que arroja la búsqueda del nombre de la nieta de un conocido magnate hotelero (ya me ha dolido escribir el nombre para generar este estúpido dato). Y si repetimos la búsqueda del término (no de la términa...), es decir, ECOINFORMÁTICA en español, nos encontraremos con solo 5700 registros, algo realmente ridículo teniendo en cuenta el número de hispanohablantes y la relevancia que está obteniendo en los últimos años esta disciplina emergente.

Yo también me lo pregunté en su momento: ¿qué es la ecoinformática?. Ya podría traducir la definición escueta que da la Wikipedia, pero me apetece más describir el concepto con un escenario ideal...que soñar no cuesta.

Luís es un técnico de campo de un organismo encargado de la gestión territorial y ambiental. Su tarea es patear, buscar, encontrar, identificar y georreferenciar localidades de presencia de especies amenazadas. Todos los días, cuando termina su jornada de campo, descarga los registros de presencia de varias especies amenazadas de su GPS a través de una aplicación web, que los guarda en una base de datos geográfica de especies amenazadas.

Marcos es un técnico especializado en el mantenimiento de estaciones meteorológicas. Se encarga de que estas estaciones envíen diariamente sus registros a la base de datos de registros climáticos.

Adela es técnico en SIG. Ha diseñado el programa que recoge automáticamente imágenes satélite de distintas fuentes de datos en la red y de varias estaciones receptoras, las prepara y almacena en el repositorio de teledetección. También se encarga de la integración periódica de ortofotografías de alta resolución en este mismo repositorio. Su compañero Julio se encarga del procesamiento de los distintos modelos de elevaciones que llegan a su departamento, para transformarlos en distintas variables topográficas. Estas se introducen en un repositorio de información del terreno.

Francisco y Raúl, biólogo y físico respectivamente, diseñan nuevos algoritmos de análisis de información ambiental. Estudian bibliografía, analizan aplicaciones y entrevistan a expertos para estar siempre a la última. Una vez que diseñan un algoritmo, Ramón (ingeniero de software) lo implementa en el repositorio de modelos.

Ángela es técnico SIG, y trabaja en la actualización constante de las coberturas de uso del suelo. Utiliza la información del repositorio de teledetección para aplicar modelos de clasificación del repositorio de modelos, para obtener cartografías automáticas de usos. Posteriormente va al campo a verificar los resultados. Las coberturas de uso y los datos de validación se incorporan a un repositorio de información de usos del suelo.

El departamento de física de la universidad local trabaja junto a varios laboratorios europeos en simulaciones climáticas para los próximos 100 años. Los resultados de las simulaciones se incorporan en el repositorio de clima.

El departamento de geografía trabaja en simuladores de cambio de uso. Utilizan como entradas los datos del repositorio de información de usos del suelo. Sus algoritmos de simulación están implementados y son actualizados periódicamente en el repositorio de modelos ambientales.

Antonio trabaja para una empresa de gestión ambiental. Su cometido diseñar un plan de recuperación de poblaciones de una especie amenazada. Accede a la base de datos geográfica de especies amenazadas para buscar los registros de presencia de la especie. Los envía al repositorio de modelos ambientales, para que este lance un modelo de distribución potencial de la especie. El sistema recoge a través de un servicio web la información de distintas variables ambientales de los repositorios de clima, teledetección, usos del suelo y topografía. Divide el trabajo en lotes y lo distribuye por varios cientos de ordenadores de las redes de investigación y gestión. Usando los tiempos muertos de esos cientos de procesadores, calcula un modelo de distribución potencial actual y futura de la especie. Cuando ha terminado, envía un e-mail a Antonio para confirmarle que ha terminado la tarea. Antonio accede a los resultados, y como se plantea algunas dudas, consulta la base de datos de expertos, en la que figuran investigadores, líneas de investigación y especialización, para encontrar a la persona más idónea que le facilite una interpretación experta del modelo. El Doctor Ballesteros,que ha trabajado con la especie en cuestión, recibe la petición, y accede a los resultados. Una vez que los ha analizado, comenta los resultados con Antonio mediante videoconferencia. Le avisa que una de las zonas potenciales de reintroducción puede entra en conflicto con el desarrollo económico futuro de la población local, porque los terrenos son apropiados para el cultivo. Antonio vuelve a acceder al repositorio de modelos para generar una simulación de cambio de usos del suelo en la zona en cuestión. Uno de los algoritmos del repositorio cruza el modelo de distribución con las simulaciones de cambio de uso, permitiéndole conocer que zonas de reintroducción potencial para la especie corren mayores riesgos de ser transformadas para establecimiento de nuevos cultivos.

Todos los pasos seguidos por antonio quedan trazados en la red, y sus resultados se indexan y almacenan para que posteriores usuarios puedan hacer uso de ellos en el futuro.

Tenemos un equipo humano pluridisciplinar, bien formado y especializado en distintas áreas. Tenemos varios repositorios de información de distinto tipo.
Tenemos un sistema que ofrece herramientas para analizar la información y ofrecer respuesta.
Tenemos una red que integra todos los elementos.
Tenemos varios cientos de ordenadores que ejecutan las tareas de cálculo pesado.
Y tenemos gente que busca respuestas a grandes problemas.
!Sí, ya tenemos una infraestructura integrada de ECOINFORMÁTICA!

En este caso es un ejemplo de conservación de una especie amenazada, pero hay muchos más, para los que un sistema como el descrito puede ofrecer respuesta: análisis de riesgo de incendios en tiempo real, análisis de aptitud para determinados tipos de cultivos y estimas de productividad, riesgo de eventos climáticos extremos en ciudades, análisis de potencia eólica o solar, y un largo etcétera apto para mentes inquietas que quieran desarrollar nuevas ideas.

En definitiva, la ECOINFORMÁTICA integra el conocimiento del medio (físico, biológico, químico) con los Sistemas de Información para responder las grandes cuestiones de investigación y gestión ambiental de nuestro tiempo. Una prometedora fusión de tecnología y ciencia está naciendo para ayudarnos a abrir camino a través de un futuro incierto, en el que la responsabilidad de cuidar nuestro medio para el bienestar de las futuras generaciones debe ser prioritaria e ineludible.

Y perdonen el tocho

GEOlink.es

2009-06-17T16:47:00.004+02:00

Un visitante de este blog, MATIAS, ha comenzado un proyecto que me parece interesante. Se trata de un sitio de promoción de noticias relacionadas con los SIG (un MENÉAME geográfico) llamado GEOlink, al que deseo mucho éxito. Está comenzando su andadura, por lo que necesita promoción, y espero que el esfuerzo de este entusiasta se vea recompensado con una gran cantidad de visitas de aficionados y profesionales de los SIG.

Actualmente tiene en portada dos noticias que me han gustado:
Georeferenciando imágenes panorámicas. Proyecto Marmota
Foto Satélite de Europa en alta resolución

Un abrazo y mucha suerte

Tutorial de Adquisición de datos SIG

2009-06-16T22:21:00.007+02:00

El pasado año tuve la oportunidad de ejercer como docente en la "Maestría de Investigación y Conservación de la Biodiversidad", un proyecto conjunto de la Universidad de Granada y la Universidad de San Francisco Xavier (Sucre, Bolivia), impartiendo la asignatura "Sistemas de Información Geográfica aplicados a la Investigación y Conservación de la Biodiversidad".

Para impartir la asignatura a distancia monté un servidor web (xampp, fácil y rápido!) con moodle en mi propio PC de la ugr, y lo cierto es que teniendo en cuenta el número total de alumnos (unos 20), funcionó bastante bien. La experiencia fué bonita, (y un poco sacrificada, la verdad) aunque se dieron bastantes dificultades. Algunas tecnológicas, ya que las conexiones a la red de los alumnos distaban mucho de ser óptimas, sobre todo para aquellos que vivían en regiones más remotas. Otras relacionadas con una falta de formación mínima en tecnologías de la información (manejo básico del PC, vaya, aunque esto es algo bastante común también aquí en España: cualquier cosa que vaya más allá de usar el maldito messenger y de apuntar teléfonos en una hoja de word parece ciencia ficción, lo juro). También mucho virus (informáticos), todos los ordenadores de allí, y los de los pocos que vinieron aquí, con virus de todo tipo...en fin, os podéis imaginar.

El caso es que preparé un temario específicamente para ese proyecto, y está almacenado en un disco, muriéndose del asco. Es un curso muy básico, de iniciación (nadie que ya sepa de SIG encontrará nada nuevo), pero he pensado que a alguien podría interesarle, así que publicaré el material poquito a poco (que ando un poco asfixiado, de calor y de trabajo). Para empezar, este tutorial de adquisición de datos SIG de fuentes en internet: topografía, clima y teledetección.

¡Espero que os sea útil!

ADQUISICION DATOS SIG

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ORGANIZANDO BIBLIOGRAFÍA (MÉTODO FRIKI)

2009-06-12T00:20:00.006+02:00

A lo largo de estos años he leido montones y montones de papers, que se han ido acumulando en directorios variados de distintos discos duros de diferentes ordenadores. Y no había aplicado ninguna organización en esta masa de ficheros, porque siempre he usado el buscador de escritorio de Ubuntu (Beagle) o buscaba directamente en Scopus.

Sin embargo, para escribir la tesis, no me queda más remedio que poner cierto orden en tanto material. Por este motivo llevo ya varios días releyendo y seleccionando material, y hasta ahora no me había aclarado con la forma de organizarlo. Uso Jabref, pero me resulta poco práctico y un poco "soso". He estado buscando una forma de organización más visual, y así llegué a VYM (View Your Mind), un programa para hacer mapas mentales que permite enlazar pdfs en los conceptos.

Es rápido, muy rápido, y para añadir un vínculo a un pdf, solo hay que arrastrar el fichero a la ventana del programa. Yo he ordenado el material según mi propio criterio, y ha quedado tal que así (ojo que la imagen es grande):
En el mapa de conceptos el material está clasificado por áreas y me permite tener una idea clara de a qué tema pertenece cada manuscrito, hacer anotaciones mediante iconos (para resaltar la relevancia, por ejemplo), y para abrir el pdf concreto, solo hay que pulsar sobre la bola del mundo que antecede al concepto y listo. Lo cierto es que me resulta muy práctico, y por eso quería compartirlo.

Un saludo

PD: Si alguien quiere el mapa mental, puedo pasárselo a un módico precio (cero euros parece razonable). Respecto a los papers, supongo que sí es un problema difundirlos, así que no podré ofrecer aquellos cuyos autores no hayan hecho públicos a través de algún canal ajeno a la editorial correspondiente...

GRACIAS ITACAS!

2009-06-06T11:29:00.004+02:00

Quiero agradecer a Moisés Martín, del blog ITACAS, que haya subido a Rapidshare los contenidos del Curso de Modelos de Distribución. Por tanto, ahora se puede descargar desde nuestro servidor de la UGR (hasta que mate otro disco duro) y desde este portal de descargas. A continuación os dejo todos los enlaces:

Servidor UGR (paquete completo en .zip)
Rapidshare, Primera parte (primera parte en .rar)
Rapidshare, Segunda parte (segunda parte en .rar)

Un saludo

REFERIDOS

2009-06-06T10:54:00.004+02:00

He visto que es casi tradicional poner de cuando en cuando un post sobre las claves de búsqueda que han llevado hasta un blog. Con 10000 visitas, de las que 9000 son mías (o más), en el caso de este sitio no hay mucho que comentar, pero algo hay. Lo cierto es que en general los que llegan aquí vienen por derecho, con búsquedas precisas para las que hemos dado respuesta como:

srtm
mrsid convertir muchas imágenes
modelos de distribución de especies

Otros buscan empleos precarios...

empleo tecnico sig sevilla

o directamente puestos directivos!

actual director de doñana ofertas de empleo

Otros no saben muy bien lo que buscan

dar a bombo y platillo
modelo las coordenadas del cambio
platillo globalizado

También han llegadobuscando a otras personas

elisa liras
luis cayuela blog
angel felicísimo extremadura ide

e incluso al hijo de Dios (aquí!)

esquema jerarquico en tiempos de jesus

Muchos "referidos" los veo como preguntas que aún no he podido contestar y que me gustaría afrontar en algún momento:

wms qgis españa
osgeo4w tutorial
modelamiento con grass + maxent
modelo nicho ecologico garp matematico
ide andalucia metadatos

Y eso es todo amigos!

CONCURSO DE IDIOTAS

2009-05-28T20:59:00.003+02:00

A continuación os dejo las pruebas del casting para un espectacular concurso de idiotas, que promete ser la bomba...

Pero este concurso es un poco extraño (o no), porque ya se conoce al ganador:

¿UN REPOSITORIO DE MODELOS?...ME LO TENDRÁS QUE EXPLICAR MEJOR

2009-05-25T19:49:00.003+02:00

Hace tiempo inmemorial (a mí me lo parece, pero en realidad no hace más de dos años) recibí una llamada de Curro Bonet, al que acababa de conocer en un curso de GBIF en Madrid, porque tenía "algo interesante" que proponerme. Quedamos en algún bar cerca de la Facultad de Ciencias (nada romántico, por cierto), y así, sin calentar, y con algún mosto de por medio, comenzó a hablarme de un proyecto que estaba tomando forma: El REPOSITORIO DE MODELOS DE LA REDIAM. Tengo que apuntar que Curro, además de una de las personas más inteligentes que me he encontrado, es un visionario entusiasta (y yo parece que un pelota, pero no te engañes, hablo desde el afecto), y es capaz de contagiar ese entusiasmo aunque a uno le parezca que está hablando en japonés. Y durante los primeros minutos, eso era lo que parecía...

Por lo visto, había madurado una idea, la había presentado, y consiguió financiación para ejecutarla (y eso aquí sí suena a japonés, lo juro). Segundos después, palabras como repositorio, modelos ambientales, arquitectura conceptual, aplicación práctica del conocimiento científico en un entorno de gestión medioambiental y "cosas" similares salían de su boca. En esencia, creí entender que la idea era preparar una base de datos en la que documentar lo que llamó "modelos ambientales", para que los gestores tomaran decisiones (o algo así), pero mejor os lo cuenta él directamente (y después vuelves, que aún queda un poco).

El caso es que estaba "reclutando" infelices para llevar el proyecto adelante, y se atrevió a invitarme a formar parte de su pequeño pelotón de frikis. Según me contaba, para dar forma a la pequeña bestia resultaban imprescindibles una serie de tíos locos con distintas capacidades: un líder o guía espiritual, un mago de la informática, un monstruo de las bases de datos y un tipo como yo...

Lo cierto es que Curro tiene una gran capacidad de síntesis, y viendo su presentación, uno no llega a hacerse a la idea de lo que en realidad ha supuesto el desarrollo del proyecto, sobre todo teniendo en cuenta que los participantes han utilizado su tiempo libre para llevarlo a cabo, en ocasiones incluso creándolo de la nada.

Aunque aún es pronto (el proyecto está terminado, pero no está cerrado, y falta poco para entregar la codumentación) nuestra idea es divulgarlo (trataremos de publicar algo al respecto, claro), y mientras dar pinceladas aquí y allí sobre la arquitectura conceptual y física del sistema.

Desde aquí quiero decir que nunca dejaré de agradecerle a Curro su voto de confianza, porque me ha dado la oportunidad de formar parte de algo grande, y no me refiero al proyecto, que sí que es grande, sino a la amistad que se ha forjado dentro del grupo. Porque Curro, Ramón y Raúl no son compañeros de trabajo, son AMIGOS.

Hasta la próxima!

METADATOS...

2009-05-20T19:47:00.003+02:00

Ya tenía planteada una entrada sobre metadatos, porque estos días le hemos estado dando vueltas al formato EML. Pero como por aquí formamos un buen equipo, Antonio Jesús Pérez (CEAMA) ya se ha encargado de ello, así que os enlazo la entrada.

Un saludo

EL IDIOMA DE LA BOTÁNICA...

2009-05-19T17:23:00.005+02:00

En ocasiones leo textos que me llevan a "vivir la ignorancia" de un modo más intenso al habitual (que no es poco). Para muestra, un botón:

Copiado sin permiso de www.floraiberica.com (www.mma.es/portal/secciones/biodiversidad/inventarios/inb/flora_vascular). Autor: Gabriel Blanca, Departamento de Botánica de la Universidad de Granada.